Atlético Fútbol Club

En 2016 el entonces Depor entró en una crisis institucional que por poco lleva a su desaparición, esto a raíz de irregularidades con respecto a la compra de los derechos deportivos del desaparecido club Real Sincelejo.

En 2005 el representante legal de Real Sincelejo Edgar Paternina Revollo vendió sin autorización de la junta directiva los derechos deportivos del equipo al Club Deportivo Pereira S.A..[17] (no confundir con la Corporación Cultural, Social y Deportiva de Pereira), equipo que luego se trasladó a Cartago y asumió el nombre de Depor Cartago.[18]

En 2009 ante la denuncia de la junta directiva del Real Sincelejo la Fiscalía General de Colombia abrió investigación al respecto, lo que seis años después conduciría a que Tribunal Superior del Distrito Judicial de Sincelejo dictó sentencia contra Paternina, condenando a tres años de prisión, y a que la venta de los derechos deportivos de Real Sincelejo fuera anulada por vicios de trámite. Fue así como en 2015 la junta directiva del Real Sincelejo recobró los derechos deportivos, sin embargo por falta de presupuesto y carencia de nómina se planteaba imposible buscar disputar el torneo de ascenso 2016;[19] ante dicha perspectiva los directivos de Real Sincelejo consideraron la posibilidad de vender los derechos deportivos al equipo de fútbol aficionado Tolima Real, del padrastro del jugador de la Selección Colombia James Rodríguez el cual aspiraba a acceder al profesionalismo.

A principios de 2016[20] las directivas de Tolima Real iniciaron la disputa en torno a su pretendido derecho a jugar el torneo de ascenso ya que el fallo judicial había dejado sin efectos la venta de la ficha del entonces Real Sincelejo; a lo anterior se sumó que obrando conforme a dicho fallo Coldeportes quitó el reconocimiento deportivo al Depor FC, lo cual no le permitió jugar en la fecha correspondiente las primeras fechas del torneo de ascenso y la Copa Colombia de 2016.[21]

Ante lo complejo de la situación finalmente los directivos del Depor FC decidieron acabar dicha institución y refundarla el 15 de diciembre de 2015.[22] Sobre sus mismas bases el Atlético Fútbol Club, o simplemente Atlético FC y buscar su reconocimiento deportivo apelando esta vez ante la Superintendencia de Sociedades,[23] argumentando que en cuanto al caso de Real Sincelejo, el Deportivo Pereira, y por ende el Depor FC, figuraba como un tercero ajeno a un proceso penal.[2] Finalmente la Superintendencia de Sociedades falló a favor de los directivos del ahora Atlético FC, falló que se tomó como vinculante para Coldeportes y a su vez para la Dimayor.[3]

Por su parte los directivos del Tolima Real manifestaron que ningún ente estaba por encima de la fiscalía y que la decisión de la Dimayor se tomó en busca de favorecer los intereses del Atlético FC y el Deportes Tolima; pese a todo ello sus reclamos no tuvieron ningún efecto.[24][25]

Superados los problemas jurídicos Atlético pudo jugar los dos torneos en que estaba inscrito, quedando último en la clasificación general del torneo de ascenso y segundo en su grupo de Copa Colombia, no obstante sin poder acceder a jugar segunda ronda del torneo al ser el peor equipo clasificado en segundo puesto. A lo largo de la temporada Atlético tuvo un muy pobre desempeño habiendo ganado solo 8 juegos de 38 disputados.

En el torneo apertura de la temporada 2021-I clasificó de octavo a los cuadrangulares del Torneo de Ascenso donde quedó cuarto del Grupo B.[26][27]

A lo largo de sus siete años de existencia el equipo a presentado variaciones de su escudo en seis ocasiones y a cambiado su diseño en tres oportunidades.

En el año 2005, mientras jugó en la ciudad de Cartago el equipo tuvo como colores distintivos en su emblema los del escudo de armas de dicha ciudad: rojo y amarillo; es de dicho escudo de donde se inspira la representación del sol que ha figurado en cada uno de los escudos del equipo.

Con su cambio de sede a Jamundí se remplazó el color rojo por el azul celeste, se remplazó el color dorado de la línea central por blanco y se conservó el color dorado de las franjas laterales, ya que dichos colores hacen, en gran medida, parte del escudo y la bandera de municipio. Además de lo anterior se añadió al escudo la escritura JAMUNDÍ, en letras doradas y justo debajo del dibujo del sol.

Un nuevo traslado, esta vez al distrito caleño de Aguablanca, trajo nuevos cambios, si bien no en la forma del escudo sí en algunos detalles. Donde antes aparecía el nombre JAMUNDÍ ahora aparecía Cali en letras blancas, y en medio del escudo, de forma vertical la palabra AGUABLANCA en color celeste.

El segundo escudo del equipo se trató de uno menos estilizado y en el cual la figura del sol se transformaba en la central del diseño. Los colores cambiaron, esta vez inspirándose en los del club argentino Boca Juniors (no confundir con el club colombiano Boca Juniors, que regresó al profesionalismo a mediados del año 2019 sustituyendo al Universitario de Popayán).

Con la crisis institucional que condujo al cambio de nombre se produjo el tercer diseño que ha usado el equipo y el cual en gran medida es el diseño actual, un escudo que recuerda en su forma y bordes al de Independiente Santa Fe. El color azul marino fue conservado, mientras el color dorado desaparece casi por completo, conservándose solo en la figura del sol; en la parte inferior y en la tonalidad azul del escudo aparece inscrita la palabra CALI. En el año 2017 se añadieron al escudo la silueta en color azul marino del monumento a Sebastián de Belalcázar y el Cerro de las Tres Cruces, y el color de la palabra CALI se cambió a blanco para que pudiese continuar figurando en el emblema, así mismo el color dorado figura nuevamente al serle añadido al escudo un borde de dicho color.

• 
  2005
• 
  2006 - 2008

• Uniforme titular: Camiseta blanca con detalles azules y dorados, pantaloneta blanca y medias blancas.
• Uniforme suplente: Camiseta azul con detalles dorados y blancos, pantaloneta azul y medias azules.
• Tercer uniforme: Camiseta dorada con detalles azules y blancos , pantaloneta dorada y medias azules.

• (Depor Cartago) 2005
• (Depor Jamundí) 2006-2008
• (Depor Aguablanca) 2009-2015
• (Atlético Fútbol Club) 2016-Actual

Orsomarso vs Atlético

Rival	PJ	PG	PE	PP	GF	GC	Dif
Orsomarso[nota 1]	8	4	0	4	8	10	-2

Desde que Orsomarso llegó al profesionalismo y Atlético obtuvo su reconocimiento deportivo, se ha estado creando una rivalidad entre estos clubes, podría decirse que es el clásico vallecaucano de la segunda división en Colombia.[30] De ocho partidos jugados entre ambos equipos (cuatro por torneo de Segunda División y cuatro por Copa Colombia) cuatro de los juegos se han saldado con victoria para Atlético y cuatro para el Orsomarso, siendo históricamente el resultado con mayor diferencia de gol el partido Atlético 0 Orsomarso 3, jugado el 2 de abril de 2017 por Torneo Águila.[31]

Boca Juniors vs Atlético

Rival	PJ	PG	PE	PP	GF	GC	Dif
Boca Juniors[nota 2]	4	3	1	0	6	3	3

Desde que Boca Juniors regresó al profesionalismo a mediados del año 2019 (sustituyendo al Universitario de Popayán), se ha estado creando una rivalidad entre la Ciencia Boquense (como se le conoce popularmente al Boca Juniors) y el Atlético, hasta la fecha ambos clubes se han enfrentado en dos ocasiones, ambos juegos se han saldado con victoria para Atlético, en el primer partido jugado entre ambos clubes (que se jugó el 18 de agosto de 2019) se impuso el Atlético 2 - 1 ante el Boca Juniors, y en el segundo partido jugado entre ambos clubes (que se disputó el 1 de febrero de 2020) se impuso el Atlético 1 - 0 ante el Boca Juniors. A este apasionante clásico vallecaucano se le conoce como el derby Azul y Oro ya que los colores característicos de ambos clubes son el Azul y Oro.