José Guadalupe Cruz

Al retirarse como jugador profesional, Cruz se mantiene vinculado al Atlante en sustitución del Piojo Miguel Herrera en junio de 2004 siendo el entrenador en la temporada 2004-2005, debutando como técnico en la jornada 1 del torneo de Apertura 2004 ante la Chivas, con un resultado adverso de 7-0. Sin embargo, en ese mismo torneo el 'Profe' Cruz llevó al Altante hasta las semifinales, donde perdió con Monterrey. La primera etapa de Guadalupe Cruz como técnico del Atlante terminó en la jornada 8 del Apertura 2005 al conseguir sólo 5 puntos de 24 posibles.

Campeón Apertura 2007

Regreso posteriormente a dirigir al Atlante conquistando su primer título que llegó en el Apertura 2007 cuando venció en la Final a los Pumas de la UNAM por marcador global de 2-1, logrando el campeonato para los Potros de Hierro. El 'Profe' Cruz fue reconocido como el mejor técnico del Apertura 2007 al ser premiado con el Balón de Oro del fútbol mexicano.[2]

Campeón de CONCACAF

El segundo campeonato de José Guadalupe Cruz con los Potros fue al ganar el título de Concacaf en el 2009 al superar a Cruz Azul 2-0 y obtener así el acceso al mundial Clubes de la FIFA de ese año, llevado a cabo en Abu Dabi, Emiratos Árabes Unidos quedando en cuarto lugar, al perder en penaltis (4-3) el partido de consolación ante el equipo coreano Pohang Steelers.

Permanece en la dirección técnica de este equipo hasta el 2010.

En 2006 asume la dirección técnica del Club León en la categoría de ascenso y posteriormente al Real de Colima hasta el término de la campaña 2006-2007.

En el torneo de Apertura 2010 fue contratado por los Jaguares de Chiapas llevando al equipo hasta los cuartos de final. Volvió a meter en la Liguilla final a Jaguares en dos torneos más (Apertura 2011 y Clausura 2012), en ambas ocasiones quedó fuera en cuartos de final y logrando clasificarlos en la Copa Libertadores de 2011. El fin de su paso por Chiapas terminó en el torneo de Clausura 2013 con la compra del equipo Jaguares, que cambió a Querétaro.

El 26 de agosto de 2013, fue contratado por el Club de Fútbol Monterrey como director técnico en sustitución de Víctor Manuel Vucetich.[3]

Finalmente, el 24 de junio de 2014 se hace público el interés del club español Real Oviedo,[4] para dirigirlo en su intento de regresar a las categorías profesionales del fútbol español, pero la normativa de la Federación Española de Fútbol para 2.ªB específica que para poder ejercer en esta categoría como entrenador se debe contar con la titulación de entrenador UEFA PRO LICENCE y acumular al menos tres temporadas de experiencia en la máxima categoría del país de procedencia que hacen inviable la firma del contrato.

Es contratado para dirigir a los Monarcas Morelia en el Apertura 2014, sin embargo el plantel michoacano no ofrecía armas suficientes para competir de manera sólida y se reflejó en los resultados, por los que José Guadalupe Cruz ya no entrenaria el siguiente torneo a los Monarcas.

Al quedar libre, la directiva del Puebla lo lleva para que se haga cargo del primer equipo de La Franja, para el Clausura 2015, torneo en el que se definiría si los poblanos lograban eludir el descenso.

En el torneo de Copa MX logra llevar a los camoteros a la gran final, misma que disputaría contra el Guadalajara.[5] El 20 de abril los camoteros vence 4-2 al Guadalajara para conseguir el título de la Copa MX.[6]

El 18 de mayo de 2015, el Puebla FC comunica que José Guadalupe Cruz deja de ser el entrenador de su primer equipo.[7]

Tras su salida del Puebla se anuncia oficialmente que es en nuevo estratega de los Dorados de Sinaloa. Toma el equipo con problemas extremos de descenso.[8]

En 2019, Cruz regresó al equipo tras la renuncia de Diego Armando Maradona,[9] sin embargo, el técnico solo permaneció durante el Torneo Apertura, al finalizar el certamen renunció al no haber podido clasificarse a la liguilla.[10]

Después de no poder salvar a Dorados del descenso fue contratado por el Atlas F. C. para encarar el Apertura 2016 con el objetivo de clasificar a la liguilla.

Clasificó a la Liguilla después de dos años fuera de ella. En cuartos de final de ida el Atlas venció 1-0 al acérrimo rival Chivas. Chivas derrotó 1-0 al Atlas en la vuelta. Supera la fase el C. D. Guadalajara por mejor posición en la tabla y a la postre resultó campeón. En el segundo torneo del 2017 Cruz volvió a meter a liguilla a los rojinegros, pero nuevamente en la primera instancia de liguilla su equipo fue eliminado de forma humillante por el superlider: el C. F. Monterrey.

Fue cesado[11] el 15 de enero del 2018 debido a malos resultados y al enojo de la afición, que aunque vio a su equipo peleando por el título en los dos torneos del año anterior nunca tuvo un gusto por el Profe y su estilo de juego.

El 16 de marzo de 2019 fue nombrado como nuevo Director deportivo del equipo Murciélagos F. C. de la Serie A de México, club perteneciente al tercer escalón del sistema profesional mexicano, en donde no ejerce la dirección técnica del club.[12]

Club	País	Año	PJ	G	E	P	Efect
Atlante	México México	2004 - 2005	47	16	12	19	42.55%
León	México México	2006	19	8	6	5	52.63%
Real de Colima	México México	2006	15	5	4	6	42.22%
Atlante	México México	2007 - 2010	119	49	29	41	49.3%
Chiapas	México México	2010 - 2013	102	35	41	26	47.71%
Monterrey	México México	2013 - 2014	15	5	6	4	46.67%
Morelia	México México	2014	10	2	2	6	26.67%
Puebla	México México	2015	17	5	5	7	39.22%
Dorados	México México	2016	18	7	4	7	46.3%
Atlas	México México	2016 - 2018	38	14	12	12	47.37%
Dorados	México México	2019	17	6	8	3	50.98%
Necaxa	México México	2020 - 2021	21	6	5	10	36.51%
Total en sus equipos			438	158	134	146	46.27%

• Datos al 16 de marzo de 2021

Títulos Nacionales

Título	Club	País	Año
Primera División	Atlante	México México	2007
Copa MX	Puebla	México México	2015

Títulos Internacionales

Título	Club	País	Año
Liga Campeones CONCACAF	Atlante	México México	2009