Saison 5 du Bureau des légendes

Huit mois après la mort présumée de Malotru aux mains des séparatistes russes, Le Figaro publie un article selon lequel la CIA l'aurait assassiné avec l'assentiment de la DGSE. La nouvelle sème le trouble parmi les agents de la DGSE et les clandestins. JJA règne désormais comme directeur du Bureau des légendes à la suite du départ de Marie-Jeanne sur le terrain. Celle-ci travaille sous identité fictive comme responsable de la sécurité d'un grand hôtel du Caire. De son côté, le jeune surdoué en informatique César ("Pacemaker") continue sa mission au sein du service de renseignement russe, le FSB. Il apprend la mort de Malotru et, comme d'autres clandestins, panique. Cherchant à sortir de Russie, il prépare un voyage à Riga, mais est intercepté par les services russes. 

Malotru se réveille dans un hôpital militaire près de Moscou. Un des cadres du FSB, Karlov, lui annonce qu'il a été naturalisé russe, et qu'il porte désormais le nom de Pavel Lebedev. Il doit coopérer avec les services de renseignement russes en leur apportant des informations sur les méthodes de la DGSE. Pendant ce temps, Marie-Jeanne est envoyée dans le désert sous protection des services de sécurité égyptiens, afin de rencontrer le chef de la tribu bédouine Tarabin en vue d'une conférence qui se déroulera bientôt dans l'hôtel dont elle dirige la sécurité. À Paris, le Bureau des légendes craint pour Pacemaker, qui est introuvable depuis qu'il a été cueilli à l'aéroport. JJA annonce à Sylvain Ellenstein et Raymond Sisteron que Malotru est probablement vivant. Il leur avoue sa stratégie, qui était d'inciter les russes à intervenir, ce qui, si cela réussissait, permettait d'avoir un nouvel agent implanté au cœur des services russes. Un clandestin du Bureau des légendes, Mille sabords, qui joue le rôle d'un marchand d'armes au Moyen-Orient, se rend au Yémen pour discuter avec un chef rebelle qui lui demande de lui vendre un virus informatique de conception israélienne. Il est interrogé et menacé à son retour en Arabie saoudite par un représentant des services saoudiens. La situation était prévue, Mille sabords fait semblant de céder en acceptant de devenir leur informateur. En Russie, Malotru, sorti de l'hôpital, retourne voir son ancienne compagne russe Samara. Celle-ci lui dit qu'un Français l'avait prévenue qu'il reviendrait. 

Malotru est intégré à un think tank russe qui est en réalité une façade du FSB. Samara lui explique qu'un Français est venu la voir pour lui demander de lui suggérer de faire du jogging dans un parc de la ville. Malotru y établit un contact visuel avec un agent de la DGSE, Pépé. Il reçoit indirectement un message crypté de JJA, qui lui propose de travailler comme clandestin infiltré en Russie. Malotru refuse, considérant qu'il n'a pas à aider la DGSE après qu'elle a essayé de le supprimer. Au Caire, Marie-Jeanne accepte de recruter le fils du chef de la tribu Tarabin au sein de son hôtel. Raymond Sisteron, qui a été nommé numéro 2 du Bureau des légendes, se rend au Caire sans prévenir JJA, pour rendre visite à Marie-Jeanne et savoir si c'est elle qui a fait fuiter l'information sur Malotru au Figaro. À Paris, Liz Bernstein découvre que les sources du Figaro seraient russes, et que Malotru avait utilisé un « bleu de méthylène », c'est-à-dire qu'il leur avait transmis une information erronée que la DGSE puisse retrouver dans l'article. Le service informatique de la DGSE réussit à trouver la localisation de César : il a quitté la Russie pour être transporté à Phnom Penh, au Cambodge, où il doit désormais superviser pendant deux ans une équipe de hackers qui travaille pour la Russie. 

Marina Loiseau, qui est désormais à la Centrale chargée de la formation et du lien avec les clandestins, chapeaute Mille Sabords et l'évalue. Ce dernier va bientôt retourner au Moyen-Orient pour tenter d’approcher les services secrets saoudiens. Mille Sabords cherche à en savoir plus au sujet de Malotru et de sa mort. Mille Sabords prépare sa partition : de retour en Arabie saoudite, il doit faire croire à son client, Mohammed Al Taouf, qu’il va lui fournir la liste du matériel que le chef de guerre houthi Yusuf Ahmed lui achète pour le compte des Iraniens, qui relancent leur programme nucléaire. De son côté, JJA recommence à entendre des voix russes dans son sommeil et s'enfonce dans la paranoïa. Malotru et Nadia El Mansour communiquent discrètement et cette dernière rejoint Moscou, recrutée dans un think tank préparant une solution russe en Syrie. 

Malotru décide d'envoyer discrètement ses analyses à la DGSE au sujet de Mikhaïl Karlov, cadre du FSB. Il propose à la DGSE d'utiliser ses faits d'armes contre lui afin de le retourner. Si la hiérarchie du FSB apprenait que Pacemaker et lui-même sont des clandestins français introduits dans l'appareil du FSB par sa négligence, il serait frappé de disgrâce. Pour éviter cela, il accepterait sûrement d'être recruté. La solution est refusée par la hiérarchie de la DGSE, car elle impliquerait d'exfiltrer Pacemaker. À Phnom Penh, celui-ci travaille à l'infiltration du réseau informatique des Jusos, la branche "jeunesse" du Parti socialiste allemand. Au Caire, Marie-Jeanne accueille le fils du chef de la tribu Tarabin pour un stage de quelques mois dans son hôtel. Elle ignore que celui-ci travaille pour Daesh. Elle découvre des micros dans sa chambre d'hôtel, et convoque les services de renseignement égyptiens, croyant qu'il s'agit de leur fait. A la centrale, Ponte, inquiet de la paranoïa de JJA et craignant qu'elle ne l'empêche de prendre des bonnes décisions, demande à Liz Berstein de mener une enquête de sécurité sur lui. 

Marina Loiseau se rend en Jordanie pour rencontrer Mille Sabords et lui confier du matériel qui permet de mesurer le taux d'enrichissement de l'uranium. Le clandestin rencontre le Saoudien Mohammed Al Taouf et lui fait croire que Yusuf Ahmed, le chef de guerre iranien, lui en a commandé 50 afin de tromper les inspecteurs qui enquêtent sur le supposé désarmement nucléaire iranien. Jonas rejoint Marie-Jeanne au Caire pour rencontrer le cheikh bédouin. JJA, qui était à Moscou dans les années 1990 pour le compte de la DGSE, avait été démasqué par le FSB et contraint à travailler pour Karlov. Celui-ci lui avait demandé de les aider à capturer quelques cibles, symbolisées par une poupée russe de plus en plus petite, représentant plusieurs présidents des États-Unis, de Clinton à Kennedy. JJA sauve le dernier agent qu'il devait trahir, mais est arrêté par le FSB. Restitué à la France après une période d'internement, il reste durablement affecté. Pacemaker, qui vient de subir une rupture amoureuse, demande à retourner en France. Ponte donne son accord à JJA pour le recrutement de Karlov, surnommé « Kennedy » en référence à la dernière matriochka que JJA aurait dû rendre à Karlov dans les années 1990 s'il avait achevé sa mission pour le FSB. JJA peut ainsi cicatriser et mettre un terme à ses hallucinations. 

JJA se rend en Russie pour rencontrer Malotru et préparer le recrutement de Kennedy. Il annonce qu'il prendra bientôt sa retraite. JJA envoie Marina en Arabie saoudite pour transmettre à Mille Sabords qu'il doit arrêter de mener des recherches sur Malotru : il pourrait alors ébruiter le fait que Malotru est vivant, ce qui réduirait à néant les efforts de recrutement de Kennedy. Au Caire, les services égyptiens préviennent Marie-Jeanne en pleine nuit qu’une attaque terroriste va avoir lieu dans son hôtel. En tant que responsable de la sécurité, elle doit assurer la protection des clients, mais elle comprend tardivement que le stagiaire, fils du chef de la tribu bédouine, travaille avec Daesh. Jonas la contacte juste à temps pour le lui dire. Elle se bat contre l'individu et les services égyptiens le mettent hors d'état de nuire. Au Cambodge, le Bureau met en place un plan pour exfiltrer Pacemaker. 

À Moscou, Karlov s’inquiète de la disparition récente de Pacemaker. Il se rend sur place pour en avoir le cœur net, et comprend qu'il a été piégé. Alexis Bakatine, un jeune homme prometteur du contre-espionnage, enquête sur le contact qui a permis le sauvetage de Malotru. Karlov, rentré de Pnohm Penh, lui intime l'ordre d'arrêter son enquête et le fait muter à Kaboul avec effet immédiat. À la centrale, Ponte convoque JJA et lui annonce que Mille Sabords poursuivra sa mission alors que JJA voulait le sortir d'Arabie saoudite. Se sentant désavoué par sa hiérarchie, JJA propose à Sisteron de prendre la direction du Bureau à son départ. Malotru met en place un plan pour mettre Nadia El Mansour à l’abri. Il donne également rendez-vous à Karlov et lui propose de le recruter. 

Marie-Jeanne revient en France après la fin de sa mission en Egypte. Elle reprend la direction du Bureau des légendes après la démission de JJA. Karlov est exfiltré avec sa famille en France, alors que sa femme et son fils se croyaient partis en vacances. Karlov déambule dans Paris, récupère une arme et se rend dans une chambre d'hôte où il cache un papier. Il rentre ensuite chez lui et se suicide en se jetant par la fenêtre. Malotru, également exfiltré, est placé dans une planque de la DGSE dans le Perche, où il se repose et est traité par un officier de la DGSE, en réalité un psychologue, qui doit l'aider à reprendre goût à la vie et s'ouvrir aux autres. 

Un homme qui dit venir d'Ouzbékistan s'installe à Paris et loue à son tour la chambre d'hôte occupée par Karlov quelques jours plus tôt. Il y récupère un pistolet et un papier dissimulés, ce dernier indiquant une adresse à Paris. De son côté, dans le Perche, Malotru est persuadé que Karlov a trouvé un moyen de se venger une dernière fois, même mort. Il travaille avec Sisteron à la DGSE pour relire tous les dossiers liés à l'affaire Kennedy, mais il ne trouve rien. De son côté, Jonas s'inquiète car sa petite-amie, récemment rencontrée, est presque trop parfaite pour lui. Il demande de l'aide à Marina Loiseau, qui lui explique comment vérifier si elle est une agente clandestine. Après avoir conclu que c'était le cas, il rompt avec elle. Marie-Jeanne est nommée directrice du renseignement à la DGSE en remplacement de Michel Ponte qui prend sa retraite. Elle lui communique son intention de dissoudre le Bureau des légendes. Malotru fête son anniversaire dans le Perche avec Nadia El Mansour et sa fille, Prune, qui a quitté ses études de philosophie pour l'économie. Après avoir déposé Prune chez elle à Paris, Nadia El Mansour est assassinée lorsque son véhicule s'arrête à un feu rouge par l'Ouzbek missionné par Karlov. Les dernières images montrent le vestiaire des principaux personnages « clandés » de la série en train d'être détruit.