Taxon candidat

Un taxon candidat, phylum candidat, division candidate ou niveau de division candidate est un groupe monophylétique d'organismes procaryotes pour lesquels aucun représentant n'a pu être cultivé en laboratoire à ce jour, mais dont l'appartenance à un clade distinct a pu être obtenue par des analyses métagénomiques et de l'ARNr 16S d'échantillons environnementaux. Le terme candidatus désigne un OTU pour lequel il n'y a pas assez d'information pour l'associer à une nouvelle espèce d'après le Code International de la Nomenclature des Bactéries.

Exemples de taxons candidats chez les bactéries

phylum candidat TM7[1] (renommée Saccharibacteria en 2013[2])
Poribacteria[3]
phylum candidat TG3[4]

Voir aussi

Notes

(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « Candidate division » (voir la liste des auteurs).

Références

P. Hugenholtz, B. M. Goebel et N. R. Pace, « Impact of culture-independent studies on the emerging phylogenetic view of bacterial diversity », Journal of Bacteriology, vol. 180, n^o 18,‎ septembre 1998, p. 4765–4774 (ISSN 0021-9193, PMID 9733676, lire en ligne, consulté le 30 octobre 2019)
Mads Albertsen, Philip Hugenholtz, Adam Skarshewski et Kåre L. Nielsen, « Genome sequences of rare, uncultured bacteria obtained by differential coverage binning of multiple metagenomes », Nature Biotechnology, vol. 31, n^o 6,‎ juin 2013, p. 533–538 (ISSN 1546-1696, PMID 23707974, DOI 10.1038/nbt.2579, lire en ligne, consulté le 30 octobre 2019)
Lars Fieseler, Matthias Horn, Michael Wagner et Ute Hentschel, « Discovery of the novel candidate phylum "Poribacteria" in marine sponges », Applied and Environmental Microbiology, vol. 70, n^o 6,‎ juin 2004, p. 3724–3732 (ISSN 0099-2240, PMID 15184179, DOI 10.1128/AEM.70.6.3724-3732.2004, lire en ligne, consulté le 30 octobre 2019)
(en) Yuichi Hongoh, Pinsurang Deevong, Satoshi Hattori et Tetsushi Inoue, « Phylogenetic Diversity, Localization, and Cell Morphologies of Members of the Candidate Phylum TG3 and a Subphylum in the Phylum Fibrobacteres, Recently Discovered Bacterial Groups Dominant in Termite Guts », Applied and Environmental Microbiology, vol. 72, n^o 10,‎ 1^er octobre 2006, p. 6780–6788 (ISSN 0099-2240 et 1098-5336, PMID 17021231, DOI 10.1128/AEM.00891-06, lire en ligne, consulté le 31 octobre 2019)

Articles connexes

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[1] P. Hugenholtz, B. M. Goebel et N. R. Pace, « Impact of culture-independent studies on the emerging phylogenetic view of bacterial diversity », Journal of Bacteriology, vol. 180, n^o 18,‎ septembre 1998, p. 4765–4774 (ISSN 0021-9193, PMID 9733676, lire en ligne, consulté le 30 octobre 2019)

[2] Mads Albertsen, Philip Hugenholtz, Adam Skarshewski et Kåre L. Nielsen, « Genome sequences of rare, uncultured bacteria obtained by differential coverage binning of multiple metagenomes », Nature Biotechnology, vol. 31, n^o 6,‎ juin 2013, p. 533–538 (ISSN 1546-1696, PMID 23707974, DOI 10.1038/nbt.2579, lire en ligne, consulté le 30 octobre 2019)

[3] Lars Fieseler, Matthias Horn, Michael Wagner et Ute Hentschel, « Discovery of the novel candidate phylum "Poribacteria" in marine sponges », Applied and Environmental Microbiology, vol. 70, n^o 6,‎ juin 2004, p. 3724–3732 (ISSN 0099-2240, PMID 15184179, DOI 10.1128/AEM.70.6.3724-3732.2004, lire en ligne, consulté le 30 octobre 2019)

[4] (en) Yuichi Hongoh, Pinsurang Deevong, Satoshi Hattori et Tetsushi Inoue, « Phylogenetic Diversity, Localization, and Cell Morphologies of Members of the Candidate Phylum TG3 and a Subphylum in the Phylum Fibrobacteres, Recently Discovered Bacterial Groups Dominant in Termite Guts », Applied and Environmental Microbiology, vol. 72, n^o 10,‎ 1^er octobre 2006, p. 6780–6788 (ISSN 0099-2240 et 1098-5336, PMID 17021231, DOI 10.1128/AEM.00891-06, lire en ligne, consulté le 31 octobre 2019)