Cosas en tener en cuenta:
Inyección de SQL
Si actualmente te han atacado, debes asumir que la información que tenías almacenada en tu base fue robada. Usualmente un hacker solo hace notar su presencia si ya no puede obtener nada más.
Envía un correo a todos tus usuarios explicando que se solicitará crear una nueva contraseña, dependiendo de la información que manejes recomendaría que les informes de la brecha de seguridad, ya que muchas personas usan la misma clave para todas sus cuentas.
Saltear las contraseñas
Usualmente el salteo de las contraseñas es cuando estos se encuentran ya en formato hash en tu base de datos. Por lo que no tengo muy claro porque te afectaría que ya existan valores en la tabla, simplemente los reemplazas con el valor generado.
Hashear Contraseñas
Si el atacante solo se llevo los valores hasheados de las contraseñas de usuarios, no hay muchos problemas. Ya que dependiendo de la encriptación usada la posibilidad de obtener la clave no es muy rentable.
Si en cambio estos valores estaban en plena vista, es mejor informar a los usuarios de la brecha, implementar el hasheo de claves y solicitar la generación de nuevas claves para todas las cuentas.
Manual para generar el Hash de passwords en PHP
(http://php.net/manual/es/function.password-hash.php)
Según la documentación el proceso para generar las hash, sería el siguiente:
echo password_hash("Clave", PASSWORD_DEFAULT);
Cuando el usuario registre la contraseña, generas el hash y lo almacenas en tu base de datos en lugar de la contraseña.
Cada vez que el usuario desea hacer login, debes tomar el valor que el ingresa como contraseña y realizar el cambio a hash y es con este valor transformado realizas la comparación con la base de datos.
Si son iguales accede, si son diferentes, la clave es incorrecta.