توبونوم

التوبونوم (بالانجليزية:Toponome)

«التوبونوم» هو رمز أو كود الشبكة المكانية للبروتينات وغيرها من الجزيئات الحيوية التي تكون المظهر والشكل الخارجي للخلايا والانسجة الحيوية، يتم تعيينها وهيكلتها وفك ترميزها من خلال التصوير الخلوي المجهري باستخدام نوع متخصص من المجاهر الضوئية الذي يتفوق على غيره من الانواع في الدقة(بالإنجليزية:RESOLUTION) والوضوح في التمييز بين الجسيمات والاجزاء الصغيرة ويدعى (epifluorescent microscope ويكون ذلك بمكان قادر على تشفير وتعيين آلاف الجزيئات من المركبات الثنائية ذات الروابط الهيدروجينية من حمض الاسيتيك في عينة واحدة (مقطع من نسيج أو عينة خلوية عالية الوضوح).[1] مصطلح «توبونوم» مشتق من كلمات اغريقية قديمة الأولى تسمى (توبوس) وتعني مكان أو موقع والثانية تسمى (نوموس) وتعني قاعدة أو قانون، واما مصطلح (توبونمكس) فهو يرجع لدراسة التوبونومات، وقد تم إنشاؤه وتقديمه بواسطة العالم وولتر سكابرت في 2003 ..[2] ان هذا المصطلح يعنون حقيقة ان هذه الشبكة من المركبات والجزيئات الحيوية في الخلايا والانسجة تتبع قواعد طوبوغرافية تحدد وظائف واعمال منسقة ومنظمة.

أمثلة

التوبونوم الخاص بسطح الخلية يدعم شيفرة الشبكة التفاعلية للبروتينات التي تعمل على تنفيذ حركة الخلية «شيفرة التوصيل أو الإيصال» [2][3][4]

هذا العمل يعتمد داخليا على الترتيب المكاني الخاص للمركبات الثنائية من حمض الاسيتيك ذات الروابط الهيدروجينية سواءا المتشابهة أو المختلفة منها، مع التنظيم المكاني على طول سطح الغشاء الخلوي.

التنظيم المكاني

هذا التنظيم المكاني يتكرر مع الوقت عندما تحاول الخلية الدخول في مرحلة استكشاف انتقالا من مرحلة التكوّر (وهي مرحلة زمانية أيضا) [5]، ان شيفرة التوبونوم المكاني تنظم وتعمل بشكل وراثي بالإضافة إلى مركبات وجزيئات مساعدة مثل المركبات الحيوية الرئيسة، والمركبات الحيوية الغير منشطرة أو الغير مشاطرة، والمركبات البديلة التي ترتبط مع المركبات الحيوية الرئيسة بأشكال مختلفة، وتم اظهار ان تثبيط المركبات الحيوية الرئيسة على سطح الغشاء الخلوي يؤدي إلى تفكك الشبكة الجزيئية الحيوية المتماثلة وفقدان الوظيفة القائمة.[3][4]

مصادر

ًًٍٍََُ

Schubert, W (2013)، "Toponomics" in Dubitzky, Wolkenhauer, Cho, Yokota. Encyclopedia of Systems Biology، Springer New York، ص. 2191–2212، ISBN 978-1-4419-9862-0، مؤرشف من الأصل في 3 يونيو 2018.
Schubert, W (2003)، "Topological Proteomics, Toponomics, MELK-Technology."، Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology، 83: 189–209، doi:10.1007/3-540-36459-5_8.
Schubert, Walter؛ Bonnekoh, Bernd؛ Pommer, Ansgar J؛ Philipsen, Lars؛ Böckelmann, Raik؛ Malykh, Yanina؛ Gollnick, Harald؛ Friedenberger, Manuela؛ Bode, Marcus؛ Dress, Andreas W M (01 أكتوبر 2006)، "Analyzing proteome topology and function by automated multidimensional fluorescence microscopy"، Nature Biotechnology، 24 (10): 1270–1278، doi:10.1038/nbt1250، PMID 17013374.
Schubert, Walter (15 سبتمبر 2010)، "On the origin of cell functions encoded in the toponome"، Journal of Biotechnology، 149 (4): 252–259، doi:10.1016/j.jbiotec.2010.03.009.
Schubert, Walter (يناير 2014)، "Systematic, spatial imaging of large multimolecular assemblies and the emerging principles of supramolecular order in biological systems"، Journal of Molecular Recognition، 27 (1): 3–18، doi:10.1002/jmr.2326، PMC 4283051.

بوابة طوبولوجيا

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[ref1-1] Schubert, W (2013)، "Toponomics" in Dubitzky, Wolkenhauer, Cho, Yokota. Encyclopedia of Systems Biology، Springer New York، ص. 2191–2212، ISBN 978-1-4419-9862-0، مؤرشف من الأصل في 3 يونيو 2018.

[ref2-2] Schubert, W (2003)، "Topological Proteomics, Toponomics, MELK-Technology."، Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology، 83: 189–209، doi:10.1007/3-540-36459-5_8.

[ref3-3] Schubert, Walter؛ Bonnekoh, Bernd؛ Pommer, Ansgar J؛ Philipsen, Lars؛ Böckelmann, Raik؛ Malykh, Yanina؛ Gollnick, Harald؛ Friedenberger, Manuela؛ Bode, Marcus؛ Dress, Andreas W M (01 أكتوبر 2006)، "Analyzing proteome topology and function by automated multidimensional fluorescence microscopy"، Nature Biotechnology، 24 (10): 1270–1278، doi:10.1038/nbt1250، PMID 17013374.

[ref4-4] Schubert, Walter (15 سبتمبر 2010)، "On the origin of cell functions encoded in the toponome"، Journal of Biotechnology، 149 (4): 252–259، doi:10.1016/j.jbiotec.2010.03.009.

[ref5-5] Schubert, Walter (يناير 2014)، "Systematic, spatial imaging of large multimolecular assemblies and the emerging principles of supramolecular order in biological systems"، Journal of Molecular Recognition، 27 (1): 3–18، doi:10.1002/jmr.2326، PMC 4283051.