Bryozoa sensu lato

Cuando se descubrieron los entoproctos en el siglo XIX, estos fueron agrupados con los ectoproctos en el filo Bryozoa, porque ambos grupos eran animales sésiles que se alimentaban por filtración por medio de una corona de tentáculos con presencia de cilios.

Desde 1869 en adelante, el aumento de la conciencia de las diferencias, incluida la posición del ano entoprocto dentro de la estructura de alimentación y la diferencia en el patrón temprano de división de las células en sus embriones , hizo que los científicos consideraran a los dos grupos como filos separados, y Bryozoa fue convertido en sinónimo de Ectoprocta, una serie de estudios de filogenia molecular de 1996 a 2006 también concluyó que los ectoproctos y los entoproctos no son grupos hermanos convirtiendo a los briozoos tradicionales en un grupo polifilético, justificando la restricción del término a únicamente los briozoos con ano afuera de la corona.

Sin embargo, Claus Nielsen y Thomas Cavalier-Smith , sostienen por motivos anatómicos y de desarrollo que los briozoos en sentido estricto y los entoproctos son miembros del mismo phylum, Bryozoa. Un estudio de filogenia molecular en 2007 también apoyó esta vieja idea, mientras que sus conclusiones sobre otros filos coincidieron con las de varios otros análisis. Un estudio realizado en 2008, utilizando un conjunto más grande de genes, concluyó que los lophophorados estaban más cerca de los Lophotrochozoa que de los deuterostomos, pero también que los lophophorados no eran monofiléticos. En cambio, concluyó que los braquiópodos y los forónidos formaban un grupo monofilético (Brachiozoa), pero los briozoos s.s (ectoproctos) eran los más cercanos a los entoproctos, considerando a los briozoos en sentido laxo como un grupo válido, aunque parafilético con respecto a Cycliophora según análisis.[8][9]

Se ha propuesto que los ciclioforos estén relacionados con los briozoos tradicionales debido a sus similitudes estructurales[10], varios análisis moleculares de ADN, ARN, y aminoácidos, que respalda la relación entre Cycliophora y Entoprocta, algunos autores como Cavalier Smith​ y el Sistema Integrado de Información Taxonómica lo consideran un filo considerando a entoproctos y ciclioforos como clases[11][12], esto convertiría a los ciclióforos en "briozoos" modificados, a su vez se convierten en lofoforados modificados.

Una hipótesis que puede destrozar a Bryozoa s.l es la Tetraneuralia, un clado propuesto basado en similitudes morfológicas que agrupa a los moluscos, los entoproctos, los ciclioforos y la familia extinta Cupithecidae[13][14], este clado ha sido propuesto por malacólogos y zoólogos al observar que varias características morfológicas de entoproctos y ciclioforos eran claramente similares a la de los moluscos. Tanto moluscos como entoproctos y ciclioforos comparten un sistema muscular similar, la cutícula es igual en ambos, la hemolinfa del sistema circulatorio es muy similar, tienen un sistema nervioso tetraneuro con dos cordones nerviosos pedios o ventrales. De esta última característica el clado toma su nombre "tetraneuralia"[15].