Juan Antonio Pizarro

En 1954 el presidente Gustavo Rojas Pinilla lo envió como agregado militar a Estados Unidos. También fue subdirector de la Junta Interamericana de Defensa.[14] En 1957 renunció a su cargo y regresó a Colombia debido a los sucesos de la plaza de Toros La Santamaría en 1956.

Fue uno de los 90 miembros de la Asamblea Nacional Constituyente convocada por Gustavo Rojas Pinilla.[15]

En mayo de 1957 el general Rojas renunció a la presidencia y lo reemplazó una Junta Militar. La Junta lo nombró comandante en jefe de las Fuerzas Militares, siendo el único de su rama en llegar a serlo.[16]

En 1958 el gobierno estadounidense lo invitó a una inspección de sus bases militares, pero Pizarro se negó a que el gobierno pagara los viáticos de la misión por considerar que el país necesitaba más ingresos para sus problemas internos, pese a la oposición que ejercieron sus compañeros militares[14]

Finalmente, Pizarro se retiró de la Armada en 1959. Fue candidato a ser Ministro de Guerra, pero desistió de la oferta.[17]

Juan Antonio Pizarro falleció en 1982, víctima de un cáncer de próstata que se le diagnosticó en 1976.[18]

Pizarro conoció a la colombo-chilena Margoth Leongómez en Cartagena, cuando era capitán de corbeta asignado en esa ciudad. Margoth era hija del militar Eduardo Leongómez Leyva y era tataranieta de la escritora María Josefa Acevedo, hija a su vez del prócer de la Independencia José Acevedo y Gómez,[20][2] y con ella se casó el 20 de agosto de 1947. La pareja tuvo 5 hijosː Hernando, Juan Antonio, Eduardo, Carlos y Nina Pizarro Leongómez.[18]

A principios de los años 1960 su hijo mayor Hernando se vinculó a la Juventud Comunista de Colombia, convenciendo a sus hermanos Juan Antonio, Nina y Carlos de hacer lo mismo. Finalmente Hernando se vinculó a las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC), de las cuales desertó y conformó el Comando Ricardo Franco.

Juan y Eduardo siguieron durante un tiempo en la JUCO, mientras Carlos se vinculó a las FARC, luego desertó, y fue uno de los fundadores del Movimiento 19 de abril (M-19), al cual entre 1975 y 1984 se vinculó su hermana Nina.[21] Todo esto sin que Juan Antonio, ni su esposa Margoth lo supieran.[18]

Respecto a la vinculación de 3 de sus hijos en movimientos guerrilleros, dijo su esposa Margoth sobre Juan Antonio[18]ː

"Él nunca estuvo de acuerdo con que ellos estuvieran en los movimientos guerrilleros, pero siempre respetó sus decisiones"

Margoth Leongómez

El propio Pizarro llegó a decir de sus hijos lo siguiente[14]ː

"Yo admito que mis hijos sean marxistas, lo que no admito es que sean brutos"

En una de sus cartas de prisión, su hijo Carlos le escribió y en un fragmento de la misma:[22]

"Como tú, la inmensa mayoría de los colombianos, provenimos de familias liberales y conservadoras. Quienes tuvimos el privilegio de la educación, hemos sido formados, desde los primeros años escolares, en escuelas y colegios regentados por sacerdotes y religiosas o por el Estado mismo. Desde la más temprana edad aprendimos de boca de nuestros padres y maestros el respeto a las instituciones políticas del país, a sus servidores públicos y a las Fuerzas Armadas. (...) Durante años aceptamos que los ideales cristianos de servicio, amor y justicia señalaban el quehacer de servidores públicos, industriales, banqueros, etc. (...) Durante gran parte de nuestras vidas confiamos nuestra honra, nuestros bienes, nuestra seguridad personal y la de la Patria a las manos de las Fuerzas Armadas. Durante una época excesivamente larga acatamos ingenuamente los poderes públicos y creímos en sus palabras. Más aún, colaboramos activamente en sus propuestas políticas, sociales y económicas. Pero ese país que reconocíamos como nuestro se fue desdibujando. Ante nuestros ojos sorprendidos apareció una nación adolorida. Esa patria que tú y nuestros antepasados quisieron para nosotros no fue el país que recibimos."

Fragmento de Carta de Carlos Pizarro, Bogotá, 19 de enero de 1980.