قاعدة بيانات توجهات البروتينات في الأغشية

معلومات عامة
نوع الموقع	قاعدة بيانات توفر الحالات الحيزية للبروتين الغشائية وبنية البروتينات مع مراعاة الدهن ثنائي الطبقة
تاريخ الإطلاق	2005
الوضع الحالي	الإصدار: 2.0، منسق

قاعدة بيانات توجهات البروتينات في الأغشية (بالإنجليزية: Orientations of Proteins in Membranes database)‏ (مختصرها: OPM) هي قاعدة بيانات توفر الحالات الحيزية للبروتين الغشائية وبنية البروتينات مع مراعاة الدهن ثنائي الطبقة.[1][2][3][4]

تحسب حالات البروتين بواسطة نموذج الانذياب الضمني للدهن ثنائي الطبقة[4][5][6][7][8][9][10] ويتم التحقق من نتائج الحسابات مقارنة بالدراسات التجريبية من الترتيب الحيزي في البروتينات عبر الغشائية والبروتينات الغشائية المحيطية في الأغشية.[11][12]

تؤخذ هياكل البروتينات من بنك بيانات البروتين. توفر قاعدة بيانات توجهات البروتينات في الأغشية أيضاً التصنيف الهيكلي للبروتينات المرتبطة بالغشاء في أسر وأسر عليا وعلم فراغ الأغشية ^{[الإنجليزية]} والبناء الرباعي للبروتينات في حالة غشاء مرتبط ونوع الغشاء الحيوي المقصود لكل بروتين. يمكن تحميل الملفات المنسقة مع حدود الأغشية المحسوبة. الموقع يسمح مشاهدة صورة تركيبية الهياكل البروتينات خلال الأغشية مع طبقات الحدود بواسطة جمول (Jmol) وأم دي أل تشايم ^{[الإنجليزية]} (MDL Chime) ووبمول (WebMol).

كانت قاعدة البيانات تستخدم على نطاق واسع في الدراسات التجريبية والنظرية للبروتينات المرتبطة بالأغشية.[13][14][15][16] ومع ذلك، لا تضمن هياكل العديد من البروتينات المرتبطة بالأغشية في قاعدة البيانات إذا أنها لا يمكن توقعها حسابياً. هذا هو الحال عندما تكون جميع أجزاء البروتينات المرتكزة في الأغشية (مثلاً حينما يكون ألفا لولب مزدوج الألفة أو معرضة لأجزاء غير القطبية أو أجزاء أحماض امينية مدهنة ^{[الإنجليزية]}) مفقودة في الهياكل التجريبية.[4]

المصادر

ST NetWatch: Protein Databases نسخة محفوظة 2 يونيو 2013 على موقع واي باك مشين.review of OPM in Signal Transduction NetWatch list from ساينس "نسخة مؤرشفة"، مؤرشف من الأصل في 2 يونيو 2013، اطلع عليه بتاريخ 30 أغسطس 2013.{{استشهاد ويب}}: صيانة CS1: BOT: original-url status unknown (link)
Lomize, Mikhail A.؛ Lomize, Andrei L؛ Pogozheva, Irina D.؛ Mosberg, Henry I. (2006)، "OPM: Orientations of Proteins in Membranes database" (PDF)، Bioinformatics، 22 (5): 623–625، doi:10.1093/bioinformatics/btk023، PMID 16397007، مؤرشف من الأصل (PDF) في 18 نوفمبر 2017.
Lomize, Andrei L؛ Pogozheva, Irina D.؛ Lomize, Mikhail A.؛ Mosberg, Henry I. (2006)، "Positioning of proteins in membranes: A computational approach" (PDF)، Protein Science، 15 (6): 1318–1333، doi:10.1110/ps.062126106، PMC 2242528، PMID 16731967، مؤرشف من الأصل (PDF) في 13 يوليو 2018. {{استشهاد بدورية محكمة}}: يحتوي الاستشهاد على وسيط غير معروف وفارغ: |unused_data= (مساعدة)
Lomize, Andrei L؛ Pogozheva, Irina D.؛ Lomize, Mikhail A.؛ Mosberg, Henry I. (2007)، "The role of hydrophobic interactions in positioning of peripheral proteins in membranes" (PDF)، BMC Structural Biology، 7 (44): 44، doi:10.1186/1472-6807-7-44، PMC 1934363، PMID 17603894، مؤرشف من الأصل (PDF) في 13 يوليو 2018.
Malmberg, Nathan J.؛ Falke, Joseph J. (2005)، "Use of EPR power saturation to analyze the membrane-docking geometries of peripheral proteins: applications to C2 domains"، Annu Rev Biophys Biomol Struct، 34: 71–90، doi:10.1146/annurev.biophys.34.040204.144534، PMID 15869384.
Spencer, Andrew G.؛ Thuresson, Elizabeth؛ Otto, James C.؛ Song, Inseok؛ Smith, Tim؛ DeWitt, David L.؛ Garavito, R. Michael؛ Smith, William L. (1999)، "The membrane binding domains of prostaglandin endoperoxide H synthases 1 and 2. Peptide mapping and mutational analysis"، J Biol Chem، 274 (46): 32936–32942، doi:10.1074/jbc.274.46.32936، PMID 10551860.
Kutateladze, Tatiana؛ Overduin, Michael (2001)، "Structural Mechanism of Endosome Docking by the FYVE Domain"، ساينس، 291 (5509): 1793–1796، doi:10.1126/science.291.5509.1793، PMID 11230696.
Lathrop, Brian؛ Gadd, Martha؛ Biltonen, Rodney L.؛ Rule, Gordon S. (2001)، "Changes in Ca²⁺ affinity upon activation of Agkistrodon piscivorus piscivorus phospholipase A₂"، Biochemistry، 40 (11): 3264–3272، doi:10.1021/bi001901n، PMID 11258945.
Tatulian, Suren A.؛ Qin, Shan؛ Pande, Abhay H.؛ He, Xiaomei (2005)، "Positioning membrane proteins by novel protein engineering and biophysical approaches"، J Mol Biol، 351 (5): 939–947، doi:10.1016/j.jmb.2005.06.080، PMID 16055150.
Hristova, Kalina؛ Wimley, William C.؛ Mishra, Vinod K.؛ Anantharamiah, G.M.؛ Segrest, Jere P.؛ White, Stephen H. (1999)، "An amphipathic α-helix at a membrane interface: a structural study using a novel X-ray diffraction method"، J Mol Biol، 290 (1): 99–117، doi:10.1006/jmbi.1999.2840، PMID 10388560. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |شهر= تم تجاهله (مساعدة)
Lomize, AL؛ Pogozheva, ID؛ Mosberg, HI (2011)، "Anisotropic solvent model of the lipid bilayer. 1. Parameterization of long-range electrostatics and first solvation shell effects"، Journal of chemical information and modeling، 51 (4): 918–929، doi:10.1021/ci2000192، PMC 3089899، PMID 21438609.
Lomize, AL؛ Pogozheva, ID؛ Mosberg, HI (2011)، "Anisotropic solvent model of the lipid bilayer. 2. Energetics of insertion of small molecules, peptides, and proteins in membranes"، Journal of chemical information and modeling، 51 (4): 930–946، doi:10.1021/ci200020k، PMC 3091260، PMID 21438606.
Marsh, Derek؛ Jost, Micha؛ Peggion, Cristina؛ Toniolo, Claudio (2007)، "TOAC spin labels in the backbone of alamethicin: EPR studies in lipid membranes"، Biophys. J.، 92 (2): 473–481، doi:10.1529/biophysj.106.092775، PMC 1751395، PMID 17056731، مؤرشف من الأصل في 13 سبتمبر 2019.
Punta, Marco؛ Forrest, Lucy R.؛ Bigelow, Henry؛ Kernytsky, Andrew؛ Liu, Jinfeng؛ Rost, Burkhard (2007)، "Membrane protein prediction methods"، Methods، 41 (4): 460–474، doi:10.1016/j.ymeth.2006.07.026، PMC 1934899، PMID 17367718.
Cherezov, V؛ Yamashita, E؛ Liu, W؛ Zhalnina, M؛ Cramer, WA؛ Caffrey, M (2006)، "In Meso Structure of the Cobalamin Transporter, BtuB, at 1.95 Ångstrom Resolution"، J. Mol. Biol.، 364 (4): 716–734، doi:10.1016/j.jmb.2006.09.022، PMC 1808586، PMID 17028020. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |شهر= تم تجاهله (مساعدة)
Páli, Tibor؛ Bashtovyy, Denys؛ Marsh, Derek (2006)، "Stoichiometry of lipid interactions with transmembrane proteins - Deduced from the 3D structures"، Protein Sci.، 15 (5): 1153–1161، doi:10.1110/ps.052021406، PMC 2242517، PMID 16641489.

بوابة الكيمياء الحيوية

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] ST NetWatch: Protein Databases نسخة محفوظة 2 يونيو 2013 على موقع واي باك مشين.review of OPM in Signal Transduction NetWatch list from ساينس "نسخة مؤرشفة"، مؤرشف من الأصل في 2 يونيو 2013، اطلع عليه بتاريخ 30 أغسطس 2013.{{استشهاد ويب}}: صيانة CS1: BOT: original-url status unknown (link)

[OPM-cite-2] Lomize, Mikhail A.؛ Lomize, Andrei L؛ Pogozheva, Irina D.؛ Mosberg, Henry I. (2006)، "OPM: Orientations of Proteins in Membranes database" (PDF)، Bioinformatics، 22 (5): 623–625، doi:10.1093/bioinformatics/btk023، PMID 16397007، مؤرشف من الأصل (PDF) في 18 نوفمبر 2017.

[OPM1-3] Lomize, Andrei L؛ Pogozheva, Irina D.؛ Lomize, Mikhail A.؛ Mosberg, Henry I. (2006)، "Positioning of proteins in membranes: A computational approach" (PDF)، Protein Science، 15 (6): 1318–1333، doi:10.1110/ps.062126106، PMC 2242528، PMID 16731967، مؤرشف من الأصل (PDF) في 13 يوليو 2018. {{استشهاد بدورية محكمة}}: يحتوي الاستشهاد على وسيط غير معروف وفارغ: |unused_data= (مساعدة)

[peripheral-4] Lomize, Andrei L؛ Pogozheva, Irina D.؛ Lomize, Mikhail A.؛ Mosberg, Henry I. (2007)، "The role of hydrophobic interactions in positioning of peripheral proteins in membranes" (PDF)، BMC Structural Biology، 7 (44): 44، doi:10.1186/1472-6807-7-44، PMC 1934363، PMID 17603894، مؤرشف من الأصل (PDF) في 13 يوليو 2018.

[Malmberg-5] Malmberg, Nathan J.؛ Falke, Joseph J. (2005)، "Use of EPR power saturation to analyze the membrane-docking geometries of peripheral proteins: applications to C2 domains"، Annu Rev Biophys Biomol Struct، 34: 71–90، doi:10.1146/annurev.biophys.34.040204.144534، PMID 15869384.

[Spencer-6] Spencer, Andrew G.؛ Thuresson, Elizabeth؛ Otto, James C.؛ Song, Inseok؛ Smith, Tim؛ DeWitt, David L.؛ Garavito, R. Michael؛ Smith, William L. (1999)، "The membrane binding domains of prostaglandin endoperoxide H synthases 1 and 2. Peptide mapping and mutational analysis"، J Biol Chem، 274 (46): 32936–32942، doi:10.1074/jbc.274.46.32936، PMID 10551860.

[Kuta-7] Kutateladze, Tatiana؛ Overduin, Michael (2001)، "Structural Mechanism of Endosome Docking by the FYVE Domain"، ساينس، 291 (5509): 1793–1796، doi:10.1126/science.291.5509.1793، PMID 11230696.

[Lathrop-8] Lathrop, Brian؛ Gadd, Martha؛ Biltonen, Rodney L.؛ Rule, Gordon S. (2001)، "Changes in Ca²⁺ affinity upon activation of Agkistrodon piscivorus piscivorus phospholipase A₂"، Biochemistry، 40 (11): 3264–3272، doi:10.1021/bi001901n، PMID 11258945.

[Tatulian-9] Tatulian, Suren A.؛ Qin, Shan؛ Pande, Abhay H.؛ He, Xiaomei (2005)، "Positioning membrane proteins by novel protein engineering and biophysical approaches"، J Mol Biol، 351 (5): 939–947، doi:10.1016/j.jmb.2005.06.080، PMID 16055150.

[Hristova-10] Hristova, Kalina؛ Wimley, William C.؛ Mishra, Vinod K.؛ Anantharamiah, G.M.؛ Segrest, Jere P.؛ White, Stephen H. (1999)، "An amphipathic α-helix at a membrane interface: a structural study using a novel X-ray diffraction method"، J Mol Biol، 290 (1): 99–117، doi:10.1006/jmbi.1999.2840، PMID 10388560. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |شهر= تم تجاهله (مساعدة)

[11] Lomize, AL؛ Pogozheva, ID؛ Mosberg, HI (2011)، "Anisotropic solvent model of the lipid bilayer. 1. Parameterization of long-range electrostatics and first solvation shell effects"، Journal of chemical information and modeling، 51 (4): 918–929، doi:10.1021/ci2000192، PMC 3089899، PMID 21438609.

[12] Lomize, AL؛ Pogozheva, ID؛ Mosberg, HI (2011)، "Anisotropic solvent model of the lipid bilayer. 2. Energetics of insertion of small molecules, peptides, and proteins in membranes"، Journal of chemical information and modeling، 51 (4): 930–946، doi:10.1021/ci200020k، PMC 3091260، PMID 21438606.

[marsh-jost-peggion-13] Marsh, Derek؛ Jost, Micha؛ Peggion, Cristina؛ Toniolo, Claudio (2007)، "TOAC spin labels in the backbone of alamethicin: EPR studies in lipid membranes"، Biophys. J.، 92 (2): 473–481، doi:10.1529/biophysj.106.092775، PMC 1751395، PMID 17056731، مؤرشف من الأصل في 13 سبتمبر 2019.

[pfb-2007-14] Punta, Marco؛ Forrest, Lucy R.؛ Bigelow, Henry؛ Kernytsky, Andrew؛ Liu, Jinfeng؛ Rost, Burkhard (2007)، "Membrane protein prediction methods"، Methods، 41 (4): 460–474، doi:10.1016/j.ymeth.2006.07.026، PMC 1934899، PMID 17367718.

[cyl-2006-15] Cherezov, V؛ Yamashita, E؛ Liu, W؛ Zhalnina, M؛ Cramer, WA؛ Caffrey, M (2006)، "In Meso Structure of the Cobalamin Transporter, BtuB, at 1.95 Ångstrom Resolution"، J. Mol. Biol.، 364 (4): 716–734، doi:10.1016/j.jmb.2006.09.022، PMC 1808586، PMID 17028020. {{استشهاد بدورية محكمة}}: الوسيط غير المعروف |شهر= تم تجاهله (مساعدة)

[pbm-2006-16] Páli, Tibor؛ Bashtovyy, Denys؛ Marsh, Derek (2006)، "Stoichiometry of lipid interactions with transmembrane proteins - Deduced from the 3D structures"، Protein Sci.، 15 (5): 1153–1161، doi:10.1110/ps.052021406، PMC 2242517، PMID 16641489.