Genética de los pelajes del caballo

La gran diversidad de colores se puede reducir a combinaciones de "rojo" y "negro". Estos dos colores son resultado de los pigmentos producidos por los melanocitos eumelanina (negro) y feomelanina (rojo o amarillo). Los alelos E (negro) y e (rojo) determinan estos pigmentos.

Un caballo negro tiene por lo menos un gen E (E/e; a/a o E/E; a/a). Un caballo alazán tiene una pareja de genes e (e/e; A/a, e/e; a/a o e/e; A/A). Dos caballos alazanes siempre tienen hijos alazanes, dos caballos negros heterozigotos para el gen E (E/e; a/a) pueden tener un hijo alazán con un porcentaje del 25%.

El Agoutí (A) reduce localmente la eumelanina del cuerpo únicamente en patas, crines, cola y orejas. Por eso un caballo eumelánico (E/e o E/E) en combinación con un gen A dominante (A/a o A/A) tiene una capa castaña.

A un caballo alazán no le hace afecta tener uno o dos genes A porque la restricción se refiere sólo la eumelanina (E).

Cada caballo que lleve los alelos E/E; A/A, E/E; A/a, E/e; A/A o E/e; A/a será castaño.

Así tenemos tres colores principales: alazán, negro y castaño. Cada caballo, tenga la capa que tenga, tiene uno de estos tres colores. Los demás aspectos son variaciones de estos colores.

La dilución "champagne" se conoce solo en los caballos americanos donde aparecido. El aclarado afecta al pelo corto como a cola y crines. Todos los colores "champagne" llevan un aspecto metálico y sus ojos están azules al nacimiento, después tienen un marrón avellana (a veces más claro que lo normal). La piel de los caballos está entre gris y rosa y moteada.

El gen Crema (Cr/cr) diluye los pigmentos rojos como los negros. Tiene un efecto sobre el fenotipo siendo heterocigoto (Cr/cr), perolo afecta mucho más sí es homocigoto (Cr/Cr). Un caballo con dos alelos es denominado caballo de transmisión, porque todos sus potros serán caballos diluidos.

Pearl (Prl/prl) se descubrió en Estados Unidos de América. Se encuentra en Caballos Peruanos de Paso y en caballos andaluces, como en Caballos Americanos de Quarter, que tienen "Barlink Macho Man" como antecedente y también en los caballos de Puro Sangre Lusitano y en el Irish Cob. Está aparecido en Europa, pero fue descubierto en América en primero. Por eso al principio le llamaban al gen "Factor Barlink" y después "pearl". Perla es recesivo y es en el gen MATP como el crema. Se diluye solamente en dos ejemplar y da la capa muy conocida "Isabelo" o con un crema. Atención, es muy fácil de confundirlo con el gen Champagne.

El alelo Dun (D) diluye el pelo de todo el cuerpo y provoca una raya al mulo y a veces cebraduras. El caballo tiene una capa de crema oscura, crines marrón oscuros o a veces más oscuro en la mitad y más claro al borde; el color exacto de la capa depende del color principal entre más amarillo, más claro, más gris, como una rata. Este caballo se llama isabela, cervuno o ratonero dependiendo del color principal lo que lleva.

El alelo Flaxen (f) sólo tiene efectos en el alazán, diluye sólo el color de las crines. Se encuentra mucho en los caballos Haflinger. Pero un caballo necesita ser homocigoto (f/f) para reflejar ese efecto en el fenotipo.

El gen Pangaré (P o Pa) se encuentra en algunas razas de poni. Caballos con este gen tienen la boca de color claro-crema y a veces la parte inferior de los flancos, en los ijares, axilas y la braga clara.

Silver, se llama también Silver Dapple (Z), es dominante. Silver diluye sólo pelo negro. Por eso caballos alazanes lo pueden llevar sin que los afecte a su fenotipo.

Un caballo negro, que lo lleva, tiene crines de color crema y una capa marrón oscura chocolate. A veces parecen como caballos alazanes oscuros, pero genéticamente son completamente diferente.

Caballos castaños con Silver llevan crines claros, gris, a veces gris metálico. El cuerpo, sí es un castaño no oscuro queda como está. Estos caballos no parecen como alazanes, pero a veces se los confunde también.

Algunos caballos con Silver Dapple llevan un pelaje con manchas redondas como se los conoce de algunos tordos.

El gen Smutty (también Sooty) (Sty) añade unos pelos negros al pelaje, así un alazán queda alazán tostado, un caballo castaño un bocifuego.

El pío más conocido en Europa es el Tobiano (To), que es dominante. Las manchas blancas parecen verticales. La cara de un tobiano está de color y lleva sólo estrella o lucero corrido fino, las patas son blancas y hay manchas blancas que van hasta la cruz.

Overo (Fr y fr) se piensa que es dominante. Un pío overo lleva manchas blancas más horizontales, muchas veces en la mitad del cuerpo, que normalmente no llegan hasta la cruz. Un caballo con dos genes de overo (homocigótico) no puede sobrevivir, este efecto se llama OLWS (Overo-Lethal-White-Syndrom). El caballo pío overo normalmente lleva las patas en color o sólo tiene calzados blancos no altos, pero a veces lleva en la cara un lucero corrido ancho.

El caballo Sabino (Sb) a veces se puede confundir con un overo si lleva la cara blanca y manchas horizontales; pero el Sabino suele tener patas calzadas muy altas. Además normalmente las manchas blancas empiezan en una calzada y llegan al cuerpo o empiezan debajo de la braga. También existen caballos que parecen píos, pero son sabinos también; estos caballos llevan la cara blanca y las calzadas muy altas y a veces pequeñas manchas bajo la braga. También pueden llevar partes del cuerpo "arruanadas".

Splashed White (Spl) se encuentra muy raramente. El gen Spl es dominante. Un caballo homocigótico (Spl/Spl) lleva más blanco que un caballo heterocigótico (Spl/spl).

Los Splashed Whites tienen los ojos azules, patas, braga, partes del cuello, cola, cara y (a veces) orejas blancas.

El gen que muestra el leopardo completo lo hace también con el apaloosa manchado. Por eso se llama el complejo leopardo (Lp). Se desconoce su transmisión y dominancia. Los caballos homocigóticos no ven por la noche^{[cita requerida]}.