Traitement taxinomique

Le traitement taxinomique fait référence à une section d'une publication scientifique documentant les caractéristiques d'un groupe apparenté d'organismes ou de taxons[1]. Les traitements ont été les éléments constitutifs de la façon dont les données sur les taxons sont fournies, depuis le début de la taxinomie moderne par Linnaeus 1753 pour les plantes[2] et 1758 pour les animaux[3]. Chaque taxon scientifiquement décrit a au moins un traitement taxinomique. Dans l'édition d'aujourd'hui, une étiquette de traitement taxinomique[1] est utilisée pour délimiter une telle section[4]. Il permet de rendre cette section de données FAIR trouvables, accessibles, interopérables et réutilisables. Ceci est mis en œuvre dans le référentiel de littérature sur la biodiversité, où, lors du dépôt du traitement, un identifiant d'objet numérique (digital objet identifier, ou DOI) persistant DataCite est créé. Cela inclut les métadonnées sur le traitement, la publication source et d'autres ressources citées, telles que les chiffres cités dans le traitement. Ce DOI permet d'établir un lien entre l'utilisation d'un nom taxinomique et les preuves scientifiques respectives fournies par le ou les auteurs, à la fois pour la consommation humaine et la machine.

Les traitements sont considérés comme des données et le droit d'auteur n'est donc pas applicable[5] et peut donc être mis à disposition même à partir de publications à accès fermé.

Traitement taxinomique d'Apis mellifera, Linnaeus 1758

Étymologie

Le terme traitement taxinomique a été inventé parce que le terme description a deux significations dans les descriptions d'espèces ou descriptions taxinomiques. L'un est équivalent au traitement, le second en tant que sous-section dans les traitements décrivant le taxon, complétant le diagnostic, les matériaux examinés, la distribution, la conservation et d'autres sous-sections[1].

Histoire

Ce terme a été introduit lors d'un projet national de bibliothèque numérique de la NSF aux États-Unis[6], et a été développé plus avant dans Taxpub[7], une version spécifique à la taxinomie de la suite de balises d'articles de journaux par Plazi, National Center for Biotechnology Information et Pensoft Publishers . Il a été prototypé par la revue taxinomique ZooKeys[8], qui a adopté Taxpub à partir de son volume 50, suivi de PhytoKeys[9] . Taxpub est désormais utilisé par des revues publiées par Pensoft Publishers, European Journal of Taxonomy [10] par le Consortium of European Taxonomic Facilities (CETAF), et le Muséum national d'histoire naturelle en France[11]. Le service TreatmentBank [12] fourni par Plazi pour convertir les publications taxinomiques en données FAIR donne accès à plus de 500 000 traitements taxinomiques[13], dont plus de 7 700 traitements pour les nouvelles espèces décrites en 2020[14]. In fine, ils deviendront accessibles dans le répertoire de la littérature de la biodiversité après avoir passé le contrôle de qualité pour éviter les artefacts dus à la conversion complexe de publications non structurées, principalement basées sur PDF.

Notes et références
  1. (en) Terry Catapano, « TaxPub: An Extension of the NLM/NCBI Journal Publishing DTD for Taxonomic Descriptions », Proceedings of the Journal Article Tag Suite Conference 2010, vol. 2010,‎ (DOI 10.5281/zenodo.3484285)
  2. Carolus Linnaeus, Species plantarum: exhibentes plantas rite cognitas, ad genera relatas, cum differentiis specificis, nominibus trivialibus, synonymis selectis, locis natalibus, secundum systema sexuale, Stockholm, Laurentis Salvius, (DOI 10.5281/zenodo.3931989)
  3. Carolus Linnaeus, Systema Naturae per regna tria naturae: secundum classes, ordines, genera, species, cum characteribus, differentiis, synonymis, locis,, Stockholm, Laurentis Salvius, (DOI 10.5962/bhl.title.542)
  4. (en) Lyubomir Penev, Terry Catapano et Donat Agosti, « Implementation of TaxPub, an NLM DTD extension for domain-specific markup in taxonomy, from the experience of a biodiversity publisher », Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con) Proceedings 2012, vol. 2012,‎ (DOI 10.5281/zenodo.804247)
  5. (en) David J. Patterson, Willi Egloff, Donat Agosti et D Eades, « Scientific names of organisms: attribution, rights, and licensing », BMC Research Notes, vol. 7, no 79,‎ (PMCID 3922623, DOI 10.1186/1756-0500-7-79)
  6. « Collaborative Research: Development of new digital library applications in the context of a basic ontology for biosystematics information using the literature of entomology (ants) », zenodo.org/communities/biosyslit/ (DOI 10.5281/zenodo.580296, consulté le )
  7. Catapano, « Taxpub », Plazi (consulté le )
  8. (en) Lyubomir Penev, Dave Roberts, Vince S. Smith et Donat Agosti, « Taxonomy shifts up a gear: New publishing tools to accelerate biodiversity research », ZooKeys, vol. 50,‎ (DOI 10.3897/zookeys.50.543)
  9. (en) W. Kress et Lyubomir Penev, « Innovative electronic publication in plant systematics: PhytoKeys and the changes to the "Botanical Code" accepted at the XVIII International Botanical Congress in Melbourne. », PhytoKeys, vol. 6,‎ (PMCID 3261036, DOI 10.3897/phytokeys.6.2063)
  10. « About the Journal », europeanjournaloftaxonomy.eu (consulté le )
  11. (en) Emmanuel Côtez, Anne Mabille, Chloé Chester et Emmanuelle Rocklin, « 1802–2018 : 220 ans d'histoire des périodiques au Muséum », Adansonia, vol. 40, no 1,‎ (DOI 10.5252/adansonia2018v40a1)
  12. « TreatmentBank », plazi.org (consulté le )
  13. « Plazi: Treatments », plazi.org (consulté le )
  14. « New species in 2020 in Plazi TreatmentBank », tb.plazi.org/GgServer/srsStats (consulté le )
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