Paraphylie

Contrairement à la polyphylie, le groupe paraphylétique est fondé sur une similitude héritée d'un ancêtre commun (homologie). ^{[réf. souhaitée]} L'exclusion de certaines lignées nécessite de considérer les états ancestraux de certains caractères (encore appelé symplésiomorphie) par opposition à leurs états dérivés (ou synapomorphie) dans les lignées exclues.

Le groupe des reptiles en est un exemple : les crocodiliens sont généalogiquement plus proches des oiseaux (Aves) que des autres sauropsides (chéloniens, squamates et sphénodontiens). Cependant les crocodiliens sont inclus dans les reptiles avec les autres sauropsides cités, alors que les « oiseaux » en sont exclus. L'ancêtre commun le plus proche de tous les reptiles est également l'ancêtre commun le plus proche des oiseaux et des reptiles. Les reptiles ainsi définis sont donc paraphylétiques.

    Sauropsides
       ├─Chéloniens-------------------|
       │                              | 
       └─Diapsides--------------------|
           ├─Lépidosauriens-----------|
           │    ├─Squamates-----------|  « Reptiles »
           │    └─Sphénodontiens------|
           │                          | 
           └─Archosauriens            |
                ├─Crocodiliens--------|
                └─Oiseaux

Note : Les Crustacés, les amphibiens ou les poissons sont d'autres exemples de groupes paraphylétiques.

Le groupe traditionnel des reptiles est représenté en vert, c'est un groupe paraphylétique de degré deux.

En théorie des graphes, on peut définir le « degré de paraphylie » d'un groupe comme étant le nombre minimum de branches qu'il faudrait retirer à un groupe holophylétique[1]. Un groupe holophylétique a donc un degré de paraphylie de zéro.

La définition traditionnelle des reptiles (sauropsides + synapsides) en fait un groupe ayant un degré de paraphylie de 2, puisqu'il faut retirer au groupe des amniotes la branche des mammifères et celle des oiseaux.