Espaceur interne transcrit

L'Espaceur interne transcrit (ou Internal transcribed spacer (ITS) en anglais) est une portion de l'ADN ribosomique située entre les gènes de la petite et de la grande sous-unité de l'acide ribonucléique ribosomique. Il est utilisé en phylogénie des eucaryotes et en barcoding moléculaire des champignons ou des cyanobactéries.

Organisation des ADN ribosomaux eucaryotes nucléaires.

Les espaceurs internes transcrits ont un taux de mutations sensiblement plus élevé sous l'effet d'insertions, de délétions et de mutations ponctuelles, ce qui rend inopérante la comparaison de séquences d'ITS entre espèces très éloignées, comme les humains et les grenouilles par exemple[1]. Il est toutefois utilisé avec succès pour des analyses phylogénétiques entre espèces voisines.

Exemple d'utilisation de l'Internal transcribed spacer: le cladogramme des espèces de Caenorhabditis

Caenorhabditis

Elegans

C. inopinata

C. sp. 35

Elegans

	C. briggsae

	C. nigoni

C. sinica

	C. latens

	C. remanei

	C. wallacei

	C. tropicalis

	C. brenneri

	C. doughertyi

C. elegans

Japonica

	C. nouraguensis

	C. yunquensis

C. macrosperma

	C. afra

	C. imperialis

C. japonica

C. kamaaina

Drosophilae

	C. drosophilae

	C. sp. 2

	C. angaria

	C. castelli

C. sp. 8

	C. portoensis

	C. virilis

C. guadeloupensis

	C. monodelphis

	C. plicata

Cladogramme des espèces de Caenorhabditis, basé sur la comparaison de séquences de l'"Internal transcribed spacer" selon Félix et al., 2014[2].

Historique

Michel Delseny, directeur de recherche émérite au CNRS et membre de l'Académie des sciences, a été le premier à rapporter la séquence de l'espaceur des gènes codant les ARN ribosomiques d'une dicotylédone en 1988 et à montrer les bases de l'hétérogénéité des gènes ribosomiques chez les plantes[3]^,[4].

Notes et références

(en) Masayuki Sumida, Yoji Kato et Atsushi Kurabayashi, « Sequencing and analysis of the internal transcribed spacers (ITSs) and coding regions in the EcoR I fragment of the ribosomal DNA of the Japanese pond frog Rana nigromaculata », Genes & Genetic Systems, vol. 79, n^o 2,‎ avril 2004, p. 105-118 (PMID 15215676, DOI 10.1266/ggs.79.105, lire en ligne)
(en) Félix, Marie-Anne; Braendle, Christian; Cutter, Asher D. (April 11, 2014). "A Streamlined System for Species Diagnosis in Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) with Name Designations for 15 Distinct Biological Species". PLOS ONE. 9: e94723. DOI:10.1371/journal.pone.0094723
M. Delseny et al., « Sequences heterogeneity in radish nuclear ribosomal RNA genes », Plant Sci. Letters,‎ (1983), 30, p. 107-111
D. Delcasso-Tremousaygue et al., « Structural and transcriptional characterization of the external spacer of a ribosomal RNA nuclear gene from a higher plant », Eur. J. Biochem.,‎ (1988), 172, p. 767-776

Liens externes

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[10.1266/ggs.79.105-1] (en) Masayuki Sumida, Yoji Kato et Atsushi Kurabayashi, « Sequencing and analysis of the internal transcribed spacers (ITSs) and coding regions in the EcoR I fragment of the ribosomal DNA of the Japanese pond frog Rana nigromaculata », Genes & Genetic Systems, vol. 79, n^o 2,‎ avril 2004, p. 105-118 (PMID 15215676, DOI 10.1266/ggs.79.105, lire en ligne)

[2] (en) Félix, Marie-Anne; Braendle, Christian; Cutter, Asher D. (April 11, 2014). "A Streamlined System for Species Diagnosis in Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) with Name Designations for 15 Distinct Biological Species". PLOS ONE. 9: e94723. DOI:10.1371/journal.pone.0094723

[:3-3] M. Delseny et al., « Sequences heterogeneity in radish nuclear ribosomal RNA genes », Plant Sci. Letters,‎ (1983), 30, p. 107-111

[4] D. Delcasso-Tremousaygue et al., « Structural and transcriptional characterization of the external spacer of a ribosomal RNA nuclear gene from a higher plant », Eur. J. Biochem.,‎ (1988), 172, p. 767-776