مجموعة قاعدة معطيات BioCyc

مجموعة قاعدة معطيات BioCyc
المحتويات
العناوين
الوصول
الأدوات
متنوعات

مجموعة قاعدة معطيات BioCyc هي مجموعة من قاعدة معطيات حيوية.[1][2][3] قاعدة المعطيات مع BioCyc تشرح معلومات عن الجينوم والطريقة الحيوية لالكائنات العضوية للفرد. وتم تبنيها من قبل معهد ستانفورد العالمي للابحاث في مينلو بارك، سان ماتيو، كاليفورنيا. قاعدتي معطيات في BioCyc تم رعايتها بشكل كبير ،يعني أنها حصلت على تحديث يدوي موسع بمعلومات من الأدب العلمي. هاتان القاعدتان هما EcoCyc وميتاسيك. قواعدة المعطيات المتبقية لBioCyc ولّدت بشكل حاسوبي لتتنبّأ بما يمثله المسار الاستقلابي في الأحياء. في بعض الحالات تدقق قاعدة المعطيات يدوياً بعد إنشائها. مع عام 2010 احتوت قاعدة المعطيات معلومات عن 1,004 جينوم. موقع الويب لBioCyc يحوي أدوات برمجية متعددة للبحث، العرض والمقارنة وتحليل معلومات الجينوم. ويحوي مستعرض للجينوم ومستعرضات للأيض شبكات الجينوم المضبوطة.يحتوي الموقع أيضاً على أداة لرسم (حقيقيات النوى omics) بحجم كبير في الشبكات الدقيقة الايضية ،وفي الجينوم. تعتمد قاعدة المعطيات في BioCyc على اداة برمجية تسمى أدوات الطريقة الحيوية من أجل توليدها ،التحديث التسلسلي وللاستفسار عن المحتويات.جميع قواعد معطيات BioCyc تشترك بالمخطط الأولي مما يسهل المقارنة بين القواعد.

مراجع

Caspi, R.؛ Altman, T.؛ Dreher, K.؛ Fulcher, C. A.؛ Subhraveti, P.؛ Keseler, I. M.؛ Kothari, A.؛ Krummenacker, M.؛ Latendresse, M.؛ Mueller, L. A.؛ Ong, Q.؛ Paley, S.؛ Pujar, A.؛ Shearer, A. G.؛ Travers, M.؛ Weerasinghe, D.؛ Zhang, P.؛ Karp, P. D. (2011)، "The Meta Cyc database of metabolic pathways and enzymes and the Bio Cyc collection of pathway/genome databases"، Nucleic Acids Research، 40 (Database issue): D742–53، doi:10.1093/nar/gkr1014، PMC 3245006، PMID 22102576.
Karp, Peter D.؛ Caspi, Ron (2011)، "A survey of metabolic databases emphasizing the Meta Cyc family"، Archives of Toxicology، 85 (9): 1015–33، doi:10.1007/s00204-011-0705-2، PMC 3352032، PMID 21523460.
Home page of the معهد ستانفورد للأبحاث نسخة محفوظة 25 يوليو 2018 على موقع واي باك مشين.

وصلات خارجية

BioCyc

بوابة أيض
بوابة علم الأحياء

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Caspi, R.؛ Altman, T.؛ Dreher, K.؛ Fulcher, C. A.؛ Subhraveti, P.؛ Keseler, I. M.؛ Kothari, A.؛ Krummenacker, M.؛ Latendresse, M.؛ Mueller, L. A.؛ Ong, Q.؛ Paley, S.؛ Pujar, A.؛ Shearer, A. G.؛ Travers, M.؛ Weerasinghe, D.؛ Zhang, P.؛ Karp, P. D. (2011)، "The Meta Cyc database of metabolic pathways and enzymes and the Bio Cyc collection of pathway/genome databases"، Nucleic Acids Research، 40 (Database issue): D742–53، doi:10.1093/nar/gkr1014، PMC 3245006، PMID 22102576.

[2] Karp, Peter D.؛ Caspi, Ron (2011)، "A survey of metabolic databases emphasizing the Meta Cyc family"، Archives of Toxicology، 85 (9): 1015–33، doi:10.1007/s00204-011-0705-2، PMC 3352032، PMID 21523460.

[3] Home page of the معهد ستانفورد للأبحاث نسخة محفوظة 25 يوليو 2018 على موقع واي باك مشين.