Sōkyū no Fafner

Kazuki Makabe: Kazuki es el protagonista, es un chico bastante reprimido o, en otras palabras, tiene un alto nivel de auto-negación, que en parte es lo que le permite ser tan buen piloto. Es el piloto del Fafner Mark Elf, y más tarde del Mark Sein el cual posee el núcleo de Mark Elf.

Shoushi Minashiro: Soushi es el amigo de la infancia de Kazuki, un excelente estratega, aunque bastante insensible. Tiene una fina cicatriz en el ojo a causa de un accidente en el que éste estuvo involucrado junto con Kazuki. Es el único capaz de operar el sistema Sigfried, siendo el cerebro de todas las operaciones. Supuestamente no puede pilotar Fafner's por su accidente en el ojo.

Maya Toomi: Maya es una chica alegre, que se preocupa por los demás y siempre tiene una sonrisa, es la más madura del grupo. Su mejor amiga es Shoko, y a causa de que no está en "perfectas condiciones", se le envía al mando de operaciones y a las misiones como miembro del cuerpo médico. Después de ciertos hechos toma un papel más importante en la serie, también se puede notar que siente algo por Kazuki como se demuestra en el capítulo 23, cuando este le dice que está más tranquilo cuando está cerca de ella y Maya reacciona raro, se sonroja y comienza a jugar con los dedos.

Shouko Hazama: Shouko es bastante tierna, pero es muy débil y por eso casi no va a la escuela. Se apoya mucho en Maya y parece sentir algo muy profundo por Kazuki. Por su código genético es candidata para pilotear. Dentro del Fafner cambia su personalidad drásticamente: tiene determinación pero también se vuelve agresiva y errática, lo cual tiene sus consecuencias. Sabiendo que su destino es pilotear a Fafner a pesar de su condición, aborda voluntariamente el Mark Sechs sola para derrotar al enemigo y finalmente se sacrifica para proteger la isla Tatsumiya.

Koyo Kasugai: Koyo ingresó al proyecto sin muchas ganas, influido por sus impositivos padres, que querían un héroe como hijo. Siente una atracción hacia Shouko, aunque conoce los sentimientos de esta. El siente algo de envidia hacia Kazuki por ser el centro de atención de Shouko. Posee un perro llamado "Shokora", el cual su padre no le permite tener en casa así que después de vagar por el pueblo buscando quien se lo cuide se lo da a la madre de Shouko.

Mamoru Kodate: Mamoru, por su parte, siempre ha sentido fascinación por los mechas, es aficionado al manga en especial de uno llamado "El rey de la Aventura", el pilotear los Fafners le concede una habilidad estratégica sorprendente esto porque él posee una doble personalidad, que surge de él al ponerse un casco de "Goubai" uno de los personajes "Mecha" del manga que lee. Cuando su alter ego se encuentra fuera por el casco lucha muy intrépida y tenazmente pero al quitarse el casco regresa a ser Mamoru y en el momento no recuerda lo que pasó, aunque después tiene vagos recuerdos de lo ocurrido, generalmente en sueños.

Kenji Kondo: Kenji es el mejor amigo de Mamoru y siempre se le ve junto a Sakura. Es de temperamento tranquilo. Siente algo muy especial por Sakura aunque nunca sabe como decirlo. Siempre dice que el pilotear un Fafner le ayuda a ligar con las chicas por lo que siempre es castigado por su madre, por lo general le arroja algún objeto con una puntería digna de un francotirador. El siempre grita llamando a su mamá cuando esta en misión pero lucha sin parar, aún más cuando se trata de proteger a Sakura.

Sakura Kaname: Sakura es una chica agresiva que tras el fallecimiento de su padre decide llevar a cabo una misión que consiste en pilotear y vengar su muerte, aunque le cueste la vida. Siempre se le ve al lado de Mamoru y Kenji, quien al parecer siente algo por ella. Ella también siente algo por Kenji aunque nunca se anima a decirlo. Es la sempai de ambos en el club de judo.

Tsubaki Minashiro: Sobre Tsubaki Minashiro, la información se mantiene como clasificada. Solo se sabe que es hermana de Soushi y que ella es el "Núcleo" de la isla.

Karin Kurame: Su información se mantiene como clasificada. Murió en acción durante la primera aparición de Festum.

Fumiko Makabe: Fumiko Makabe quedó al mando de la organización Alvis a la muerte del padre de Soshi, cumpliendo satisfactoriamente con su misión, a pesar de que su único hijo está dentro.

Yukie Kariya: Yuki es una mujer fría y misteriosa que desempeña un doble papel dentro de Alvis.

Chizuru Toomi: Es la encargada del área médica y su hija Yumiko la apoya. Es la madre de Yumiko y Maya.

Kanon Memfis: Es una excombatiente del Ejército de la Humanidad de las Neo Naciones Unidas. Fue rescatada cuando niña en la ciudad de Dublín, en Irlanda. Tiene un fuerte sentimiento de auto-negación-suicida. Es una excelente piloto de Fafner, aunque no puede pilotear los modelos Notung. Por haber estado tanto tiempo en el ejército no tuvo infancia, por lo que solo vive para recibir órdenes de sus superiores, aunque estas le cuesten la vida. Poco a poco va adquiriendo "voluntad propia". En los baños sufre de una gran timidez.

1. Paraíso ~ El Comienzo (楽園～はじまり, Rakuen ~ Hajimari^?)

2. Aviso ~ Vida (告知～いのち, Kokuchi ~ Inochi^?)

3. Misterio ~ Verdad (迷宮～しんじつ, Meikyū ~ Shinjitsu^?)

4. Fleeing Sail ~ Setting Sail

5. Promesa ~ Juramento (約束～ちかい, Yakusoku ~ Chikai^?)

6. Pequeño Cielo ~ Mentira (翔空～ぎせい, Shō Sora^?, Gisei)

7. House Thief ~ Parent and Child

8. Discord ~ Kouyou

9. Farewell - Assimilate

10. Chance encounter - Disassemble

11. Old & new - Human forces

12. Nonexistence - Impatience

13. Erosion - Festum

14. Awakening - Capture

15. Memories - Scream

16. Welcome back - Friends

17. Trick - Survival group

18. Memories - Father

19. Look - Maya

20. Light - Lamp light

21. Future - Sakura

22. Power - Protect

23. Pillage - Decoy

24. Dialogue - Mir

25. Azure - Sky-

• Fafner - un personaje de la mitología nórdica que se convierte en dragón para proteger su tesoro.

• Web oficial (en japonés)