Chemical Markup Language

Le Chemical Markup Language (CML) est un format pour les données chimiques. Ce format est basé sur du XML. Il s'agit de la première implémentation spécifique à un domaine (chimie) basée strictement sur XML. Il est développé depuis plus de dix ans par Peter Murray-Rust, Henry Rzepa, ainsi que par de nombreux contributeurs. Il a été testé dans plusieurs domaines et sur une grande variété d'environnements.

Pour les articles homonymes, voir CML.

cml
Caractéristiques
Extension
.cml
Type MIME
chemical/x-cml
PUID
Signature
3C 63 6D 6C 3A 6D 6F 6C 65 63 75 6C 65 20 78 6D 6C 6E 73 3A 63 6D 6C 3D 22 68 74 74 70 3A 2F 2F 77 77 77 2E 78 6D 6C 2D 63 6D 6C 2E 6F 72 67 2F 73 63 68 65 6D 61 2F 63 6D 6C 32 2F 63 6F 72 65 22 0A (hexa)
Développé par
Type de format
format de fichier chimique
Basé sur

L'information chimique est classiquement stockée dans différents types de format, ce qui implique l'utilisation de ces formats pour échanger de l'information sur un même projet. Le format CML permet de réunir plusieurs de ces formats en un seul. En effet, il peut décrire de nombreux concepts chimiques :

  • molécules
  • réactions
  • spectres et données analytiques
  • chimie computationnelle
  • matériaux et cristallographie

De plus, la possibilité d'utiliser des dictionnaires permet d'augmenter facilement le nombre de ces concepts.

CML utilise la portabilité de XML pour aider les développeurs CML et les chimistes à produire des documents inter-opérables. De nombreux outils peuvent générer, traiter et afficher des documents CML. Les éditeurs peuvent distribuer de l'information chimique dans des documents XML grâce à CML.

Des détails complémentaires sur ce format sont régulièrement ajoutés sur le Wiki CML.

Version

Les dernières versions du schéma sont disponibles sur le site du projet sur SourceForge. La dernière version stable est le schéma CML2.2 détaillé sur CML V2.2. Le format CML1 n'est plus d'actualité et ne devrait plus être utilisé.

Bibliothèques et logiciels

Des outils toujours plus nombreux permettent d'éditer et de transformer des fichiers au format CML :

Liens externes

Références
  1. H. S. Rzepa, P. Murray-Rust and B. J. Whitaker The Internet as a Chemical Information Tool, Chem. Soc. Revs, 1997, 1-10. DOI:10.1039/CS9972600001
  2. P. Murray—Rust and H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML, and the Worldwide Web. 1. Basic Principles, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1999, 39, 928-942. DOI:10.1021/ci990052b
  3. P. Murray—Rust and H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML and the World—Wide Web. 2. Information Objects and the CMLDOM, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41. DOI:10.1021/ci000404a
  4. G. V. Gkoutos and P. Murray—Rust and S. Rzepa and M. Wright, Chemical Markup, XML, and the World-Wide Web. 3. Toward a Signed Semantic Chemical Web of Trust, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41, 1124-1130. DOI:10.1021/ci000406v
  5. E. L. Willighagen, Processing CML Conventions in Java, Internet Journal of Chemistry, 2001, 4. Abstract
  6. P. Murray-Rust, H. S. Rzepa and M. Wright, Development of Chemical Markup Language (CML) as a System for Handling Complex Chemical Content, New J. Chem., 2001, 618-634.
  7. P. Murray—Rust and H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML and the World—Wide Web. 4. CML Schema, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003, 43, 757-772. DOI:10.1021/ci0256541
  8. P. Murray—Rust and H. S. Rzepa and J. Williamson and E. L. Willighagen, Chemical Markup, XML and the World—Wide Web. 5. Applications of Chemical Metadata in RSS Aggregators, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004, 44, 462-469. DOI:10.1021/ci034244p
  9. G. L. Holliday, P. Murray-Rust, H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML and the Worldwide Web. Part 6. CMLReact; An XML Vocabulary for Chemical Reactions, J. Chem. Inf. Mod., 2006, 46, 145-157. DOI:10.1021/ci0502698
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