Simple Modular Architecture Research Tool

Simple Modular Architecture Research Tool, ou SMART, est une base de données bio-informatique utilisée pour l'identification et l'analyse de domaines protéiques au sein de séquences peptidiques[1]^,[2]. SMART utilise des modèles de Markov cachés construits à partir d'alignements de séquences multiples (en) afin de détecter des domaines protéiques sur ces séquences. La version de SMART publiée en 2012 contenait 1 009 modèles de domaines[3]. Les données de SMART ont été utilisées pour constituer la Conserved Domain Database et sont également distribuées au sein de la base de données InterPro[4].

SMART est hébergée par le Laboratoire européen de biologie moléculaire situé à Heidelberg, en Bade-Wurtemberg.

Notes et références

(en) Jörg Schultz, Frank Milpetz, Peer Bork et Chris P. Ponting, « SMART, a simple modular architecture research tool: Identification of signaling domains », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 95, n^o 11,‎ 26 mai 1998, p. 5857-5864 (PMID 9600884, PMCID 34487, DOI 10.1073/pnas.95.11.5857, lire en ligne)
(en) Ivica Letunic, Tobias Doerks et Peer Bork, « SMART 6: recent updates and new developments », Nucleic Acids Research, vol. 37, n^o Supplement 1,‎ janvier 2009, D229-D232 (PMID 18978020, PMCID 2686533, DOI 10.1093/nar/gkn808, lire en ligne)
(en) Ivica Letunic, Tobias Doerks et Peer Bork, « SMART 7: recent updates to the protein domain annotation resource », Nucleic Acids Research, vol. 40, n^o D1,‎ janvier 2012, D302-D305 (PMID 22053084, PMCID 3245027, DOI 10.1093/nar/gkr931, lire en ligne)
(en) Le Consortium InterPro, Nicola J. Mulder, Rolf Apweiler, Terri K. Attwood, Amos Bairoch, Alex Bateman, David Binns, Margaret Biswas, Paul Bradley, Peer Bork, Phillip Bucher, Richard Copley, Emmanuel Courcelle, Richard Durbin, Laurent Falquet, Wolfgang Fleischmann, Jerome Gouzy, Sam Griffith-Jones, Daniel Haft, Henning Hermjakob, Nicolas Hulo, Daniel Kahn, Alexander Kanapin, Maria Krestyaninova, Rodrigo Lopez, Ivica Letunic, Sandra Orchard, Marco Pagni, David Peyruc, Chris P. Ponting, Florence Servant et Christian J. A. Sigrist, « InterPro: An integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites », Briefings in Bioinformatics, vol. 3, n^o 3,‎ septembre 2002, p. 225-235 (PMID 12230031, DOI 10.1093/bib/3.3.225, lire en ligne)

Annexes

Lien web : http://smart.embl-heidelberg.de/.

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[10.1073/pnas.95.11.5857-1] (en) Jörg Schultz, Frank Milpetz, Peer Bork et Chris P. Ponting, « SMART, a simple modular architecture research tool: Identification of signaling domains », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 95, n^o 11,‎ 26 mai 1998, p. 5857-5864 (PMID 9600884, PMCID 34487, DOI 10.1073/pnas.95.11.5857, lire en ligne)

[10.1093/nar/gkn808-2] (en) Ivica Letunic, Tobias Doerks et Peer Bork, « SMART 6: recent updates and new developments », Nucleic Acids Research, vol. 37, n^o Supplement 1,‎ janvier 2009, D229-D232 (PMID 18978020, PMCID 2686533, DOI 10.1093/nar/gkn808, lire en ligne)

[10.1093/nar/gkr931-3] (en) Ivica Letunic, Tobias Doerks et Peer Bork, « SMART 7: recent updates to the protein domain annotation resource », Nucleic Acids Research, vol. 40, n^o D1,‎ janvier 2012, D302-D305 (PMID 22053084, PMCID 3245027, DOI 10.1093/nar/gkr931, lire en ligne)

[10.1093/bib/3.3.225-4] (en) Le Consortium InterPro, Nicola J. Mulder, Rolf Apweiler, Terri K. Attwood, Amos Bairoch, Alex Bateman, David Binns, Margaret Biswas, Paul Bradley, Peer Bork, Phillip Bucher, Richard Copley, Emmanuel Courcelle, Richard Durbin, Laurent Falquet, Wolfgang Fleischmann, Jerome Gouzy, Sam Griffith-Jones, Daniel Haft, Henning Hermjakob, Nicolas Hulo, Daniel Kahn, Alexander Kanapin, Maria Krestyaninova, Rodrigo Lopez, Ivica Letunic, Sandra Orchard, Marco Pagni, David Peyruc, Chris P. Ponting, Florence Servant et Christian J. A. Sigrist, « InterPro: An integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites », Briefings in Bioinformatics, vol. 3, n^o 3,‎ septembre 2002, p. 225-235 (PMID 12230031, DOI 10.1093/bib/3.3.225, lire en ligne)