Péridinine

La péridinine est un caroténoïde collecteur de lumière associé à la chlorophylle et présent dans le complexe péridinine-chlorophylle-protéine des dinoflagellés, particulièrement bien étudiés chez Amphidinium carterae (en)[2]. Ce complexe est formé d'une protéine qui possède une grande cavité interne où se trouvent de la péridinine, de la chlorophylle et des lipides, avec généralement un ratio 4:1 entre la péridinine et la chlorophylle[2]^,[3]^,[4].

Spectre d'absorption de la péridinine (en noir).

Spectres d'absorption de la chlorophylle a et de la chlorophylle b.

Structure du complexe péridinine-chlorophylle-protéine soluble du dinoflagellé Amphidinium carterae (en). Ce complexe est présent chez de nombreux dinoflagellés photosynthétiques et est structuré autour d'une protéine de forme creuse évoquant une barque avec deux répétitions de huit hélices α (représentées en bleu et en orange) entourant une cavité centrale remplie de pigments photosynthétiques. Chaque segment à huit hélices se lie à une molécule de chlorophylle a (en vert), une molécule de diglycéride (en jaune) et quatre molécules de péridinine (en gris) (PDB 1PPR[2]).

Identification
Péridinine

Structure de la péridinine
N^o CAS	33281-81-1
PubChem	5289155
SMILES	C/C(=C\C=C\C=C\C=C(/C)\C=C/1\C=C(C(=O)O1)/C=C/[C@]23[C@](O2)(C[C@H](CC3(C)C)O)C)/C=C=C4[C@](C[C@H](CC4(C)C)OC(=O)C)(C)O PubChem, vue 3D
InChI	Std. InChI : vue 3D InChI=1S/C39H50O7/c1-26(16-17-33-35(4,5)24-32(44-28(3)40)25-37(33,8)43)14-12-10-11-13-15-27(2)20-31-21-29(34(42)45-31)18-19-39-36(6,7)22-30(41)23-38(39,9)46-39/h10-16,18-21,30,32,41,43H,22-25H2,1-9H3/b12-10+,13-11+,19-18+,26-14+,27-15+,31-20-/t17?,30-,32-,37+,38+,39-/m0/s1 Std. InChIKey : UYRDHEJRPVSJFM-VSWVFQEASA-N
Propriétés chimiques
Formule	C₃₉H₅₀O₇ [Isomères]
Masse molaire[1]	630,810 1 ± 0,036 8 g/mol C 74,26 %, H 7,99 %, O 17,75 %,

Unités du SI et CNTP, sauf indication contraire.

La péridinine absorbe la lumière bleu-vert dans les longueurs d'onde de 470 à 550 nm, ce qui étend sensiblement le domaine d'absorption couvert par la chlorophylle a et la chlorophylle b.

Ce complexe se trouve dans de nombreuses algues unicellulaires dinoflagellés photosynthétiques, autrement appelées, par éponymie, péridiniens.

Notes et références

Masse molaire calculée d’après « Atomic weights of the elements 2007 », sur www.chem.qmul.ac.uk.
(en) Eckhard Hofmann, Pamela M. Wrench, Frank P. Sharples, Roger G. Hiller, Wolfram Welte et Kay Diederichs, « Structural Basis of Light Harvesting by Carotenoids: Peridinin-Chlorophyll-Protein from Amphidinium carterae », Science, vol. 272, n^o 5269,‎ 21 juin 1996, p. 1788-1791 (PMID 8650577, DOI 10.1126/science.272.5269.1788, Bibcode 1996Sci...272.1788H, lire en ligne)
(en) Tim Schulte, Silke Johanning et Eckhard Hofmann, « Structure and function of native and refolded peridinin-chlorophyll-proteins from dinoflagellates », European Journal of Cell Biology, vol. 89, n^o 12,‎ décembre 2010, p. 990-997 (PMID 20846743, DOI 10.1016/j.ejcb.2010.08.004, lire en ligne)
(en) Jing Jiang, Hao Zhang, Yisheng Kang, David Bina, Cynthia S. Lo et Robert E. Blankenship, « Characterization of the peridinin–chlorophyll a-protein complex in the dinoflagellate Symbiodinium », Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics, vol. 1817, n^o 7,‎ juillet 2012, p. 983-989 (PMID 22497797, PMCID 3947849, DOI 10.1016/j.bbabio.2012.03.027, lire en ligne)

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[1] Masse molaire calculée d’après « Atomic weights of the elements 2007 », sur www.chem.qmul.ac.uk.

[10.1126/science.272.5269.1788-2] (en) Eckhard Hofmann, Pamela M. Wrench, Frank P. Sharples, Roger G. Hiller, Wolfram Welte et Kay Diederichs, « Structural Basis of Light Harvesting by Carotenoids: Peridinin-Chlorophyll-Protein from Amphidinium carterae », Science, vol. 272, n^o 5269,‎ 21 juin 1996, p. 1788-1791 (PMID 8650577, DOI 10.1126/science.272.5269.1788, Bibcode 1996Sci...272.1788H, lire en ligne)

[10.1016/j.ejcb.2010.08.004-3] (en) Tim Schulte, Silke Johanning et Eckhard Hofmann, « Structure and function of native and refolded peridinin-chlorophyll-proteins from dinoflagellates », European Journal of Cell Biology, vol. 89, n^o 12,‎ décembre 2010, p. 990-997 (PMID 20846743, DOI 10.1016/j.ejcb.2010.08.004, lire en ligne)

[10.1016/j.bbabio.2012.03.027-4] (en) Jing Jiang, Hao Zhang, Yisheng Kang, David Bina, Cynthia S. Lo et Robert E. Blankenship, « Characterization of the peridinin–chlorophyll a-protein complex in the dinoflagellate Symbiodinium », Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics, vol. 1817, n^o 7,‎ juillet 2012, p. 983-989 (PMID 22497797, PMCID 3947849, DOI 10.1016/j.bbabio.2012.03.027, lire en ligne)