MANET (base de données)

MANET (pour Molecular Ancestry Network) est une base de données bioinformatiques qui relie les données disponibles sur l'évolution des protéines et de leur structure aux données disponibles sur l'évolution des êtres vivants. Ce système a été initialement développé au département d'ingénierie agronomique de l'université de l'Illinois à Urbana-Champaign[1] [Quand ?].

MANET suit par exemple l'ascendance d'une enzyme du métabolisme en s'appuyant sur des méthodes bioinformatiques, phylogénétiques et statistiques. Cette base de données croise des informations issues de la base SCOP (Structural Classification of Proteins), des informations sur les voies métaboliques de la base KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) et des reconstitutions phylogénétiques décrivant l'évolution du repliement des protéines à l'échelle la plus large possible[2].

Notes et références
  1. (en) Hee Shin Kim, Jay E. Mittenthal et Gustavo Caetano-Anollés, « MANET: tracing evolution of protein architecture in metabolic networks », BMC Bioinformatics, vol. 7,‎ , p. 351 (PMCID 1559654, lire en ligne) DOI:10.1186/1471-2105-7-351 PMID 16854231
  2. (en) Gustavo Caetano-Anollés et Derek Caetano-Anollés, « An Evolutionarily Structured Universe of Protein Architecture », Genome Research, vol. 13,‎ , p. 1563-1571 (PMCID 403752, lire en ligne) DOI:10.1101/gr.1161903 PMID 12840035

Lien externe
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