Ulick Burke, I marqués de Clanricarde

En 1641, Burke regresó a Irlanda y se asentó en el castillo de Portumna, condado de Galway. Alarmado ante el estallido de la rebelión irlandesa en octubre de 1641, reclutó un regimiento de infantería para proteger Galway de los insurgentes. Como el más poderoso noble de la provincia, se vio presionado por los nobles católicos para unirse a la Confederación irlandesa en 1642 y, aunque trabajó junto con Patrick D'Arcy y otros en la elaboración de la constitución, se negó a declararse abiertamente partidario de los Confederados. De hecho, en marzo de 1643, se reunió en Trim como representante del rey con los representantes confederados, que le hicieron entrega de una carta en la que detallaban sus quejas y peticiones.

Pese a su mala salud, Clanricarde trató de conseguir un acuerdo que reconciliara los intereses de los católicos irlandeses y los de la corona. Carlos I reconoció su lealtad en febrero de 1645, nombrándole Marqués. Durante su avance sobre Dublín en septiembre de 1646, mantuvo conversaciones con el general Preston para que se uniera a la causa realista, sin éxito.

Ulick Burke no era partidario de la facción extremista confederada, liderada por el arzobispo Giovanni Battista Rinuccini y se mostró satisfecho con la tregua firmada por el conde de Inchiquin en mayo de 1648 y la Segunda Paz Ormonde al año siguiente, que confirmaba la alizanza de Confederados, Realistas y escoceses del Ulster contra las fuerzas parlamentaristas ingleses. Sin embargo, esta coalición fue incapaz de detener el imparable avance del New Model Army de Oliver Cromwell, que consiguió reconquistar la isla en apenas dos años (1649-1650). Cuando Ormonde partió al exilio, el rey nombró a Burke Lord Diputado de Irlanda, cargo que Burke aceptó de forma reluctante.

Los intentos de Burke por defender Connacht durante 1651 se revelaron ineficaces, y finalmente se rindió a Inglaterra en junio de 1652. Aunque se vio privado de sus tierras con la entrada en vigor del Acta de Establecimiento de ese mismo año, sus herederos pudieron recuperarlas diez años después con el Acta de Establecimiento de 1662 firmado tras la Restauración inglesa