Avibase

Avibase es una base de datos taxonómica en línea que organiza los datos taxonómicos y de distribución de aves a nivel mundial. En su esencia, la base de datos se basa en la noción de conceptos taxonómicos.[1] en lugar de nombres taxonómicos[2][3][4][5] Avibase incorpora y organiza datos taxonómicos de las principales editoriales taxonómicas de aves (The Clements Checklist of Birds of the World,[6] Handbook of the Birds of the World, BirdLife International,[7] IOC Checklist[8] y Howard and Moore Complete Checklist of the Birds of the World) y otras fuentes regionales (por ejemplo, todas las ediciones de la American Ornithological Society Checklist of North American Birds desde 1886). Los conceptos taxonómicos de más de 230 fuentes taxonómicas diferentes han sido mapeados y referenciados con los conceptos de Avibase.

Avibase
Información general
Dominio http://avibase.bsc-eoc.org/avibase.jsp
Tipo Base de datos biológica
Base de datos de especies globales
Base de datos en línea
Gestión
Lanzamiento 2003

El sitio web también ofrece listas de control para más de 20 000 regiones geográficas del mundo, páginas de especies con información taxonómica y sinónimos, y herramientas para que los observadores mantengan sus propios avistamientos y obtengan informes (por ejemplo, un mapa que muestra los países o los puntos de acceso de eBird con el número de especies objetivo que faltan en una de sus listas de vida).

Historia y propósito

Avibase ha sido creada y es mantenida por Denis Lepage, actual director senior de ciencia y tecnología de datos en Birds Canada. Los datos contenidos en Avibase se han recopilado a partir de 1991.[9] El sitio web de Avibase se puso en marcha en junio de 2003 y ha sido alojado por Birds Canada (antes Bird Studies Canada) desde su creación.

Características

Conceptos taxonómicos: la base de datos está organizada principalmente en torno a una tabla de conceptos taxonómicos únicos. Cada concepto representa una circunscripción biológica única y se le ha asignado un ID alfanumérico único llamado Avibase ID. Los ID de Avibase permiten el seguimiento de conceptos taxonómicos congruentes entre las fuentes de publicación. Hay aproximadamente 58 000 conceptos taxonómicos únicos descritos en Avibase. Estos incluyen conceptos tradicionalmente reconocidos como especies y subespecies, pero también otras agrupaciones taxonómicas (grupos de subespecies), varios tratamientos taxonómicos alternativos reconocidos históricamente, y otros conceptos que representan híbridos, polimorfismo y formas inválidas o dudosas.

Datos de nomenclatura: cada nombre científico se describe también para incluir los datos de citación y el nombre asociado a la descripción original. En Avibase se han registrado aproximadamente 48 000, y también están disponibles varios tipos de sinónimos.

Las listas de verificación de especies regionales: existen listas de especies regionales para más de 20 000 regiones del mundo. Esto incluye todos los países, territorios y dependencias, y la mayoría de las regiones definidas en los estratos subnacionales de GADM, como provincias, estados, prefecturas, condados, departamentos, municipios y distritos (niveles 1 y 2 de GADM), así como más de 2500 islas. Las listas regionales están disponibles en varios formatos taxonómicos y también pueden incorporar nombres comunes en varios idiomas. Los datos para las listas de control regionales proceden de un gran número de fuentes, como el conjunto de datos EBD de eBird y foros como el Global Rare Bird Alert de Facebook.

Los nombres comunes y sinónimos: están disponibles en 271 idiomas diferentes y variantes regionales, y hay 21 idiomas que tienen una cobertura superior al 85 % de las especies con un nombre común conocido.

MyAvibase: lanzada en 2013, proporciona herramientas gratuitas para los usuarios que desean mantener sus listas de vida y generar informes centrados en la búsqueda de especies objetivo que el observador aún no ha visto (dónde ir, qué ver, cuándo ir, cuánto tiempo visitar), o estadísticas regionales generales (por ejemplo, número total de especies por país).

Uso de la información de la base de datos

Avibase se utiliza como fuente de datos en muchas publicaciones web y revisadas por pares. Por ejemplo, a menudo se utiliza como fuente principal en Wikipedia. También se sido citada, y sus datos han sido utilizados, en más de 600 publicaciones,[10] particularmente en los campos de la ecología,[11] la conservación,[12] la parasitología,[13] la salud humana,[14] la taxonomía[15][16] y bioinformática.[17]

Los identificadores de Avibase se utilizan para resolver ambigüedades en los nombres científicos de las aves, y han sido adoptados por la Lista de verificación de aves de América del Norte de la AOS,[18] y están disponibles en el proyecto de taxón de Wikidata. Avibase también se utiliza como referencia para la información taxonómica por grupos de investigación como la base de datos de investigación de influenza (Influenza Research Database).

Referencias
  1. Kennedy, J.; Hyam, R.; Kukla, R.; Paterson, T. (1 de junio de 2006). «Standard Data Model Representation for Taxonomic Information». OMICS: A Journal of Integrative Biology (en inglés) 10 (2): 220-230. doi:10.1089/omi.2006.10.220. Consultado el 7 de julio de 2021.
  2. Lepage, Denis; Vaidya, Gaurav; Guralnick, Robert (25 de junio de 2014). «Avibase – a database system for managing and organizing taxonomic concepts». ZooKeys (en inglés) 420: 117-135. ISSN 1313-2970. doi:10.3897/zookeys.420.7089. Consultado el 7 de julio de 2021.
  3. Sterner, Beckett; Franz, Nico M. (1 de junio de 2017). «Taxonomy for Humans or Computers? Cognitive Pragmatics for Big Data». Biological Theory (en inglés) 12 (2): 99-111. ISSN 1555-5550. doi:10.1007/s13752-017-0259-5. Consultado el 7 de julio de 2021.
  4. Franz, Nico M; Sterner, Beckett W (1 de enero de 2018). «To increase trust, change the social design behind aggregated biodiversity data». Database (en inglés) 2018 (bax100). ISSN 1758-0463. doi:10.1093/database/bax100. Consultado el 7 de julio de 2021.
  5. Franz, Nico; Gilbert, Edward; Ludäscher, Bertram; Weakley, Alan (30 de septiembre de 2016). «Controlling the taxonomic variable: Taxonomic concept resolution for a southeastern United States herbarium portal». Research Ideas and Outcomes (en inglés) 2: e10610. ISSN 2367-7163. doi:10.3897/rio.2.e10610. Consultado el 7 de julio de 2021.
  6. «Downloadable Checklist». www.birds.cornell.edu (en inglés). Consultado el 7 de julio de 2021.
  7. Handbook of the Birds of the World and BirdLife International digital checklist of the birds of the world. Version 4. HBW and BirdLife International (Dec. 2019)
  8. IOC World Bird List (v10.1) Gill F, D Donsker & P Rasmussen (Eds). 2020.
  9. «Avibase - La Base de Datos de Aves del Mundo». avibase.bsc-eoc.org. Consultado el 7 de julio de 2021.
  10. «Avibase - La Base de Datos de Aves del Mundo». avibase.bsc-eoc.org. Consultado el 7 de julio de 2021.
  11. Redding, David W.; Mooers, Arne O.; Şekercioğlu, Çağan H.; Collen, Ben (19 de febrero de 2015). «Global evolutionary isolation measures can capture key local conservation species in Nearctic and Neotropical bird communities». Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences (en inglés) 370 (1662): 20140013. PMID 25561674. doi:10.1098/rstb.2014.0013. Consultado el 7 de julio de 2021.
  12. Rodríguez, Jon Paul; Simonetti, Javier A.; Premoli, Andrea; Marini, Miguel Ângelo (2005). «Conservation in Austral and Neotropical America: Building Scientific Capacity Equal to the Challenges». Conservation Biology (en inglés) 19 (3): 969-972. ISSN 0888-8892. Consultado el 7 de julio de 2021.
  13. "Unexpected Bird–Feather Mite Associations Revealed by DNA Metabarcoding Uncovers a Dynamic Ecoevolutionary Scenario." Doña, Jorge, David Serrano, Sergey Mironov, Alicia Montesinos‐Navarro, and Roger Jovani. 2019. Molecular Ecology 28 (2): 379–90.
  14. Dunn, Robert R.; Davies, T. Jonathan; Harris, Nyeema C.; Gavin, Michael C. (7 de septiembre de 2010). «Global drivers of human pathogen richness and prevalence». Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences (en inglés) 277 (1694): 2587-2595. PMC 2982038. PMID 20392728. doi:10.1098/rspb.2010.0340. Consultado el 7 de julio de 2021.
  15. Sterner, Beckett; Witteveen, Joeri; Franz, Nico (6 de febrero de 2020). «Coordinating dissent as an alternative to consensus classification: insights from systematics for bio-ontologies». History and Philosophy of the Life Sciences (en inglés) 42 (1): 8. ISSN 1742-6316. doi:10.1007/s40656-020-0300-z. Consultado el 7 de julio de 2021.
  16. Minelli, Alessandro (31 de enero de 2020). «Taxonomy needs pluralism, but a controlled and manageable one». Megataxa (en inglés) 1 (1): 9-18-9-18. ISSN 2703-3090. doi:10.11646/megataxa.1.1.3. Consultado el 7 de julio de 2021.
  17. Zermoglio, Paula F.; Guralnick, Robert P.; Wieczorek, John R. (13-ene-2016). «A Standardized Reference Data Set for Vertebrate Taxon Name Resolution». PLOS ONE (en inglés) 11 (1): e0146894. ISSN 1932-6203. PMC 4711887. PMID 26760296. doi:10.1371/journal.pone.0146894. Consultado el 7 de julio de 2021.
  18. "Check-list of North American Birds (online)." Chesser, R. T., K. J. Burns, C. Cicero, J. L. Dunn, A. W. Kratter, I. J. Lovette, P. C. Rasmussen, J. V. Remsen, Jr., D. F. Stotz, and K. Winker. 2019. American Ornithological Society.

Bibliografía

Enlaces externos
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