Las Tortugas Ninja: Next Mutation

El mentor de las Tortugas y padrastro de Leonardo, Raphael, Donatello y Michelangelo. A diferencia de la serie de los años 1980 y las películas, su pelaje es gris (cosa que seria conservada en la serie de 2003). Puede entrar al mundo de los sueños mediante una profunda meditación, en la cual se puede comunicar con otras personas en el mismo estado.

Mentor y padrastro de Venus, es un sensei chino que le enseño a Venus el arte del Shinobi. Tenía sellado y vigilado a el Rey Dragón en un espejo, pero el sello se rompe y moribundo le pide a Venus ir a Estados Unidos con Splinter y las Tortugas. Este encontró a Venus en Nueva York, poco después de que Splinter se llevara a las demás tortugas cubiertas por el Ooze, lo que da a entender que al momento de encontrar a las Tortugas, Splinter no la noto a ella, cuando con los demás fue cubierta y cambiada por el Ooze.

Shredder apareció en el episodio de cinco partes "East Meets West", cuando él y los Ninjas del Pie descubrieron el escondite de las Tortugas. Cuando Venus de Milo apareció a la vista, ella usa sus habilidades ninja para derrotarlo y el Clan del Pie se disuelve. Su alias de Oroku Saki fue descubierto más tarde en las calles cuando los soldados del Rey Dragón lo atacan con el fin de obtener un amuleto ninja. Después, cuando las fuerzas del Rey Dragón estaban ocupadas peleando contra las Tortugas, Oroku Saki fue derrotado y luego se ve en un callejón desierto con el amuleto en sus manos, donde parece haber desbloqueado el poder del amuleto ninja y se ríe como un maníaco. Sin embargo, la serie fue cancelada antes de que otra temporada que girará en torno a esto se pudiera realizar.

Líder de alto rango y Rey de todos los dragones. El y sus soldados quedaron atrapados en un espejo de cristal hace muchos años y ahora han escapado. Su aspecto está basado en las antiguas representaciones chinas del dragón.

Un pequeño dragón quien es el compañero del Rey Dragón.

Líder del ejército del Rey Dragón.

Un científico de renombre mundial y experto en mutación. Él intenta crear diversas armas para derrotar a las tortugas. También es bastante loco. Según el Rey Dragón, él es el "Maestro de la Nueva Magia" (refiriendo se a la ciencia).

El último de los Yetis. En vez de vivir en la cima de la montaña, él rehace su vida y va a Nueva York para entrar en el negocio de la delincuencia y comenzar una banda de seres humanos que piensen en él como el líder más listo.

Dos monos ladrones y secuaces de Silver.

Un cazador de caza mayor que se especializa en la caza de animales en peligro de extinción. Ha fabricado cosas con partes de animales en peligro de extinción, como marfiles de elefante, pieles de foca, cueros de delfines, y cráneos de gorila montañés. Él considera a las Tortugas Ninja una especie en peligro, ya que solo hay cinco de ellas. Bonesteel posee una personalidad paranoica y es conocido por dar a sus armas nombres femeninos. En el episodio de cuatro partes "Unchain My Heart", Simon Bonesteel es también conocido para la caza de criaturas sobrenaturales (como Vam-Mi y sus secuaces de vampiros).

Una chica vampiro de 10.000 años de edad proveniente de China. Ella fue derrotada anteriormente por Chung I, quien le arrancó el corazón, haciéndola caer en un largo sueño. Sus secuaces Bing y Chi Chu utilizaron una poción mágica para despertarla.

Secuaces vampiros de Vam-Mi. Hombre y mujer respectivamente, ambos tienen un aspecto físico similar al de dos niños.