UniProt

UniProt est une base de données de séquences de protéines. Son nom dérive de la contraction de Universal Protein Resource (base de données universelle de protéines). C'est une base de données ouverte, stable et accessible en ligne, elle est issue de la consolidation de l'ensemble des données produites par la communauté scientifique. UniProt est une base annotée, hiérarchisée où chaque séquence est accompagnée d'un ensemble riche de métadonnées et de liens vers de nombreuses autres bases de données : bibliographiques, phylogénétiques, nucléotidiques[1]... Outre la séquence en acides aminés des protéines, UniProt fournit des informations sur leur fonction et leur structure ainsi que des liens vers d'autres bases de données.

UniProt

Logo

base de données biologiques, base de données web, bibliothèque de données, base de données orientée graphe, ELIXIR Core Data Resource

Partie de	Web sémantique, Diagramme de données liées ouvertes, ELIXIR Switzerland, ELIXIR EMBL-EBI Node
Créé par	Institut européen de bio-informatique
Langue de l'œuvre, du nom ou du terme	anglais
Opérateur	Institut européen de bio-informatique, Institut Suisse de bioinformatique, Protein Information Resource
Site officiel	https://www.uniprot.org/, http://www.uniprot.org/
URL	https://sparql.uniprot.org/
Point d'accès SPARQL	https://sparql.uniprot.org/sparql
Licence	Creative Commons Attribution-NoDerivs 3.0 Unported, Creative Commons Attribution 4.0 International
Statut des droits d'auteur	sous copyright
Point d'accès API	https://www.ebi.ac.uk/proteins/api/swagger.json

UniProt combine les données des bases Swiss-Prot, TrEMBL et Protein Information Resource (PIR) et est mise à jour régulièrement. Ses données reposent entre autres sur le serveur ExPASy de l'Institut suisse de bioinformatique et celui de l'EBI. Ces serveurs proposent en particulier la recherche de séquences homologues dans la base au moyen d'outils d'alignement de séquences comme FASTA ou BLAST.