APOBEC

APOBEC est l'acronyme anglophone de « Apolipoprotéins B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like » (« enzyme d'édition d'ARNm de l’apolipoprotéine B, qui se comporte comme un polypeptide catalytique »).
APOBEC désigne une famille de cytidine désaminases, conservées de manière évolutive.

L'édition d'ARNm est l’un des mécanismes de génération de diversité protéique. Les membres de cette famille de protéines sont des enzymes d'édition de C-vers-U, c’est-à-dire de Cytidine en Uridine.

L'extrémité N-terminale des protéines de type APOBEC est un domaine catalytique, alors que l'extrémité C-terminale est un domaine pseudocatalytique. Plus spécifiquement, le domaine catalytique est un domaine de cytidine désaminase dépendant du zinc, et est essentiel pour la désamination de la cytidine. L'édition d'ARN par l'APOBEC-1 nécessite une homodimérisation et ce complexe interagit avec les protéines de liaison à l'ARN pour former l'éditosome[1].

Fonctions

Chez les humains / mammifères, ils aident à protéger contre les infections virales[2]. Mais ces enzymes, lorsqu'ils sont mal régulés, sont une source majeure de mutation dans de nombreux types de cancers[2].

aspects structurels et biophysiques

Une revue de 2013 a discuté des aspects structurels et biophysiques des enzymes de la famille APOBEC3[3].

Dans le cas de la COVID-19 ?

L'édition d'ARN par les désaminases de l'hôte est un processus de restriction inné qui contre de nombreuses infections virales, mais en juin 2020, on ne sait pas encore si ce processus fonctionne contre les coronavirus.

En étudiant des séquences d'ARN prélevé dans les fluides de lavage broncho-alvéolaire échantillonnés chez des patients infectés par un coronavirus, on observe des changements de nucléotides pouvant être des « signatures » de l'édition d'ARN[4] :

des changements d'adénosine en inosine des ADAR désaminases ;
des changements de la cytosine en uracile des APOBEC désaminases.

L'analyse mutationnelle des génomes de différentes souches de Coronaviridae provenant d'hôtes humains révèle des profils de mutation cohérents avec ceux observés dans les données transcriptomiques mais la réduction de la signature ADAR dans ces données soulève la possibilité que les ADAR pourraient être plus efficaces que les APOBEC pour limiter la propagation virale[4].

Une étude publiée en 2020 a conclu que les APOBEC et les ADAR sont impliqués dans l'édition du génome des coronavirus, un processus qui peut façonner le destin du virus et du patient[4].

Aspects génétiques relatifs aux membres de cette famille

Les gènes humains encodant les membres des protéines de la famille des APOBEC incluent :

APOBEC1
APOBEC2
APOBEC3A
APOBEC3B
APOBEC3C
APOBEC3D (ou « APOBEC3E » désormais incluse dans cette définition)
APOBEC3F
APOBEC3G
APOBEC3H
APOBEC4
Activation-induced (cytidine) deaminase (AID)

Notes et références

(en) Joseph E. Wedekind, Geoffrey S.C. Dance, Mark.P. Sowden et Harold æC. Smith, « Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business », Trends in Genetics, vol. 19, n^o 4,‎ avril 2003, p. 207–216 (DOI 10.1016/S0168-9525(03)00054-4, lire en ligne, consulté le 22 juin 2020)
(en-US) « Unexpected DNA-Binding Mechanism Suggests Ways to Block Enzyme Activity in Cancer », sur GEN - Genetic Engineering and Biotechnology News, 20 décembre 2016 (consulté le 22 juin 2020)
Ananda Ayyappan Jaguva Vasudevan et Sander H.J. Smits, « Structural features of antiviral DNA cytidine deaminases », sur Biological Chemistry, 1^er novembre 2013 (ISSN 1437-4315, DOI 10.1515/hsz-2013-0165, consulté le 22 juin 2020), p. 1357–1370
(en) Salvatore Di Giorgio, Filippo Martignano, Maria Gabriella Torcia et Giorgio Mattiuz, « Evidence for host-dependent RNA editing in the transcriptome of SARS-CoV-2 », Science Advances, vol. 6, n^o 25,‎ juin 2020, eabb5813 (ISSN 2375-2548, DOI 10.1126/sciadv.abb5813, lire en ligne, consulté le 25 juin 2020)

Voir aussi

Articles connexes

Bibliographie

(en) Salvatore Di Giorgio, Filippo Martignano, Maria Gabriella Torcia et Giorgio Mattiuz, « Evidence for host-dependent RNA editing in the transcriptome of SARS-CoV-2 », Science Advances, vol. 6, n^o 25,‎ juin 2020, eabb5813 (ISSN 2375-2548, DOI 10.1126/sciadv.abb5813, lire en ligne, consulté le 25 juin 2020)
(en) Raymond J. Cho, Ludmil B. Alexandrov, Nicoline Y. den Breems et Velina S. Atanasova, « APOBEC mutation drives early-onset squamous cell carcinomas in recessive dystrophic epidermolysis bullosa », Science Translational Medicine, vol. 10, n^o 455,‎ 22 août 2018, eaas9668 (ISSN 1946-6234 et 1946-6242, DOI 10.1126/scitranslmed.aas9668, lire en ligne, consulté le 25 juin 2020)
(en) T. Eto, K. Kinoshita, K. Yoshikawa et M. Muramatsu, « RNA-editing cytidine deaminase Apobec-1 is unable to induce somatic hypermutation in mammalian cells », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 100, n^o 22,‎ 28 octobre 2003, p. 12895–12898 (ISSN 0027-8424 et 1091-6490, PMID 14559972, PMCID PMC240715, DOI 10.1073/pnas.2135587100, lire en ligne, consulté le 25 juin 2020)
(en) Brad R Rosenberg, Claire E Hamilton, Michael M Mwangi et Scott Dewell, « Transcriptome-wide sequencing reveals numerous APOBEC1 mRNA-editing targets in transcript 3′ UTRs », Nature Structural & Molecular Biology, vol. 18, n^o 2,‎ février 2011, p. 230–236 (ISSN 1545-9993 et 1545-9985, PMID 21258325, PMCID PMC3075553, DOI 10.1038/nsmb.1975, lire en ligne, consulté le 25 juin 2020)
(en) Shraddha Sharma, Santosh K. Patnaik, Zeynep Kemer et Bora E. Baysal, « Transient overexpression of exogenous APOBEC3A causes C-to-U RNA editing of thousands of genes », RNA Biology, vol. 14, n^o 5,‎ 4 mai 2017, p. 603–610 (ISSN 1547-6286 et 1555-8584, PMID 27149507, PMCID PMC5449087, DOI 10.1080/15476286.2016.1184387, lire en ligne, consulté le 25 juin 2020)
(en) Jeffrey M Kidd, Tera L Newman, Eray Tuzun et Rajinder Kaul, « Population Stratification of a Common APOBEC Gene Deletion Polymorphism », PLoS Genetics, vol. 3, n^o 4,‎ 20 avril 2007, e63 (ISSN 1553-7404, PMID 17447845, PMCID PMC1853121, DOI 10.1371/journal.pgen.0030063, lire en ligne, consulté le 25 juin 2020)
(en) Jeffrey M Kidd, Tera L Newman, Eray Tuzun et Rajinder Kaul, « Population Stratification of a Common APOBEC Gene Deletion Polymorphism », PLoS Genetics, vol. 3, n^o 4,‎ 20 avril 2007, e63 (ISSN 1553-7404, PMID 17447845, PMCID PMC1853121, DOI 10.1371/journal.pgen.0030063, lire en ligne, consulté le 25 juin 2020)

Portail de la médecine
Portail de la pharmacie
Portail de la biochimie

Cet article est issu de Wikipedia. Le texte est sous licence Creative Commons - Attribution - Partage dans les Mêmes. Des conditions supplémentaires peuvent s'appliquer aux fichiers multimédias.

[1] (en) Joseph E. Wedekind, Geoffrey S.C. Dance, Mark.P. Sowden et Harold æC. Smith, « Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business », Trends in Genetics, vol. 19, n^o 4,‎ avril 2003, p. 207–216 (DOI 10.1016/S0168-9525(03)00054-4, lire en ligne, consulté le 22 juin 2020)

[HEN2016-2] (en-US) « Unexpected DNA-Binding Mechanism Suggests Ways to Block Enzyme Activity in Cancer », sur GEN - Genetic Engineering and Biotechnology News, 20 décembre 2016 (consulté le 22 juin 2020)

[3] Ananda Ayyappan Jaguva Vasudevan et Sander H.J. Smits, « Structural features of antiviral DNA cytidine deaminases », sur Biological Chemistry, 1^er novembre 2013 (ISSN 1437-4315, DOI 10.1515/hsz-2013-0165, consulté le 22 juin 2020), p. 1357–1370

[DiJuin2020-4] (en) Salvatore Di Giorgio, Filippo Martignano, Maria Gabriella Torcia et Giorgio Mattiuz, « Evidence for host-dependent RNA editing in the transcriptome of SARS-CoV-2 », Science Advances, vol. 6, n^o 25,‎ juin 2020, eabb5813 (ISSN 2375-2548, DOI 10.1126/sciadv.abb5813, lire en ligne, consulté le 25 juin 2020)