Colegiata de San Miguel Arcángel

• Capilla de San Juan Bautista.

Retablo de un solo cuerpo, con columnas salomónicas lisas, tiene en él la imagen de San Juan Bautista, esculpida por Mateo de Rubalcaba de Nájera. Además, en el banco se puede ver la imagen de Santa Águeda. Por último, guarda la pila bautismal, que es original de la época.

• Capilla del Dulce Nombre de Jesús.

Consta de un cuerpo y ático con estípites y columnas salomónicas. Fue realizada por Juan de Arregui en 1727. En ella se encuentran dos imágenes de obispos santos San Ambrosio y San Agustín, ambos tallados por Mateo de Rubalcaba. En el ático se ve un lienzo de la Virgen con el niño dormido.

• Capilla del Amor Hermoso.

Antes conocida como capilla de San Pedro, es un retablo del siglo XVII. En él se puede ver el escudo papal en el ático y la imagen de San José de Calasanz. En la hornacina central, se encuentra una imagen barroca de la Virgen sobre un trono de ángeles. En una urna, se localiza la imagen de San Cristóbal.

• Capilla de las Ánimas.

Retablo de friso curvo decorado con imágenes de ángeles. En él aparecen esculpidas en alabastro las ánimas del purgatorio. Se pueden observar en él, también, los cuadros de la Ascensión y Descendimiento de Jesucristo. Además, en las urnas, se ven a la Dolorosa y a San Juan Evangelista.

• Capilla de San Roque.

Retablo dedicado al patrón mayor de Alfaro. Aun siendo patrón de los leprosos, en esta ocasión aparece de aspecto atlético y saludable (no como en otras representaciones, en las que suele aparecer llagado). La talla es de la Escuela Napolitana. También podemos observar la escultura de San Ezequiel, santo alfareño que nació en 1848. Es patrón mundial del cáncer.

• Capilla de San Ildefonso o de los Araciel.

Las capillas de la cabecera poseen todas la misma arquitectura: bóvedas con linternas apoyadas sobre pechinas. En esta en particular, los frescos de la bóveda no se han podido recuperar bien pero hacen referencia a la llegada de la Virgen del Pilar. En esta capilla aparecen imágenes de la justicia y de la Fe. La verja que encierra la capilla se divide en tres cuerpos. En la parte superior se ve el escudo de la familia Araciel, en el centro, la cruz de Santiago (la orden a la que pertenecían). Retablo barroco que tiene un ático, un cuerpo de tres calles y un zócalo. En la hornacina centra se observa la Imposición de la Casulla de San Ildefonso, motivo que también aparece en el lienzo de la pared izquierda. En el banco está la imagen de la Dolorosa, también de la Escuela Napolitana. A la derecha, yace el sepulcro donde está enterrado el corazón del Arzobispo de Zaragoza, Don Manuel Pérez de Araciel y Rada, sin el resto de su cuerpo por petición suya.

• Capilla de Nuestra Señora del Rosario.

Retablo barroco muy ornamentado. Se puede ver en su ático la coronación de la Virgen, en la hornacina central se observa Nuestra señora del Rosario y con respecto a las pinturas, son de la escuela del Greco.

• Capilla de San José.

Retablo construido por Juan de Arregui en 1727. El Cristo que aparece en el ático es gótico del siglo XIV, traído de la Iglesia de San Miguel de Arriba. Los frescos que hay sobre el arco de acceso a la capilla hacen referencia a la huida a Egipto y el sueño de San José.

• Capilla de los Desposorios.

También conocida como la capilla de los Pueyo o de los Quintana, pues ha pertenecido a ambas familias. Aparece el escudo de los Pueyo en el retablo de los Desposorios de María y José; así como la imagen de la Virgen del Pueyo, de estilo gótico, en el retablo de alabastro dedicado a la Virgen María. Vemos también la imagen de la Virgen del Cisne.

• Capilla de San Joaquín y Santa Ana.

Su retablo principal es gemelo al de la Capilla de las ánimas. Hay otro retablo más en esta capilla el de Santa Lucía que es clasicista de la segunda mitad del siglo XVII. En él aparecen Santa Bárbara en el ático, Nuestra Señora de la Expectación en la hornacina central, a su derecha Santa Rita de Casia y a su izquierda Santa Lucía. También se ve el cuadro de Cristo de las Horas, barroco del siglo XVII, en el que aparece el dolor de Cristo en la Cruz en distintas horas, representado con rayos de luz e inscripciones en latín.

• Capilla del Santo Entierro.

Compuesta de un retablo rococó de finales del siglo XVIII con columnas corintias. En la hornacina central se encuentra la Dolosa. En el banco, está un cristo yacente de pelo natural y brazos articulados en una urna.

• Capilla de San Esteban.

Retablo neoclásico, gemelo al de la primera capilla ya mencionada (situada, además, enfrente de esta). En la hornacina central aparece San Esteban, esculpido por Mateo de Rubalcaba de Nájera. En el ático hay un cuadro de la Magdalena y en el banco, un cuadro de Santa Apolonia.