5 centímetros por segundo

En la graduación de la escuela primaria, Takaki Tōno y su amiga Akari Shinohara tienen que separarse. Akari se muda a Tochigi debido a los trabajos de sus padres, mientras que Takaki irá a una escuela secundaria en Tokio. Los dos deciden mantenerse en contacto mediante cartas, pero a pesar de los sentimientos que existieron entre ellos, la única cosa que persistió era el tiempo. Cuando Takaki se entera de que su familia se mudará a Kagoshima, decide ir a ver a Akari, debido a que le será muy difícil seguir viéndola tras su mudanza. Sin embargo, cuando llega el día, una intensa tempestad de nieve retrasa varias horas el viaje de Takaki, lo que lo hunde en el desaliento y la desesperación sobre todo cuando la carta que él le escribió a Akari se la lleva el viento; en esa carta él le declaraba todo su amor. Finalmente, cuando el tren se detiene en la estación donde se reunirían, se sorprende al darse cuenta de que, a pesar de lo tarde que es, Akari lo ha estado esperando. Tras un breve reencuentro, ambos abandonan la estación y caminan en la noche atravesando un campo lleno de nieve, en ese momento se detienen y ella se da cuenta de que los pétalos de cerezo que caían eran muy parecidos a la nieve. En ese momento se dan un beso, y con éste se percatan de que su relación nunca va a poder funcionar. Después de pasar la noche en un pequeño almacén deciden ir a la estación del tren para despedirse, Takaki intenta dar ánimos a su amiga Akari al decirle que se escribirán cartas y se hablarían por teléfono, pero al momento que las puertas del tren se cierran y él se aleja de la estación, entiende que eso no va a ser posible y que su destino era tomar caminos diferentes.

Takaki se encuentra en el tercer año de la secundaria superior en Tanegashima, donde se localiza el Centro Espacial Tanegashima. Kanae Sumita, una compañera de clase de Takaki, siente un afecto especial por él, pero no tiene aún el coraje para expresar sus sentimientos. Luego, ella se da cuenta de que Takaki siempre mantiene una mirada "perdida", como si buscara algo más allá del horizonte. Aunque ama a Takaki, Kanae entiende que él está buscando algo más en otro lugar, algo que ella no le podrá ofrecer.

Ahora es 2008, y los dos personajes han tomado caminos diferentes. Takaki es un informático en Tokio, y Akari se está preparando para su matrimonio. Un día, Takaki sale y piensa que el rostro de una persona al cruzar un carril de tren le es muy familiar. Desconcertado por el encuentro, intenta mirar atrás, pero un tren pasa y luego otro, cortando su visión. Pensando que si fuera Akari ella también se daría cuenta, espera.

Después empiezan a sucederse escenas de como el tiempo pasó tanto para Akari como para Takaki, desde el momento en que ellos se separaron hasta el momento en que se encuentran sin darse cuenta en el paso del tren, donde hasta ese momento él pensaba que lo que anduvo buscando todo este tiempo, tanto en el trabajo como en la relación que mantenía, no se encontraban en eso sino que se encontraba en Akari, y que lo que él quería era volver a estar con ella.

Después de que los trenes pasaran y dándose cuenta de que no había nadie al otro lado, decide seguir su camino, pero esta vez con una sonrisa en su rostro. Entendiendo que ya es tiempo de dejar de pensar en ella.

Disco 1 (DVD)

• Cinco centímetros por segundo
• Entrevista a Makoto Shinkai
• Adelantos de otras películas

Disco 2 (DVD)

• Cinco centímetros por segundo (guion gráfico animado, 63 minutos).
• "Oukashou" Yahoo! Japón (29 minutos).
• Entrevista con el elenco (20 minutos).
• "One More Time, One More Chance" (video musical de la película, edición especial de 6 minutos).
• Detrás de cámara.

Disco 3 (CD de audio)

• Banda sonora original

1. Ōkashō (桜花抄, Ōkashō^?)
2. Omoide ha Tooku no Hibi (想い出は遠くの日々, Omoide ha Tooku no Hibi^?)
3. Shousou (焦燥, Shousou^?)
4. Yuki no Eki (雪の駅, Yuki no Eki^?)
5. Kiss (Ｋｉｓｓ, Kiss^?)
6. Kanae no Kimochi (カナエの気持ち, Kanae no Kimochi^?)
7. Yume (夢, Yume^?)
8. Sora to Umi no Shi (空と海の詩, Sora to Umi no Shi^?)
9. Todokanai Kimochi (届かない気持ち, Todokanai Kimochi^?)
10. Ending
11. One More Time, One More Chance (versión piano)

La canción fue escrita e interpretada por Masayoshi Yamazaki y aparece tanto al final de la película como a lo largo de ésta, pero en forma de distintas versiones instrumentales, los llamados leitmotiv.

Era parte también de la película Moon and Cabbage. La razón por la que Makoto Shinkai eligió una canción tan famosa era que él deseaba evocar imágenes de sucesos diarios, y elegir una canción sobre la cual "cada uno sabe" que agregaría realismo a la película.[9]