Anexo:Software para alineamiento estructural

Esta lista de software para alineamiento estructural es una compilación de herramientas software y portales web utilizados en alineamientos estructurales de pares o múltiples.

Lista de software para alineamiento estructural

NOMBRE	Descripción	Clase	Tipo	Flexible	Enlace	Autor	Año
MAMMOTH	MAtching Molecular Models Obtained from Theory	Cα	Par	No	servidor	AR. Ortiz	2002
CE/CE-MC	Combinatorial Extension -- Monte Carlo	Cα	Multi	No	servidor	I. Shindyalov	2000
DaliLite	Distance Matrix Alignment	C-Map	Par	No	servidor	L. Holm	1993
VAST	Vector Alignment Search Tool	SSE	Par	---	servidor	S. Bryant	1996
PrISM	Protein Informatics Systems for Modeling	SSE	Multi	---	servidor	B. Honig	2000
SSAP	Sequential Structure Alignment Program	SSE	Multi	No	servidor	C. Orengo & W. Taylor	1989
SARF2	Spatial ARrangements of Backbone Fragments	SSE	Par	---	servidor	N. Alexandrov	1996
KENOBI/K2	NA	SSE	Par	---	servidor	Z. Weng	2000
STAMP	STructural Alignment of Multiple Proteins	Cα	Multi	No	servidor	R. Russell & G. Barton	1992
MASS	Multiple Alignment by Secondary Structure	SSE	Multi	---	servidor	O. Dror & H. Wolfson	2003
SCALI	Structural Core ALIgnment of proteins	Seq	Par	---	servidor	C. Bystroff	2004
DEJAVU	NA	SSE	Par	---	servidor	GJ. Kleywegt	1997
SSM	Secondary Structure Matching	SSE	Multi	---	servidor	E. Krissinel	2003
SHEBA	Structural Homology by Environment-Based Alignment	Seq	Par	---	servidor	B. Lee	2000
LGA	Local-Global Alignment	Cα	Par	---	servidor	A. Zemla	2003
POSA	Partial Order Structure Alignment	Cα	Multi	Sí	servidor	Y. Ye & A. Godzik	2005
PyMOL	El comando "super" realiza alineamiento 3D independiente de la secuencia	Proteína	Hybrid	No	sitio web	W. L. DeLano	2007
FATCAT	Flexible Structure AlignmenT by Chaining Aligned Fragment Pars Allowing Twists	Cα	Par	Sí	servidor	Y. Ye & A. Godzik	2003
Matras	MArkovian TRAnsition of protein Structure	Cα & SSE	Par	---	NA	K. Nishikawa	2000
MAMMOTH-mult	MAMMOTH-based multiple structure alignment	Cα	Multi	No	servidor	D. Lupyan	2005
Protein3Dfit	NA	C-Map	Par	---	servidor	D. Schomburg	1994
PRIDE	PRobaility of IDEntity	Cα	Par	---	servidor	S. Pongor	2002
FAST	FAST Alignment and Search Tool	Cα	Par	---	servidor	J. Zhu	2004
C-BOP	Coordinate-Based Organization of Proteins	N/A	Multi	---	servidor	E. Sandelin	2005
ProFit	Protein least-squares Fitting	Cα	Multi	---	servidor	ACR. Martin	1996
TOPOFIT	Alineamiento como superposición de volúmenes comunes en un punto topomax	Cα	Par	---	servidor	VA. Ilyin	2004
MUSTANG	MUltiple STructural AligNment AlGorithm	Cα & C-Map	Multi	---	descargar	A.S. Konagurthu et al.	2005
URMS	Unit-vector RMSD	Cα	Par	---	servidor	K. Kedem	2003
LOCK	Superposición jerárquica de estructuras de proteínas	SSE	Par	No	NA	AP. Singh	1997
LOCK 2	Mejoras sobre LOCK	SSE	Par	No	descargar	J. Shapiro	2003
CBA	Consistency Based Alignment	SSE	Multi	---	descargar	J. Ebert	2006
TetraDA	Tetrahedral Decomposition Alignment	SSE	Multi	Sí	NA	J. Roach	2005
STRAP	STRucture based Alignment Program	Cα	Multi	---	servidor	C. Gille	2006
LOVOALIGN	Low Order Value Optimization methods for Structural Alignment	Cα	Par	---	servidor	Andreani et al.	2006
GANGSTA	Genetic Algorithm for Nonsequential and Gapped STructural Alignment	SSE/C-Map	Par	---	servidor	B. Kolbeck et al.	2006
TM-align	TM-score based protein structure alignment	Cα	Par	---	sitio web	Y. Zhang & J. Skolnick	2005
MatAlign	Comparación de estructuras de proteínas por Matrix Alignment	C-Map	Par	---	sitio web	Z. Aung & K.L. Tan	2006
Vorolign	Alineamientos de estructura rápidos utilizando relaciones de Voronoi	C-map	Multi	Sí	servidor	F. Birzele et al.	2007
EXPRESSO	Alineamientos múltiples de estructura rápidos usando T-Coffee y Sap	Cα	Multi	---	sitio web	C. Notredame et al.	2007
CAALIGN	Alineamiento Cα	Cα	Multi	---	sitio web	T.J. Oldfield	2007
YAKUSA	Coordenadas internas y algoritmo tipo BLAST	Cα	Par	---	sitio web	M. Carpentier et al.	2005
CLEMAPS	Alineamientos de alfabetos basados en conformación	Cα	Multi	---	NA	W-M. Zheng	2007
TALI	Torsion Angle ALIgnment	Cα	Par	No	NA	X. Mioa	2006
MolCom	NA	Geometría	Multi	---	NA	S.D. O'Hearn	2003
MALECON	NA	Geometría	Multi	---	NA	S. Wodak	2004
FlexProt	Flexible Alignment of Protein Structures	Cα	Par	Sí	servidor	M. Shatsky & H. Wolfson	2002
MultiProt	Multiple Alignment of Protein Structures	Geometría	Multi	Sí	servidor	M. Shatsky & H. Wolfson	2004
CTSS	Alineamientos de estructura de proteínas usando características geométricas locales	Geometría	Par	---	sitio web	T. Can	2004
CURVE	NA	Geometría	Multi	No	sitio web	D. Zhi	2006
Matt	Multiple Alignment with Translations and Twists	Cα	Multi	Sí	descargar	M. Menke	2008
TopMatch	Alineamiento de estructuras de proteínas y visualización de similitudes estructurales	Cα	Par	No	servidor	M. Sippl & M. Wiederstein	2008
SSGS	Secondary Structure Guided Superimposition	Ca	Par	No	sitio web	G. Wainreb et al.	2006
Matchprot	Comparación de estructuras de proteínas por alineamientos vecinales crecientes	Cα	Par	No	servidor	S. Bhattacharya et al.	2007
UCSF Chimera	see MatchMaker tool and "matchmaker" command	Seq & SSE	Multi	No	sitio web	E. Meng et al.	2006
FLASH	Fast aLignment Algorithm for finding Structural Homology of proteins	SSE	Par	No	NA	E.S.C. Shih & M-J Hwang	2003
RAPIDO	Rapid Alignment of Protein structures In the presence of Domain mOvements	Cα	Par	Sí	servidor	R. Mosca & T.R. Schneider	2008
ComSubstruct	Alineamiento estructural basado en codificación geométrica diferencial	Geometría	Par	Sí	sitio web	N. Morikawa	2008

Claves:

Cα -- Alineamiento por átomo (Cα) de esqueleto (Backbone Atom (Cα) Alignment);
SSE -- Alineamiento de elementos de estructura secundaria (Secondary Structure Elements Alignment);
Seq -- Alineamiento basado en secuencia;
Par -- Alineamiento de pares (2 estructuras *solo*);
Multi -- Alineamiento múltiple de estructuras;
C-Map -- Mapa de contacto;

Véase también

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