Michael Waterman

Michael Spencer Waterman (né le ) est professeur de biologie, de mathématiques et d'informatique à l'université de Californie du Sud (USC)[3],[6] où il est titulaire d'une chaire d'associé en sciences biologiques, mathématiques et informatique. Il a auparavant[Quand ?] occupé des postes au Laboratoire national de Los Alamos et à l'université d'État de l'Idaho.

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Michael Waterman
Michael Waterman en 2004
Nom de naissance Michael Spencer Waterman
Naissance [1]
Coquille (Oregon)
Domaines

Bio-informatique
Probabilité
Statistique
Informatique
Mathématiques discrètes

Combinatoire
Institutions

Université de Caroline du Sud
Laboratoire national de Los Alamos

Université d'État de l'Idaho
Diplôme Université d'État de l'Oregon
Université d'État du Michigan
Directeur de thèse John Rankin Kinney[2]
Renommé pour

Algorithme de Smith-Waterman

Suite de de Bruijn
Distinctions

Bourse Guggenheim (1995)[3]
Prix international de la Fondation Gairdner (2002)[3]
Bourse de l'ISCB (2009)[4]

Prix Dan David (2015)[5]
Site dornsife.usc.edu/labs/msw/

Biographie

Il a grandi près de Bandon, en Oregon[7] et a obtenu un baccalauréat en mathématiques à l'université d'État de l'Oregon, suivi d'un doctorat en statistiques et probabilité à l'université d'État du Michigan en 1969[8],[9].

Recherche et carrière

Waterman est l'un des fondateurs et des leaders du domaine de la bio-informatique. Il se concentre sur l'application des mathématiques, des statistiques et des techniques informatiques à la résolution de divers problèmes de biologie moléculaire. Ses travaux ont contribué à l'élaboration de certains des outils les plus utilisés dans le domaine, en particulier, l'algorithme de Smith-Waterman (développé avec Temple F. Smith) qui est à la base de nombreux programmes d'alignement de séquences.
En 1988, Waterman et Eric Lander ont publié un article de référence décrivant un modèle mathématique pour l'alignement de génome. Ces travaux ont constitué l'une des pierres angulaires théoriques de bon nombre des projets ultérieurs de cartographie et de séquençage de l'ADN, en particulier le Projet Génome Humain. En 1995 avec Idury, Waterman introduit le concept d'assemblage ADN a l'aide de graphes de De Bruijn Eulerien, concept qui continue d'être utilisé pour l'assemblage de donnée de séquençage de second génération[10].

Avec Pavel A. Pevzner, (ancien chercheur postdoctoral dans son laboratoire), il a créé la conférence internationale Research in Computational Molecular Biology (RECOMB)[11], et il est l'un des rédacteurs fondateurs du Journal of Computational Biology. Waterman est enfin l'auteur de l'un des premiers manuels dans le domaine : Introduction to Computational Biology[12].

Distinctions et honneurs

En 2011 il reçoit un doctorat honorifique de l'université de Tel Aviv[13]. En 2013 il reçoit un doctorat honorifique de l'université du Danemark du Sud[14].

En 2015, avec Cyrus Chothia et David Haussler, il est récompensé par le prix Dan David pour sa contribution dans le domaine de la bio-informatique[5].

Il est membre de l'Académie américaine des arts et des sciences depuis 1995[15], membre de l'Académie nationale d'ingénierie des États-Unis depuis 2012[16] , membre de l'Académie chinoise des sciences depuis 2013[17], membre de l'Académie nationale des sciences des États-Unis depuis 2001[18]. Il est académicien de l'Académie des sciences française depuis 2005[19].

Il a été élu un ISCB Collègues en 2009 par la Société internationale pour la biologie computationnelle et s'est vu la même année décerner le prix Senior Scientist Award de l'ISCB[20].

Vie personnelle

Waterman a décrit dans ses mémoires (sous le titre Getting Outide)[7] son enfance passée dans un ranch isolé de la côte sud de l'Oregon au milieu du XXe siècle.

Références
  1. American Men and Women of Science, Thomson Gale 2005
  2. (en) « Michael Waterman », sur le site du Mathematics Genealogy Project
  3. Anon, « Michael S. Waterman: Professor of Biological Sciences, Mathematics, Computer Science, University of Southern California », sur dornsife.usc.edu/labs/msw,
  4. Anon, « ISCB Fellows » [archive du ], sur iscb.org, International Society for Computational Biology,
  5. Anon, « Wikipedia co-founder Jimmy Wales among 2015 Dan David Prize winners », sur eurekalert.org, (consulté le )
  6. M. Maisel, « ISCB Honors Michael S. Waterman and Mathieu Blanchette », PLOS Computational Biology, vol. 2, no 8,‎ , e105 (PMCID 1526462, DOI 10.1371/journal.pcbi.0020105, Bibcode 2006PLSCB...2..105M)
  7. Michael Waterman, Getting Outside : A Far-Western Childhood, CreateSpace Independent Publishing Platform, , 268 p. (ISBN 978-1-5309-2934-4)
  8. « Michael Waterman - The Mathematics Genealogy Project », sur www.genealogy.math.ndsu.nodak.edu (consulté le )
  9. (en) Waterman, Michael Spencer, « Some Ergodic Properties of Multi-Dimensional F-Expansions », (consulté le )
  10. R. M. Idury et M. S. Waterman, « A new algorithm for DNA sequence assembly », Journal of Computational Biology: A Journal of Computational Molecular Cell Biology, vol. 2, no 2,‎ , p. 291–306 (ISSN 1066-5277, PMID 7497130, DOI 10.1089/cmb.1995.2.291, lire en ligne, consulté le )
  11. Anon, « The RECOMB conference series », sur recomb.org, .
  12. Waterman, Michael S., Introduction to computational biology : maps, sequences and genomes, Londres, Chapman & Hall, (ISBN 0-412-99391-0)
  13. « Doctor philosophiae honoris causa » sur université de Tel Aviv.
  14. « Minutes from departmental meeting 13 september 2013 » sur université du Danemark du Sud.
  15. « Michael Spencer Waterman » sur Académie américaine des arts et des sciences
  16. « Professor-Michael-S-Waterman » sur Académie nationale d'ingénierie des États-Unis.
  17. « Michael S Waterman » sur Académie chinoise des sciences
  18. « Michael S. Waterman » sur Académie nationale des sciences des États-Unis.
  19. « Michael Waterman » sur Académie des sciences (France).
  20. (en) Merry Maisel, « ISCB Honors Michael S. Waterman and Mathieu Blanchette », PLOS Computational Biology, vol. 2, no 8,‎ , e105 (ISSN 1553-7358, DOI 10.1371/journal.pcbi.0020105, lire en ligne, consulté le )
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