Classification des virus

La classification des virus n'est pas intégrée à celle réalisée pour les êtres vivants, l'appartenance même des virus au monde vivant étant sujette à débat. Deux méthodes font autorité :

Ces deux méthodes de classification ne sont pas antagonistes et peuvent tout à fait s'intégrer l'une à l'autre, car la classification de l'ICTV reprend certains critères de la classification Baltimore. Aucune des deux ne prétend être phylogénétique, car l'origine commune des virus ne peut pas encore être mise en évidence par la comparaison de leurs séquences nucléotidiques. Un pas vers une classification phylogénétique est toutefois franchi en octobre 2018 avec la reconnaissance par l'ICTV du regroupement des virus à ARN simple brin à polarité négative en un embranchement, deux sous-embranchements et six classes.

Généralités

Les formes variées des virus résultent du fait que l'un des deux brins d'ADN dans lesquels toutes les formes de vie cellulaire conservent leur information génétique est redondant, et que par conséquent les virus peuvent avoir des génomes à simple ou double brin. De plus, le génome de certains virus est formé d'ARN plutôt que d'ADN. L'ARN est présent dans les cellules comme intermédiaire lorsque les gènes sont traduits en protéines. Le génome des virus à ARN peut être codé dans deux directions différentes : soit les gènes sont stockés dans la direction 5'→3' (polarité positive ou +), comme celle dans laquelle les gènes sont codés dans l'ARN messager des cellules, soit ils sont stockés dans la direction opposée (polarité négative ou -).

La taxonomie des virus est similaire à celle des organismes cellulaires :

Ordre (suffixe : -virales)
Famille (suffixe : -viridae)
Sous-famille (suffixe : -virinae)
Genre (suffixe : -virus)
Espèce

Cependant, le code de nomenclature géré par le Comité international de taxonomie des virus (ICTV) diffère des autres sur plusieurs aspects. Pour l'essentiel, les noms des ordres et des familles sont mis en italiques et les noms des espèces ne suivent pas la nomenclature binomiale mais sont souvent de la forme [Virus] de la [maladie]. La définition des ordres est très récente et a été délibérément lente ; à ce jour, seuls trois ont été nommés et la plupart des familles ne sont pas classées. En 2014, 7 ordres, 104 familles, 23 sous-familles, 505 genres et 3 186 espèces virales sont décrits[1].

En octobre 2018, l'ICTV franchit un pas vers une classification phylogénétique en approuvant l'usage futur de 15 rangs taxonomiques (domaine, sous-domaine, règne, sous-règne, embranchement (phylum), sous-embranchement, classe, sous-classe, ordre, sous-ordre, famille, sous-famille, genre, sous-genre, espèce), et en validant un embranchement, deux sous-embranchements et six classes. L'embranchement validé est celui des virus à ARN simple brin à polarité négative, dénommé Negarnaviricota et divisé en deux sous-embranchements, Haploviricotina (dont le virus Ebola et le virus de la rage) et Polyploviricotina (dont le virus de la fièvre de Lassa et le virus de la grippe A)[2],[3]. L'ICTV met aussi à jour sa liste des taxons de rang inférieur : 14 ordres, 7 sous-ordres, 143 familles, 64 sous-familles, 846 genres, 59 sous-genres et 4 958 espèces[3]. La liste des taxons reconnus est disponible en ligne[4].

Classification par type de génome

Virus à ADN

L'information génétique de ces virus est stockée sous forme d'ADN.

Groupe I – Virus à ADN à double brin

Groupe II – Virus à ADN à simple brin

Virus à ARN

L'information génétique est stockée sous forme d'ARN.

Groupe III – Virus à ARN à double brin

Groupe IV – Virus à ARN simple brin à polarité positive (Virus (+)ssARN ou de type ARN messager)

Groupe V – Virus à ARN simple brin à polarité négative
Nouvelle classification

L'officialisation en octobre 2018 du rang taxonomique d'embranchement pour les virus à ARN simple brin à polarité négative (Negarnaviricota) est fondée sur la phylogénie d'un marqueur universel des virus à ARN, l'ARN polymérase ARN-dépendante. La division de cet embranchement en deux sous-embranchements (Haploviricotina et Polyploviricotina) et six classes se base sur ce même marqueur, mais aussi sur l'origine génique des protéines de la capside[2],[3]. La classification adoptée est la suivante[4], jusqu'au rang des familles (la classification complète inclut les genres et les espèces) :

  • Negarnaviricota
    • Haploviricotina
      • Chunqiuviricetes
        • Muvirales
          • Qinviridae
      • Milneviricetes
        • Serpentovirales
          • Aspiviridae
      • Monjiviricetes
        • Jingchuvirales
          • Chuviridae
        • Mononegavirales
          • Artoviridae
          • Bornaviridae
          • Filoviridae
          • Lispiviridae
          • Mymonaviridae
          • Nyamiviridae
          • Paramyxoviridae
          • Pneumoviridae
          • Rhabdoviridae
          • Sunviridae
          • Xinmoviridae
      • Yunchangviricetes
        • Goujianvirales
          • Yueviridae
    • Polyploviricotina
      • Ellioviricetes
        • Bunyavirales
          • Arenaviridae
          • Cruliviridae
          • Fimoviridae
          • Hantaviridae
          • Mypoviridae
          • Nairoviridae
          • Peribunyaviridae
          • Phasmaviridae
          • Phenuiviridae
          • Wupedeviridae
      • Insthoviricetes
        • Articulavirales
          • Amnoonviridae
          • Orthomyxoviridae

Groupe VI – rétrovirus à ARN simple brin

L'information génétique est codée sous forme d'ARN. Une enzyme associée au virus, la transcriptase inverse, crée de l'ADN à partir de l'ARN pour assurer la réplication dans une cellule hôte.

Groupe VII – Pararétrovirus à ADN double brin

L'information génétique est codée sous forme d'ADN. La réplication se base sur l'ARNm.

Classification par type de capside

Voir Capside

Notes et références
  1. http://www.ictvonline.org/virusTaxInfo.asp
  2. (en) Jens H. Kuhn, Yuri I. Wolf, Mart Krupovic, Yong-Zhen Zhang, Piet Maes et al., « Classify viruses — the gain is worth the pain », Nature, vol. 566,‎ , p. 318-320 (DOI 10.1038/d41586-019-00599-8).
  3. (en) Stuart G. Siddell, Peter J. Walker, Elliot J. Lefkowitz, Arcady R. Mushegian, Michael J. Adams et al., « Additional changes to taxonomy ratified in a special vote by the International Committee on Taxonomy of Viruses (October 2018) », Archives of Virology,‎ , p. 1-4 (DOI 10.1007/s00705-018-04136-2).
  4. (en) « ICTV Master Species List 2018a v1 », sur ICTV.
  5. (en) Michael J. Adams, John F. Antoniw et Jan Kreuze, « Virgaviridae: a new family of rod-shaped plant viruses », sur Springer, Archives of Virology, (consulté le ).

Voir aussi

Articles connexes

Liens externes
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