ENCODE

ENCODE, abréviation de Encyclopedia of DNA Elements, traduisible par Encyclopédie des éléments de l'ADN est un projet de recherche public lancé par le National Human Genome Research Institute (NHGRI) américain en septembre 2003[1]^,[2]^,[3]^,[4]^,[5]. Conçu comme le prolongement du Projet sur le Génome Humain, le projet ENCODE vise à identifier tous les éléments fonctionnels du génome humain.

Le projet est conduit par plusieurs groupes de chercheurs, et les données générées sont disponibles au public[6].

Motivation et enjeux

On estime que le génome humain comporte 20 000 gènes codant des protéines, ce qui ne représente qu'1,5 % de l'information. L'objectif principal du projet ENCODE est de déterminer le rôle de l'ADN non codant. On pense qu'il pourrait avoir un rôle dans la régulation de l'activité des gènes codants, et ainsi expliquer certaines maladies[7].

Le Consortium ENCODE

Le projet ENCODE est mené par un consortium, financé principalement par le National Human Genome Research Institute (NHGRI) américain, mais d'autres participants contribuent à la gestion du projet ou à l'analyse des données.

Le projet pilote rassemblait 8 groupes de recherches, lors de la phase de développement technologique. Après 2007 et la fin officielle du pilote, le nombre de participants était monté à 440 scientifiques provenant de 32 laboratoires du monde entier. Le projet est alors divisé en :

Centres de production
Centres de coordination des données
Centre d'analyse des données
Récompenses de l'analyse des calculs
Effort de développement de la technologie.

Résultats obtenus

Les résultats du projet montrent l'importance de l'ADN non codant, avec environ 80 % de l'ADN possédant une utilité, notamment dans la modulation de l'expression des gènes[8]^,[9].

Critiques

Ce chiffre de 80 % est contesté par certains biologistes, car la simple «activité biochimique» permet de ranger dans la catégorie de l'ADN «utile»[10]^,[11].

D'autres études donnent 10 % de l'ADN étant soumis à une pression de sélection[12], ce qui serait incompatible avec la revendication que 80 % de notre génome aurait une utilité.

Références

(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « ENCODE » (voir la liste des auteurs).

Raney BJ, Cline MS, Rosenbloom KR, Dreszer TR, Learned K, Barber GP, Meyer LR, Sloan CA, Malladi VS, Roskin KM, Suh BB, Hinrichs AS, Clawson H, Zweig AS, Kirkup V, Fujita PA, Rhead B, Smith KE, Pohl A, Kuhn RM, Karolchik D, Haussler D, Kent, WJ, « ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update) », Nucleic Acids Res., vol. 39, n^o Database issue,‎ janvier 2011, D871–5 (PMID 21037257, PMCID 3013645, DOI 10.1093/nar/gkq1017)
The ENCODE Project Consortium, « The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project », Science, 2004
ENCODE Project Consortium, « A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) », PLOS Biology, vol. 9, n^o 4,‎ 2011, e1001046 (PMID 21526222, PMCID 3079585, DOI 10.1371/journal.pbio.1001046)
ENCODE Project Consortium, Birney E, Stamatoyannopoulos JA, Dutta A, Guigó R, Gingeras TR, Margulies EH, Weng Z, Snyder M, Dermitzakis ET; et al. (2007).
Guigó R, Flicek P, Abril JF, Reymond A, Lagarde J, Denoeud F, Antonarakis S, Ashburner M, Bajic VB, Birney E, Castelo R, Eyras E, Ucla C, Gingeras TR, Harrow J, Hubbard T, Lewis SE, Reese MG (2006).
« ENCODE Project », sur www.genome.gov (consulté le 13 mai 2016)
Tina Hesman Saey, « Team releases sequel to the human genome », Society for Science & the Public, 6 octobre 2012 (consulté le 18 octobre 2012)
Cécile Dumas, « Génome : pour en finir avec l'ADN "poubelle" » , sur sciencesetavenir.fr, 10 septembre 2012 (consulté le 8 septembre 2020).
Chloé Durand-Parenti, « Projet ENCODE : nouvelles révélations sur l'ADN », sur lepoint.fr, 6 septembre 2012 (consulté le 8 septembre 2020).
(en) D. Graur, Y. Zheng, N. Price, R.B.R. Azevedo, R.A. Zufall et E. Elhaik, « On the Immortality of Television Sets: “Function” in the Human Genome According to the Evolution-Free Gospel of ENCODE », Genome biology and evolution, vol. 5,‎ 2013, p. 578-590 (PMID 23431001, DOI doi: 10.1093/gbe/evt028)
(en) W.F. Doolittle, « Is junk DNA bunk? A critique of ENCODE », Proc. Natl. Acad. Sci. USA, vol. 110,‎ 2013, p. 5294–5300 (PMID 23479647, DOI 10.1073/pnas.1221376110)
(en) « A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals », Nature, vol. 478,‎ 2011, p. 476-482 (PMID 21993624, DOI 10.1038/nature10530)

Voir aussi

Articles connexes

Liens externes

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[Raney2011-1] Raney BJ, Cline MS, Rosenbloom KR, Dreszer TR, Learned K, Barber GP, Meyer LR, Sloan CA, Malladi VS, Roskin KM, Suh BB, Hinrichs AS, Clawson H, Zweig AS, Kirkup V, Fujita PA, Rhead B, Smith KE, Pohl A, Kuhn RM, Karolchik D, Haussler D, Kent, WJ, « ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update) », Nucleic Acids Res., vol. 39, n^o Database issue,‎ janvier 2011, D871–5 (PMID 21037257, PMCID 3013645, DOI 10.1093/nar/gkq1017)

[urlThe_ENCODE_(ENCyclopedia_Of_DNA_Elements)_Project-2] The ENCODE Project Consortium, « The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project », Science, 2004

[3] ENCODE Project Consortium, « A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) », PLOS Biology, vol. 9, n^o 4,‎ 2011, e1001046 (PMID 21526222, PMCID 3079585, DOI 10.1371/journal.pbio.1001046)

[birney-4] ENCODE Project Consortium, Birney E, Stamatoyannopoulos JA, Dutta A, Guigó R, Gingeras TR, Margulies EH, Weng Z, Snyder M, Dermitzakis ET; et al. (2007).

[5] Guigó R, Flicek P, Abril JF, Reymond A, Lagarde J, Denoeud F, Antonarakis S, Ashburner M, Bajic VB, Birney E, Castelo R, Eyras E, Ucla C, Gingeras TR, Harrow J, Hubbard T, Lewis SE, Reese MG (2006).

[6] « ENCODE Project », sur www.genome.gov (consulté le 13 mai 2016)

[SN182#7-7] Tina Hesman Saey, « Team releases sequel to the human genome », Society for Science & the Public, 6 octobre 2012 (consulté le 18 octobre 2012)

[8] Cécile Dumas, « Génome : pour en finir avec l'ADN "poubelle" » , sur sciencesetavenir.fr, 10 septembre 2012 (consulté le 8 septembre 2020).

[9] Chloé Durand-Parenti, « Projet ENCODE : nouvelles révélations sur l'ADN », sur lepoint.fr, 6 septembre 2012 (consulté le 8 septembre 2020).

[10] (en) D. Graur, Y. Zheng, N. Price, R.B.R. Azevedo, R.A. Zufall et E. Elhaik, « On the Immortality of Television Sets: “Function” in the Human Genome According to the Evolution-Free Gospel of ENCODE », Genome biology and evolution, vol. 5,‎ 2013, p. 578-590 (PMID 23431001, DOI doi: 10.1093/gbe/evt028)

[11] (en) W.F. Doolittle, « Is junk DNA bunk? A critique of ENCODE », Proc. Natl. Acad. Sci. USA, vol. 110,‎ 2013, p. 5294–5300 (PMID 23479647, DOI 10.1073/pnas.1221376110)

[12] (en) « A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals », Nature, vol. 478,‎ 2011, p. 476-482 (PMID 21993624, DOI 10.1038/nature10530)