Chromobacteriaceae

Les Chromobacteriaceae forment une famille de bactéries à gram négatif dans l'ordre des Neisseriales, créée en 2013 pour accomoder des genres bactériens particuliers de cet ordre inclu dans les Pseudomonadota.

Chromobacteriaceae

Culture de Chromobacterium violaceum, espèce type du genre type de cette famille, sur gélose sang

Classification selon LPSN
Règne	Bacteria
Embranchement	Pseudomonadota
Classe	Betaproteobacteria
Ordre	Neisseriales

Famille

Chromobacteriaceae
Adeolu & Gupta, 2013[1]

Taxonomie

La famille Chromobacteriaceae a été créée en 2013 par cission de la famille Neisseriaceae en deux familles distinctes, les Neisseriaceae dont le genre type est toujours Neisseria et la famille Chromobacteriaceae dont le genre type est Chromobacterium[1]. a été créé pour inclure les bactéries hélicoïdales.

En 2021, une nouvelle étude phylogénétique sur un plus grand nombre de génomes complets, a proposé de scinder à nouveau les Neisseriaceae et les Chromobacteriaceae en conservant le nom de ces deux et en ajoutant 3 nouvelles familles[2]. Dans cette étude, 10 genres ont été déplacé des Chromobacteriaceae vers les autres familles mais à l'heure actuelle (au 28 juillet 2022), ces transferts ne sont toujours pas validés par l'ICSP.

Étymologie

L'étymologie du nom de la famille Chromobacteriaceae se résume ainsi : Chro.mo.bac.teri.a’ce.ae. N.L. neut. n. Chromobacterium, genre type de la famille; L. fem. pl. n. suff. -aceae, suffixe pour signifier une famille; N.L. fem. pl. n. Chromobacteriaceae, la famille de Chromobacterium[1]^,[3].

Genres

En 2013, les genres bactériens faisant partie de cette nouvelle famille sont les suivants[1] :

Andreprevotia
Aquaspirillum
Aquitalea
Chitinibacter
Chitinilyticum
Chitiniphilus
Chromobacterium, genre type
Deefgea
Formivibrio
Gulbenkiania
Iodobacter
Jeongeupia
Laribacter
Leeia
Microvirgula
Paludibacterium
Prolinoborus, la séquence de l'ARNr 16S de cette espèce semblait devoir la séparer de cette famille et l'inclure dans le genre Acinetobacter[1]

Pseudogulbenkiania
Silvimonas
Vosgella

Description

La famille Chromobacteriaceae est formée de bactéries libres même si certaines peuvent être des pathogènes facultatifs. Ce seont des bacilles, se présentant seuls, en paires ou en petites chaînes. Un genre bactérien de cette famille, Aquaspirillum fait axception à ces formes en se présentant avec une morphologie hélicoïdale[4]. Les bactéries de cette famille sont mobiles avec préseence de flagelles à l'exception de Formivibrio qui se meut par sa surface. A l'exception de Chromobacterium et de quelques souches de Vosgella, les bactéries de cette famille ne sont pas pigmentées[1]. Le pourcentage en bases GC de l'ADN est de 49 à 70%[1].

Des indels de signatures conservées (CSI) ont été identifiées pour caractériser cette famille. Ces CSI sont présentes chez toutes les Neisseriales mais absentes des bactéries de la famille des Neisseriaceae. Ces signatures sont présentes sur les protéines suivantes : Glycine cleavage system aminomethyletransferase T (GcvT), hypothetical protein CV_3451, methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (IolA), ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha (NrdE), propionyl-CoA carboxylase subunit beta (PccB), succinyl-CoA synthetase subunit alphe (SucC) et tetraacyldisaccharide 4'-kinase (LpxK)[1].

Références

(en) Mobolaji Adeolu et Radhey S. Gupta, « Phylogenomics and molecular signatures for the order Neisseriales: proposal for division of the order Neisseriales into the emended family Neisseriaceae and Chromobacteriaceae fam. nov. », Antonie Van Leeuwenhoek, vol. 104,‎ 11 avril 2013, p. 1-24 (DOI 10.1007/s10482-013-9920-6)
(en) S Chen, B Rudra et RS Gupta, « Phylogenomics and molecular signatures support division of the order Neisseriales into emended families Neisseriaceae and Chromobacteriaceae and three new families Aquaspirillaceae fam. nov., Chitinibacteraceae fam. nov., and Leeiaceae fam. nov. », Syst Appl Microbiol, vol. 44,‎ 2021, p. 126251 (DOI https://doi.org/10.1016/j.syapm.2021.126251)
(en) « Family Chromobacteriaceae », sur LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le 28 juillet 2022)
(en) P.B. Hylemon, J.S. Wells Jr., N.R. Krieg et H.W. Jannasch, « The genus Spirillum: A taxonomic study », International Journal of Systematic Bacteriology, vol. 23, n^o 4,‎ 1^er octobre1973, p. 340-380 (DOI 10.1099/00207713-23-4-340)

Liens externes

Ressources relatives au vivant :

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[Adeolu2013-1] (en) Mobolaji Adeolu et Radhey S. Gupta, « Phylogenomics and molecular signatures for the order Neisseriales: proposal for division of the order Neisseriales into the emended family Neisseriaceae and Chromobacteriaceae fam. nov. », Antonie Van Leeuwenhoek, vol. 104,‎ 11 avril 2013, p. 1-24 (DOI 10.1007/s10482-013-9920-6)

[Chen2021-2] (en) S Chen, B Rudra et RS Gupta, « Phylogenomics and molecular signatures support division of the order Neisseriales into emended families Neisseriaceae and Chromobacteriaceae and three new families Aquaspirillaceae fam. nov., Chitinibacteraceae fam. nov., and Leeiaceae fam. nov. », Syst Appl Microbiol, vol. 44,‎ 2021, p. 126251 (DOI https://doi.org/10.1016/j.syapm.2021.126251)

[LPSNChrom-3] (en) « Family Chromobacteriaceae », sur LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le 28 juillet 2022)

[Hylemon1973-4] (en) P.B. Hylemon, J.S. Wells Jr., N.R. Krieg et H.W. Jannasch, « The genus Spirillum: A taxonomic study », International Journal of Systematic Bacteriology, vol. 23, n^o 4,‎ 1^er octobre1973, p. 340-380 (DOI 10.1099/00207713-23-4-340)