Footprinting de l'ADN

Le footprint ou footprinting de l'ADN est une technique de biologie moléculaire permettant l'identification des protéines et facteurs de transcription se fixant sur une séquence de l'ADN[1].

Méthode

Cette technique se fait en plusieurs étapes :

  • Amplification d'ADN par PCR,
  • Marquage du 5' d'un des deux brins de l'ADN
  • Incubation de l'ADN amplifié avec des protéines d'intérêt,
  • Digestion ménagée par une enzyme de type DNAse I (en présence de Ca2+. La réaction sera stoppée avec de l'EDTA (un chélateur de cations permettant d'inhiber et donc de stopper le travail de la nucléase),
  • Analyse de la longueur des fragments (réalisée par des automates séquenceurs),
  • Analyse du gel (de polyacrylamide) en conditions dénaturantes (présence de sodium dodécyl sulfate, par exemple)[2].

Notes et références
  1. D. J. Galas et A. Schmitz, « DNAse footprinting: a simple method for the detection of protein-DNA binding specificity », Nucleic Acids Research, vol. 5, no 9,‎ , p. 3157–3170 (ISSN 0305-1048, PMID 212715, lire en ligne, consulté le )
  2. http://www.chups.jussieu.fr/polys/biochimie/BGbioch/POLY.Chp.9.24.html

2. http://www.biology-pages.info/F/Footprinting.html

Voir aussi
  • Portail de la biologie cellulaire et moléculaire
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