EcoRI

EcoRI (Eco « R » un) est une enzyme de restriction produite par la souche bactérienne Escherichia coli, bactérie commensale du système digestif humain. Son site de reconnaissance est le suivant :

   5'-GAATTC-3'
   3'-CTTAAG-5'

Séquence d'ADN reconnue par EcoRI. La ligne verte matérialise le lieu de la coupure.

La plupart du temps, les sites de restriction sont palindromiques, c’est-à-dire que la séquence d'ADN est la même lorsqu'on la lit du sens 5' vers 3'.

Il s'agit d'une endonucléase de restriction de type II, ce qui est très commun chez les bactéries.

EcoRI se déplace en glissant le long du squelette phosphate-sucre de l'ADN[1]. EcoRI peut se lier à l'ADN de 2 façons : d'une façon spécifique à son site de reconnaissance, immobile, menant au clivage de l'ADN, et d'une façon moins serrée et non spécifique, permettant son déplacement[2]. Ces 2 façons sont appliquées de façon alternative et continue.

La coupure dans l'ADN sera décalée sur chaque brin de quelques nucléotides. La coupure est dite génératrice d'extrémités cohésives (en opposition aux extrémités franches où il n'y a pas de décalage dans la coupure, obtenue par EcoRV, une autre enzyme de restriction).

Notes et références

(en) Donald C. Rau et Nina Y. Sidorova, « Diffusion of the Restriction Nuclease EcoRI along DNA », Journal of Molecular Biology, vol. 395, n^o 2,‎ janvier 2010, p. 408–416 (ISSN 0022-2836, DOI 10.1016/j.jmb.2009.10.049, lire en ligne, consulté le 3 novembre 2018)
B Polisky, P Greene, D E Garfin et B J McCarthy, « Specificity of substrate recognition by the EcoRI restriction endonuclease. », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 72, n^o 9,‎ septembre 1975, p. 3310–3314 (ISSN 0027-8424, PMID 242001, lire en ligne, consulté le 3 novembre 2018)

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[1] (en) Donald C. Rau et Nina Y. Sidorova, « Diffusion of the Restriction Nuclease EcoRI along DNA », Journal of Molecular Biology, vol. 395, n^o 2,‎ janvier 2010, p. 408–416 (ISSN 0022-2836, DOI 10.1016/j.jmb.2009.10.049, lire en ligne, consulté le 3 novembre 2018)

[2] B Polisky, P Greene, D E Garfin et B J McCarthy, « Specificity of substrate recognition by the EcoRI restriction endonuclease. », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 72, n^o 9,‎ septembre 1975, p. 3310–3314 (ISSN 0027-8424, PMID 242001, lire en ligne, consulté le 3 novembre 2018)