Fungiculture

Fongiculture, myciculture

La fungiculture (ou fongiculture), ou myciculture, est la culture des champignons.

Fungiculture humaine

Si la culture des champignons est attestée dès l'Antiquité, peu d'espèces, malgré les différents progrès réalisés au cours du XX^e siècle, se révèlent intéressantes pour une culture de type industriel ou semi-industriel. La plus grosse part du marché est occupée par le champignon de Paris (Agaricus bisporus), ainsi que par des champignons asiatiques tels que le shiitaké (Lentinula edodes) ou le champignon noir (Auricularia auricula). Les cultures de champignons ont lieu dans les champignonnières ou à l'extérieur. La culture des champignons est appelée fungiculture ou myciculture, à ne pas confondre avec la mycoculture, une technique de culture en laboratoire utilisée en biologie (mycologie médicale) pour les mycètes d'intérêt médical ou vétérinaire.

Principales espèces cultivées

Ferme de Tanzanie produisant des pleurotes en huître.

Agaricus bisporus — champignon de Paris
Agrocybe aegerita — pholiote du peuplier
Auricularia auricula-judae — oreille de Judas
Hypsizygus tesselatus - buna-shiméji
Lentinula edodes — shii-také
Pholiota nameko — pholiote asiatique
Pleurotus eryngii - pleurote du panicaud.
Pleurotus ostreatus — pleurote en huître, et autres espèces voisines de pleurotes
Psilocybe cubensis — psilo cubensis
Volvariella volvacea — volvaire asiatique

Production

Il s'agit de champignons alimentaires sans distinction d'espèce.

Production en tonnes. Chiffres 2003-2004 Données de FAOSTAT (FAO)
Chine	1 309 455	42 %	1359335	42 %
États-Unis d'Amérique	391 000	12 %	391000	12 %
Pays-Bas	263 000	8 %	260 000	8 %
France	165 647	5 %	170 000	5 %
Pologne	120 000	4 %	120 000	4 %
Espagne	115 165	4 %	115 165	4 %
Italie	90 000	3 %	90 000	3 %
Canada	78 018	2 %	80 000	2 %
Royaume-Uni	77 100	2 %	80 000	2 %
Irlande	69 000	2 %	70 000	2 %
Japon	67 000	2 %	67 000	2 %
Autres pays	403 726	13 %	404 238	13 %
Total	3 149 111	100 %	3 206 738	100 %

Fungiculture animale

Différentes espèces animales autres que l'Homme cultivent des champignons pour s'en nourrir.

Les fourmis champignonnistes, ou fourmis coupe-feuille, cultivent des champignons (principalement Leucoagaricus gongylophorus) dans leur fourmilière, sur un substrat constitué de morceaux de feuilles et de fleurs que les ouvrières collectent et mâchent. Elles se nourrissent des gongylidia (des hyphes hypertrophiés riches en nutriments)[1]. Elles vivent toutes en Amérique du Sud ou en Amérique centrale, dans l'écozone néotropique, et constituent une cinquantaine d'espèces réparties entre deux genres (Atta et Acromyrmex) de la tribu des Attini (famille des Formicidae, sous-famille des Myrmicinae).

Xyleborinus saxesenii, un coléoptère social se nourrissant de champignons qu'il sélectionne grâce à une sécrétion qui contient une bactérie produisant un antibiotique.

Les termites de la sous-famille des Macrotermitinae (en) (famille des Termitidae) cultivent des champignons du genre Termitomyces (famille des Lyophyllaceae) sur des fragments de végétaux, à l'intérieur de la termitière. Leur microbiote intestinal est constitué d'une communauté bactérienne capable de digérer les champignons, et non de flagellés comme chez les autres termites[2].

Xyleborinus saxesenii (en) et Xyleborus affinis (en), des coléoptères sociaux de la famille des Curculionidae, creusent des galeries dans du bois ou d'autres végétaux comme la canne à sucre et se nourrissent des champignons (notamment du genre Raffaelea, famille des Ophiostomataceae (en)) qui se développent sur la surface interne de ces galeries. La femelle fondatrice de la colonie apporte les spores des champignons dans son système digestif ou dans son mycangium, une poche spécialisée. Les champignons bénéfiques sont sélectionnés grâce à une sécrétion contenant une bactérie qui produit de la cycloheximide (un antibiotique qui détruit les autres espèces fongiques)[3]^,[4].

On ne sait pas comment la domestication des champignons est apparue chez ces insectes sociaux de trois ordres différents. Les Macrotermitinae (en) cultivaient déjà un ancêtre des Termitomyces il y a 30 Ma. Les termites et les coléoptères qui cultivent et consomment des champignons ont des microbiotes intestinaux semblables[5] ; ils sont d'ailleurs apparentés car on a trouvé dans de l'ambre datant de 25–30 Ma un fossile nommé Mastotermes electrodominicus dont l'ADN confirme l'existence d'un ancêtre commun aux isoptères, mantoptères et blattoptères (super-ordre des dictyoptères)[6].

Voir aussi

Trufficulture

Notes et références

(en) Henrik H. De Fine Licht, Jacobus J. Boomsma et Anders Tunlid, « Symbiotic adaptations in the fungal cultivar of leaf-cutting ants », Nature Communications, vol. 5,‎ 1^er décembre 2014 (DOI 10.1038/ncomms6675).
(en) S. Otani, A. Mikaelyan, T. Nobre, L. H. Hansen, N. A. Koné et al., « Identifying the core microbial community in the gut of fungus-growing termites », Molecular Ecology, vol. 23, n^o 18,‎ septembre 2014, p. 4631-4644 (DOI 10.1111/mec.12874).
(en) Kirk J. Grubbs, Frank Surup, Peter H. W. Biedermann, Bradon R. McDonald, Jonathan L. Klassen et al., « Cycloheximide-Producing Streptomyces Associated With Xyleborinus saxesenii and Xyleborus affinis Fungus-Farming Ambrosia Beetles », Frontiers in Microbiology (en),‎ 24 septembre 2020 (DOI 10.3389/fmicb.2020.562140).
(en) Peter H. W. Biedermann, « Cooperative Breeding in the Ambrosia Beetle Xyleborus affinis and Management of Its Fungal Symbionts », Frontiers in Ecology and Evolution (en),‎ 4 novembre 2020 (DOI 10.3389/fevo.2020.518954).
(en) C. Dietrich, T. Köhler T et A. Brune, « The cockroach origin of the termite gut microbiota: patterns in bacterial community structure reflect major evolutionary events », Applied and Environmental Microbiology (en), vol. 80, n^o 7,‎ avril 2014, p. 2261-2269 (DOI 10.1128/AEM.04206-13).
(en) R. DeSalle, J. Gatesy, W. Wheeler et D. Grimaldi, « DNA sequences from a fossil termite in Oligo-Miocene amber and their phylogenetic implications », Science, vol. 257, n^o 5078,‎ 25 septembre 1992, p. 1933-1936 (DOI 10.1126/science.1411508).

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[1] (en) Henrik H. De Fine Licht, Jacobus J. Boomsma et Anders Tunlid, « Symbiotic adaptations in the fungal cultivar of leaf-cutting ants », Nature Communications, vol. 5,‎ 1^er décembre 2014 (DOI 10.1038/ncomms6675).

[2] (en) S. Otani, A. Mikaelyan, T. Nobre, L. H. Hansen, N. A. Koné et al., « Identifying the core microbial community in the gut of fungus-growing termites », Molecular Ecology, vol. 23, n^o 18,‎ septembre 2014, p. 4631-4644 (DOI 10.1111/mec.12874).

[3] (en) Kirk J. Grubbs, Frank Surup, Peter H. W. Biedermann, Bradon R. McDonald, Jonathan L. Klassen et al., « Cycloheximide-Producing Streptomyces Associated With Xyleborinus saxesenii and Xyleborus affinis Fungus-Farming Ambrosia Beetles », Frontiers in Microbiology (en),‎ 24 septembre 2020 (DOI 10.3389/fmicb.2020.562140).

[4] (en) Peter H. W. Biedermann, « Cooperative Breeding in the Ambrosia Beetle Xyleborus affinis and Management of Its Fungal Symbionts », Frontiers in Ecology and Evolution (en),‎ 4 novembre 2020 (DOI 10.3389/fevo.2020.518954).

[5] (en) C. Dietrich, T. Köhler T et A. Brune, « The cockroach origin of the termite gut microbiota: patterns in bacterial community structure reflect major evolutionary events », Applied and Environmental Microbiology (en), vol. 80, n^o 7,‎ avril 2014, p. 2261-2269 (DOI 10.1128/AEM.04206-13).

[6] (en) R. DeSalle, J. Gatesy, W. Wheeler et D. Grimaldi, « DNA sequences from a fossil termite in Oligo-Miocene amber and their phylogenetic implications », Science, vol. 257, n^o 5078,‎ 25 septembre 1992, p. 1933-1936 (DOI 10.1126/science.1411508).