Saison 2 du Bureau des légendes

Malotru collabore avec la CIA, mais souhaite mettre un terme à cette collaboration. Marina (Phénomène) se rapproche d'un ingénieur à recruter (Aladin). Nadia est transférée du Liban en Syrie. Cassidy annonce à Duflot qu'une taupe se cache dans son service. Une vidéo de Daesh montre un français décapitant un otage en Irak. 

Aladin se fait violemment battre par le fils d'un dignitaire du régime, Shapur. Marina hésite à témoigner en sa faveur car cela risque de compromettre sa mission. En intrigant, Malotru obtient de devenir l'agent référent de Marina, et la pousse à se rapprocher de Shapur. Par ce biais, il espère monnayer avec la CIA une aide pour libérer Nadia, désormais détenue en Syrie. Le bourreau de Daesh, Chevalier, a été identifié. Il s'agit d'une personne que Ben Arfa (Cyclone) a déjà rencontrée, Toufiq Boumaza. Sisteron va utiliser Ben Arfa pour se rapprocher de sa famille. 

Se faisant passer pour un avocat proche des familles de jihadistes candidats au retour, Sisteron se rapproche de la sœur de Chevalier, infirmière, qui est restée en contact avec lui. De son côté, Phénomène se rapproche de Shapur (Caramel). Mais elle a éveillé l'attention des gardiens de la révolution et est en danger. Duflot mène son enquête en interne et s'intéresse au D^r Balmes. 

Marina tient sa légende et est libérée : elle est rapatriée d'urgence. Shapur arrive à sortir de prison mais sa fiancée est fouettée. Ils décident de partir en week-end à Paris où ils retrouvent Marina. Dans le dos de Duflot, Malotru demande à Marina de reprendre contact avec Shapur pendant qu'il est à Paris. Il cherche à recruter Shapur pour le compte de la C.I.A. 

Sisteron part avec la sœur de Chevalier en Turquie puis à la frontière syrienne pour une opération conjointe avec les services turcs. Duflot est convaincu que Malotru joue double jeu et renvoie ce dernier. Mais Malotru a une intuition sur l'opération avec Daesh et prend contact avec l'équipe de crise. L'opération tourne mal, et Sisteron se fait capturer par Daesh. 

Mutilé, Sisteron est échangé avec la sœur de Chevalier. Malotru est réintégré, mais il ne pourra travailler que sur l'opération d'élimination du bourreau de Daesh. Nadia El Mansour est libérée par les Syriens à condition de coopérer avec un agent de Bashar infiltré dans l'opposition syrienne. Elle refuse de rencontrer Malotru. Nadim s'assure que Nadia remplit sa mission et met la pression sur Nadia, qui finit par craquer. 

Nadia El Mansour demande de l'aide à Malotru. Celui-ci accepte, et l'exfiltre. Pour la protéger, il monte une opération pour déstabiliser Nadim. Malotru trouve également le micro posé par Henri Duflot sous le bureau de Balmes. La CIA décide de mettre fin à la mission de cette dernière. Shapur invite Marina à Doha pour un séminaire. À Doha, la DGSE tente de retourner Shapur. Mais les agents envoyés réalisent qu'il est déjà employé par la CIA. 

Nadim s'est fait piéger et livre des informations au bureau. Par l'intermédiaire d'un imam libyen, Malotru a recruté un candidat qui opèrera sous l' identité d'un caméraman, pour un attentat suicide visant à éliminer Toufiq. Duflot apprend que Shapur travaille pour la CIA, et soupçonne Malotru d'y être pour quelque chose. En envoyant un SMS compromettant depuis le bureau de son père, Shapur se fait repérer par les services secrets iraniens, qui remontent à Marina. 

Marina est interrogée par le contre-espionnage iranien, tandis que Shapur est torturé. Moule à gaufres et Duflot comprennent qu'ils se sont fait doubler sur le dossier Shapur par la CIA, et qu'il y a une taupe au sein de la DGSE. Des négociations sont entreprises avec la CIA, qui lâche le nom de son contact : Guillaume Debailly. De son côté, l'opération montée par Malotru risque de tourner court car le kamikaze pressenti pour éliminer Toufiq se désiste. Malotru décide d'aller le convaincre lui-même. 

Prune découvre le cahier que son père lui a laissé en guise de testament. Une enquête interne a lieu pour déterminer les circonstances de la trahison de Malotru. La CIA accepte de procéder à un échange de prisonniers pour que Marina soit libérée. Mais les gardiens de la révolution ont décidé de l'éliminer. Elle réussit à s'échapper pendant son transfert. Malotru décide de remplacer le caméraman qui a fait défection et part avec le journaliste allemand à la rencontre de Toufiq Boumaza.