USS Enterprise (NCC-1701-E)

À la suite de la perte de l'Enterprise-D, abattu en orbite de Veridian III, fut construit l'Enterprise-E, de classe Sovereign. C'était le tout premier vaisseau de Starfleet, et ce depuis longtemps, à ne pas emmener de civils. Il est le symbole d'une évolution par laquelle la Fédération fut contrainte de passer: en effet, face à la puissance terrifiante du Collectif Borg et du Dominion, deux superpuissances prêtes à anéantir sans la moindre hésitation tout ce qui se trouve face à elles, Starfleet dut reconnaître que ses vaisseaux habituels — orientés pour l'exploration et la recherche scientifique plutôt que pour la guerre, et n'ayant par conséquent un armement pas particulièrement développé — étaient totalement incapables d'affronter de telles menaces et dut se résoudre à concevoir des vaisseaux entièrement dédiés au combat.

En 2373, l'Enterprise reçut un appel de Starfleet : les Borgs, un peuple belliqueux qui assimile les peuples au sein de son collectif, ont pénétré dans le territoire de la Fédération et détruit la colonie d'Ivor Prime. Bien que l'Enterprise-E soit le plus avancé des vaisseaux disponibles, l'Amirauté décida que lorsqu'un homme (en l'occurrence le capitaine du vaisseau, Jean-Luc Picard) avait déjà été assimilé par les Borgs, celui-ci ne devait jamais retourner les affronter. L'Enterprise-E reçut alors l'ordre de patrouiller le long de la frontière avec les Romuliens. Mais étant donné que les Romuliens se tenaient tranquilles depuis 19 mois, et que la bataille venait de s'engager dans le système solaire (Secteur 001), le capitaine décida d'enfreindre les ordres de ses supérieurs, et fit route vers la Terre pour défendre celle-ci des Borgs.

Lorsque le vaisseau arriva aux abords de la planète bleue, la situation était désastreuse: la flotte était dans un sale état et avait perdu son vaisseau amiral, tandis que les Borgs, avec peu de dommages, continuaient leur route vers la Terre, s'approchant de la mise en orbite. L'Enterprise prit alors le commandement de la flotte, et réussit à faire détruire le vaisseau cube borg. Une sphère borg s'en échappa et se dirigea vers la Terre du passé pour l'assimiler plus facilement, et l'Enterprise-E la suivit au XXI^e siècle, permettant le Premier Contact entre Humain et Vulcain, évènement crucial pour la création de la Fédération. L'Enterprise-E revint au XXIV^e siècle après avoir vaincu les Borgs dans le passé, mais le prix fut lourd : le vaisseau avait été en partie assimilé et une partie non négligeable de l'équipage fut tué. S'ensuivit alors une période de réparations du vaisseau.

Peu après, l'Enterprise reçu l'ordre de Starfleet d'aider à l'évaluation, puis à la déportation du peuple Ba'ku, un peuple disposant du secret de la jeunesse éternelle, auprofit de leurs rivaux Son'a. Voyant un tel complot comme un crime contre les lois et l'esprit de la Fédération, l'équipage de l'Enterprise-E se mutina et découvrit la vérité: les Son'a et Ba'ku ne formaient qu'un seul et même peuple, mais les Son'a avaient l'intention d'exterminer leurs frères et de se servir du secret de la jeunesse éternelle pour conquérir la galaxie, complot qui fut mis en échec.

La dernière épreuve majeure de l'Enterprise-E arriva en 2379, après avoir découvert Proto, le "petit frère" de Data. À la suite d'un coup d'État, L'Empire Romulien eut un nouveau Préteur, un Rémien du nom de Shinzon, qui était en réalité un clone incomplet de Picard. Shinzon dévoila son nouveau vaisseau amiral, le Cimeterre, un vaisseau avec assez de puissance de feu pour raser une planète à lui tout seule, et disposant en plus d'une technologie de camouflage totalement imparable, a bord duquel il engagea des négociations de paix avec la Fédération. L'équipage de l'Enterprise-E découvrit que les négociations étaient un leurre et que Shizon avait en réalité deux cibles: Picard, dont il comptait extraire tout l'ADN afin de devenir un clone pleinement accompli, et la Fédération, qu'il comptait détruire grâce à une nouvelle super-arme. Alors que l'Enterprise cherchait à rejoindre une flotte pour équilibrer les chances face au Cimeterre, celui-ci le prit en embuscade, et le vaisseau de Starfleet ne fit pas le poids face au vaisseau amiral rémien, ne devant la survie que grâce à l'intervention d'une flotte romulienne insurgée contre Shinzon. Finalement, Picard élimina son clone, et Data se sacrifia pour détruire le Cimeterre, laissant son poste à Proto.