Interactomique

Le concept d’interactome a été proposé en 1999 par Bernard Jacq (Institut de Biologie du Développement de Marseille Luminy) pour décrire les réseaux biologiques formés par les principaux types de molécules.

L'interactomique est l'étude des interactions entre les différentes molécules biochimiques[1] (par exemple entre protéines différentes ou identiques dans le protéome et dans différents contextes), sachant que la physiologie d'une cellule est le produit de milliers de protéines agissant de concert pour façonner la vie de la cellule et toutes ses réponses, via des complexes intracellulaire, des organites et diverses voies de transduction de signal[2].

On cherche à identifier les interactions macromoléculaires et protéiques chez l'homme (avec un projet de mesure quantitative[3] et de « cartographie du protéome ») [4]^,[5], comme chez des organismes primitifs[6]^,[7] ou chez des plantes qui intéressent l'industrie des biotechnologies (Arabidopsis notamment[8]). On étudie aussi les liens entre transcriptome et interactome, par exemple à partir de l'espèce modèle Saccharomyces cerevisiae[9]^,[10], et les liens entre interactome et maladies, dont chez l'Homme[11]^,[12].

Enjeux

L'interactomique vise à mieux comprendre les mécanismes biologiques intra- et inter-cellulaires[13], qu'ils soient structurels, évolutifs et pathologiques[14], ce qui nécessite de mieux identifier et comprendre les réseaux d'interactions protéiques.

Notes et références

http://www.impact-plateforme.com
Edward L. Huttlin, Raphael J. Bruckner, Joao A. Paulo, Joe R. Cannon, Lily Ting + et al. (2017) Architecture of the human interactome defines protein communities and disease networks ; Nature ; Doi:10.1038/nature22366
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Rolland, T. et al. (2014) A proteome-scale map of the human interactome network. Cell 159, 1212–1226
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Lage, K., Karlberg, E. O., Størling, Z. M., Olason, P. I., Pedersen, A. G., Rigina, O., ... & Moreau, Y. (2007). A human phenome-interactome network of protein complexes implicated in genetic disorders. Nature biotechnology, 25(3), 309-316.
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Voir aussi

Articles connexes

Bibliographie

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[1] ttp://www.impact-plateforme.com

[2] Edward L. Huttlin, Raphael J. Bruckner, Joao A. Paulo, Joe R. Cannon, Lily Ting + et al. (2017) Architecture of the human interactome defines protein communities and disease networks ; Nature ; Doi:10.1038/nature22366

[3] Stumpf, M. P., Thorne, T., de Silva, E., Stewart, R., An, H. J., Lappe, M., & Wiuf, C. (2008). Estimating the size of the human interactome. Proceedings of the National Academy of Sciences, 105(19), 6959-6964.

[4] Rolland, T. et al. (2014) A proteome-scale map of the human interactome network. Cell 159, 1212–1226

[5] Zhou, M., Lucas, D. A., Chan, K. C., Issaq, H. J., Petricoin, E. F., Liotta, L. A., ... & Conrads, T. P. (2004). An investigation into the human serum “interactome”. Electrophoresis, 25(9), 1289-1298 (résumé).

[6] Wan, C. et al. (2015) Panorama of ancient metazoan macromolecular complexes. Nature 525, 339–344

[7] Li, S., Armstrong, C. M., Bertin, N., Ge, H., Milstein, S., Boxem, M., ... & Goldberg, D. S. (2004). A map of the interactome network of the metazoan C. elegans. Science, 303(5657), 540-543.

[8] Arabidopsis Interactome Mapping Consortium. (2011). Evidence for network evolution in an Arabidopsis interactome map. Science, 333(6042), 601-607.

[9] Ge, H., Liu, Z., Church, G. M., & Vidal, M. (2001). Correlation between transcriptome and interactome mapping data from Saccharomyces cerevisiae. Nature genetics, 29(4), 482-486.

[10] Collins, S. R., Kemmeren, P., Zhao, X. C., Greenblatt, J. F., Spencer, F., Holstege, F. C., ... & Krogan, N. J. (2007). Toward a comprehensive atlas of the physical interactome of Saccharomyces cerevisiae. Molecular & Cellular Proteomics, 6(3), 439-450.

[11] Vidal, M., Cusick, M. E., & Barabasi, A. L. (2011). Interactome networks and human disease. Cell, 144(6), 986-998.

[12] Lage, K., Karlberg, E. O., Størling, Z. M., Olason, P. I., Pedersen, A. G., Rigina, O., ... & Moreau, Y. (2007). A human phenome-interactome network of protein complexes implicated in genetic disorders. Nature biotechnology, 25(3), 309-316.

[13] Cusick, M. E., Klitgord, N., Vidal, M., & Hill, D. E. (2005). Interactome: gateway into systems biology. Human molecular genetics, 14(suppl 2), R171-R181.

[14] Menche, J. et al. (2015) Uncovering disease-disease relationships through the incomplete interactome. Science 347, 1257601