Église de la Panaghia Protothronos

À l'origine (VII^e siècle), la basilique paléochrétienne avait trois nefs, probablement soutenues par des colonnes. Dans l'abside, le synthronon et le trône de l'évêque (conservés) montrent qu'elle était aussi cathédrale. Entre le IX^e et XI^e siècles (probablement dans la seconde moitié du IX^e siècle)[1], la structure fut transformée en église à croix grecque inscrite. Ensuite, probablement au XI^e siècle, un narthex, également couvert d'une coupole, lui fut adjoint[2]^,[3]. Le bâtiment fut aussi flanqué, au nord (sur le flanc gauche de l'église), d'une chapelle dédiée à Saint Akindynos et, au sud, d'une salle rectangulaire avec voûte.

Selon une inscription sur l'architrave (probablement de templon) qui se trouve au-dessus de la porte d'entrée, l'église fut rénovée en 1052. Cette inscription mentionne aussi les noms de l'évêque Léon, de Nicétas, protospathaire[3] et tourmarque de Naxos, et du comte (officier supérieur) Stéphan Kamicharès[4]. D'autres inscriptions mentionnent des travaux et transformations au XVI^e et XVII^e siècles.

L'intérieur de l'église comporte cinq couches successives de peintures murales : la plus ancienne, paléochrétienne, remonte à la basilique d'origine ; lui succèdent au IX^e siècle des fresques aniconiques et trois autres séries aux X^e , XI^e siècles et XIII^e siècle[2]. Quelques-unes de ces couches ont été détachées puis reposées après le retrait de couches plus anciennes, de sorte que les fresques de plusieurs périodes puissent être vues.

Les premières fresques datent du VII^e siècle et représentent les apôtres dans la partie basse de l'abside dans le sanctuaire ; tandis que Saint Isidore décore, comme une icône, un côté de la fenêtre. Elles sont contemporaines des premières fresques de la Panaghia Drossiani (entre Chalki et Moni).

La seconde couche peinte au dessus des apôtres dans l'abside est aniconique et représente des croix dans des niches. Elle date de la période iconoclaste du IX^e siècle et se trouve à présent dans une salle d'exposition attenante à l'église.

Situées dans la coupole centrale, des couches de peintures murales superposées ont été dégagées. Elles datent de 1052-1056, même période que l'inscription sur l'architrave (les noms de nobles byzantins) et la suivante au dessus de la niche d'une tombe: Ici repose Anne, la Servante de Dieu, Mars 1056 (mur de gauche dans la chapelle dédiée à Saint Akindynos). Les fresques de la partie Est de cette coupole centrale représentent les saints Démétrios, Nicolas, Georges et Théodore entourés de deux archanges. Il est possible que des peintures murales à droite de la coupole centrale (branche sud de la croix) datent d'une période légèrement plus ancienne.

La représentation de l'Annonciation sur la paroi sud du sanctuaire date du XII^e siècle[3]. À la fin du XIII^e siècle furent repeints dans l'abside des hiérarques officiant (seul l'un d'entre eux est bien visible) et une représentation de la Déisis. Cette dernière illustre l'art de la Renaissance paléologue.