Caenorhabditis

Caenorhabditis est un genre de nématodes vivant dans des environnements riches en bactéries. Il contient l’organisme modèle Caenorhabditis elegans, ainsi que de nombreuses autres espèces dont le génome a été séquencé.

Caenorhabditis
Caenorhabditis elegans hermaphrodite adulte.
Classification
Règne Animalia
Embranchement Nematoda
Classe Secernentea
Ordre Rhabditida
Famille Rhabditidae

Genre

Caenorhabditis
(Osche, 1952)[1] Dougherty, 1955

Synonymes

Le nom est formé des deux racines grecques caeno- (καινός (caenos), récent), et rhabditis (ῥάβδος (rhabdos), tige, bâton).

Liste d'espèces

Selon NCBI (30 octobre 2019)[2], le genre appartient à la sous-famille des Peloderinae avec les genres Pellioditis et Pelodera, et comprend les espèces suivantes :

  • Caenorhabditis afra
  • Caenorhabditis angaria
  • Caenorhabditis astrocarya
  • Caenorhabditis becei
  • Caenorhabditis brenneri
  • Caenorhabditis briggsae
    • Caenorhabditis briggsae AF16
  • Caenorhabditis briggsae x Caenorhabditis nigoni
  • Caenorhabditis castelli
  • Caenorhabditis dolens
  • Caenorhabditis doughertyi
  • Caenorhabditis drosophilae
  • Caenorhabditis elegans
  • Caenorhabditis guadeloupensis
  • Caenorhabditis imperialis
  • Caenorhabditis inopinata
  • Caenorhabditis japonica
  • Caenorhabditis kamaaina
  • Caenorhabditis latens
  • Caenorhabditis macrosperma
  • Caenorhabditis maupasi
  • Caenorhabditis monodelphis
  • Caenorhabditis nigoni
  • Caenorhabditis nouraguensis
  • Caenorhabditis nouraguensis x Caenorhabditis becei
  • Caenorhabditis panamensis
  • Caenorhabditis parvicauda
  • Caenorhabditis plicata
  • Caenorhabditis portoensis
  • Caenorhabditis quiockensis
  • Caenorhabditis remanei
  • Caenorhabditis sinica
  • Caenorhabditis sonorae
  • Caenorhabditis sulstoni
  • Caenorhabditis tribulationis
  • Caenorhabditis tropicalis
  • Caenorhabditis uteleia
  • Caenorhabditis virilis
  • Caenorhabditis vivipara
  • Caenorhabditis waitukubuli
  • Caenorhabditis wallacei
  • Caenorhabditis yunquensis
  • Caenorhabditis zanzibari

autres espèces de Caenorhabditis non nommées :

  • Caenorhabditis sp. 1 TAC-2019
  • Caenorhabditis sp. 1 TWN1898
  • Caenorhabditis sp. 10 JR-2014
  • Caenorhabditis sp. 10 TWN510
  • Caenorhabditis sp. 11 RJ-2013
  • Caenorhabditis sp. 16 NG-2017
  • Caenorhabditis sp. 2 KK-2011
  • Caenorhabditis sp. 2 TWN2542
  • Caenorhabditis sp. 21 LS-2015
  • Caenorhabditis sp. 23 AD-2012
  • Caenorhabditis sp. 26 LS-2015
  • Caenorhabditis sp. 3 TWN2594
  • Caenorhabditis sp. 31 LS-2015
  • Caenorhabditis sp. 32 LS-2015
  • Caenorhabditis sp. 38 MB-2015
  • Caenorhabditis sp. 39 LS-2015
  • Caenorhabditis sp. 4 TWN1772
  • Caenorhabditis sp. 40 LS-2015
  • Caenorhabditis sp. 43 LS-2015
  • Caenorhabditis sp. 5 GVDU-2019
  • Caenorhabditis sp. 6 TWN1824
  • Caenorhabditis sp. 7 GVDU-2019
  • Caenorhabditis sp. 8 KK-2011
  • Caenorhabditis sp. 8 TWN1907
  • Caenorhabditis sp. 9 AC-2009
  • Caenorhabditis sp. 9 TWN2033
  • Caenorhabditis sp. DF5070
  • Caenorhabditis sp. JLR-2009
  • Caenorhabditis sp. JU727
  • Caenorhabditis sp. SB341

Selon ITIS (27 mars 2011)[3] :

Génétique

Liste des espèces séquencées

Études phylogénétiques
Cladogramme des espèces de Caenorhabditis selon Félix et al. (avril 2014)
Caenorhabditis

Elegans

C. inopinata

C. sp. 35


Elegans





C. briggsae

C. nigoni

C. sinica

C. latens

C. remanei

C. wallacei

C. tropicalis

C. brenneri

C. doughertyi

C. elegans



Japonica





C. nouraguensis

C. yunquensis

C. macrosperma

C. afra

C. imperialis

C. japonica

C. kamaaina




Drosophilae




C. drosophilae

C. sp. 2


C. angaria

C. castelli

C. sp. 8

C. portoensis

C. virilis

C. guadeloupensis

C. monodelphis

C. plicata




Cladogramme des espèces de Caenorhabditis, basé sur la comparaison de séquences de l'"Internal transcribed spacer", une portion d'ADN située entre les gènes de la petite et de la grande sous-unité de l'ARN.

Une étude phylogénétique réalisée en 2014 révèle la présence de deux super-groupes, 'Elegans' et 'Drosophilae et de deux groupes ('Elegans' et 'Japonica') au sein du super-groupe 'Elegans'. Cette étude révèle aussi que C. nigoni est l'espèce-sœur de C. briggsae tandis que C. elegans est seul, basal dans le groupe 'Elegans'[6].

Une autre étude de 2019 ajoute C. inopinata comme espèce la plus proche de C. elegans. Elle révèle aussi que C. monodelphis est l'espèce la plus basale dans l'arbre phylogénétique[7].

Notes et références
  1. (de) Osche, G., 1952. « Systematik und Phylogenie der Gattung Rhabditis (Nematoda) ». Zoologische Jahrbücher (Abt. 1), 81, p. 190–280.
  2. NCBI, consulté le 30 octobre 2019
  3. Integrated Taxonomic Information System (ITIS), www.itis.gov, CC0 https://doi.org/10.5066/F7KH0KBK, consulté le 27 mars 2011
  4. (en) Stein, L. D. et al., « The Genome Sequence of Caenorhabditis briggsae: A Platform for Comparative Genomics », PLoS Biology, vol. 1, no 2,‎ , p. 166–192 (PMID 14624247, PMCID 261899, DOI 10.1371/journal.pbio.0000045, lire en ligne)
  5. (en) The C. elegans Sequencing Consortium, « Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology », Science, vol. 282,‎ , p. 2012–2018 (DOI 10.1126/science.282.5396.2012, lire en ligne)
  6. (en) Félix, Marie-Anne; Braendle, Christian; Cutter, Asher D. (April 11, 2014). "A Streamlined System for Species Diagnosis in Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) with Name Designations for 15 Distinct Biological Species". PLOS ONE. 9: e94723. DOI:10.1371/journal.pone.0094723
  7. (en) Comparative genomics of 10 new Caenorhabditis species. Lewis Stevens, Marie‐Anne Félix, Toni Beltran, Christian Braendle, Carlos Caurcel, Sarah Fausett, David Fitch, Lise Frézal, Charlie Gosse and Taniya Kaur, Evolution Letters, Volume3, Issue2, April 2019, Pages 217-236, DOI:10.1002/evl3.110.

Liens externes
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