Raoultella ornithinolytica

Raoultella ornithinolytica est une espèce bactérienne à Gram négatif du genre Raoultella, précédemment classée dans le genre Klebsiella sous le nom de Klebsiella ornithinolytica.

Raoultella ornithinolytica
Culture de Raoultella terrigena, espèce du même genre que Raoultella ornithinolytica[1]
Classification selon LPSN
Règne Bacteria
Embranchement Pseudomonadota
Classe Gamma Proteobacteria
Ordre Enterobacteriales
Famille Enterobacteriaceae
Genre Raoultella

Espèce

Raoultella ornithinolytica
(Sakazaki, 1989[2]) Drancourt, 2001[3]

Description

Les bactéries de l'espèce R. electrica sont des bacilles Gram négatif, anaérobies facultatives, non mobiles et ne sporulant pas[4]. Leur largeur est de 0,3 µm à 0,4 µm pour une longueur de 3,0 µm à 6,0 µm. Elles sont capables de croître sur gélose à une température optimale de 37 °C mais aussi à 41 °C. Contrairement à Klebsiella pneumoniae, elles sont capables de croître à 10 °C et à 5 °C. Ces bactéries sont positives au test Voges-Proskauer. Elles sont capables de produire de l'histamine contrairement aux bactéries des complexes K. pneumoniae et K. oxytoca[5].

Nomenclature et taxonomie

Initialement décrite comme bactérie du genre Klebsiella, elle a été reclassée dans le genre Raoultella en à la création de celui-ci[3],[6],[7]. Cette espèce a reçu l'épithète ornithinolytica (or.ni.thi.no.ly.ti.ca. N.L. neut. n. ornithinum, l'acide aminé ornithine; N.L. fem. adj. lytica, capable de dissoudre; de Gr. fem. adj. lytikê, capable de dissoudre; N.L. fem. adj. ornithinolytica, dissolvant l'ornithine) pour évoquer sa capacité à lyser l'ornithine. La souche type de cette espèce a été officiellement déposée dans les collections de cultures bactériennes sous les numéros ATCC 31898, CCUG 26769; CIP 103364; CIP 103576; DSM 7464; JCM 6096; NIH 90-72[8].

Des comparaisons phylogéniques entre les gènes codant l'ARNr 16s et rpoB de cette espèce et ceux d'autres espèces de Klebsiella ont suggéré une classification dans un nouveau genre, Raoultella[3]. Cette reclassification a été validée et adoptée[6]. D'autres comparaisons phylogéniques entre les gènes codant l'ARNr 16s, rpoB, gyrA et parC lors de la publication de R. electrica ont démontré l'appartenance de R. ornithinolytica au genre Raoultella et confirmé la classification de ce genre dans un cluster distinct des Klebsiella[9].

Drancourt et al. placent l'espèce dans le genre Raoultella lorsqu'ils décrivent celui-ci, sur la base des gènes de l'ARNr 16S et rpoB, en 2001[3],[10]. De nombreuses analyses phylogénétiques montrent par la suite que ce dernier genre est niché en plein milieu des Klebsiella et conduisent à proposer l'abandon de ce genre[10],[11],[12],[13]. Cependant d'autres analyses phylogénétiques dont celle de la base Genome Taxonomy Database[14], base intégrée avec le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology comme faisant autorité pour les génomes bactériens, concluent au maintien des Raoultella et à la présence de deux groupes génomiques distincts pour les Klebsiella[14],[15],[13]. Depuis, la LPSN, faisant autorité en nomenclature bactérienne, n'a pas retenu la nouvelle combinaison proposée et maintient le nom de Raoultella et celui de Raoultella ornithinolytica comme correct name[8],[16].

Habitat

Elle a été isolée à partir d'échantillons de sols et d'eaux[4]. Cette espèce a aussi été isolée à partir d'insectes, de poissons, de tiques et de termites[4].

Pathogénie

Cette espèce est reconnue comme une des Raoultella les plus retrouvées comme pathogènes chez les humains[5] notamment chez les individus avec des comorbidités[4].

Parmi les pathologies les plus communément causées par l'espèce R. ornithinolytica, on retrouve des infections gastro-intestinales et des infections hépatobiliaires[4].

Références
  1. Yu Wang, Xiawei Jiang, Zemin Xu, Chaoqun Ying, Wei Yu et Yonghong Xiao, « Identification of Raoultella terrigena as a Rare Causative Agent of Subungual Abscess Based on 16S rRNA and Housekeeping Gene Sequencing », Canadian Journal of Infectious Diseases and Medical Microbiology, vol. 2016,‎ (DOI 10.1155/2016/3879635)
  2. R. Sakazaki, K Tamura, Y Kosako et E. Yoshizaki, « Klebsiella ornithinolytica sp. nov., formerly known as ornithine-positive Klebsiella oxytoca. », Curr. Microbiol., vol. 18,‎ , p. 201-206 (DOI 10.1007/BF01570291)
  3. Drancourt, Bollet, C, Carta, A et Rousselier, P, « Phylogenetic analyses of Klebsiella species delineate Klebsiella and Raoultella gen. nov., with description of Raoultella ornithinolytica comb. nov., Raoultella terrigena comb. nov. and Raoultella planticola comb. nov. », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, vol. 51, no Pt 3,‎ , p. 925–32 (PMID 11411716, DOI 10.1099/00207713-51-3-925)
  4. (en) Roy Hajjar, Georges Ambaraghassi, Herawaty Sebajang, Frank Schwenter et Shih-Hann Su, « Raoultella ornithinolytica: Emergence and Resistance », Infection and Drug Resistance, Dovepress, vol. 13,‎ , p. 1091-1104 (PMID 32346300, DOI 10.2147/IDR.S191387)
  5. Tobias M. Appel, Natalia Quijano-Martínez, Elsa De La Cadena, María F. Mojica et María Virginia Villegas, « Microbiological and Clinical Aspects of Raoultella spp. », Fontriers in Public Health,‎ (DOI 10.3389/fpubh.2021.686789)
  6. J.P. Euzéby, « List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature – integrated into the DSMZ’s Prokaryotic Nomenclature Up-to-date (PNU) database », sur dsmz.de.
  7. Garrity et Lilburn 2007, p. 233.
  8. (en) « Species Raoultella ornithinolytica », sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le )
  9. Zen-ichiro Kimura, Kyung Mi Chung, Hiroaki Itoh, Akira Hiraishi, Satoshi Okabe et Leclerc, « Raoultella electrica sp. nov., isolated from anodic biofilms of a glucose-fed microbial fuel cell », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, vol. 64, no 4,‎ , p. 1384-1388 (DOI 10.1099/ijs.0.058826-0)
  10. (en) Corey M Hudson, Zachary W. Bent, Robert J. Meagher et Kelly P. Williams, « Resistance determinants and mobile genetic elements of an NDM-1-encoding Klebsiella pneumoniae strain », PLOS ONE, PLoS, vol. 9, no 6,‎ , e99209 (ISSN 1932-6203, OCLC 228234657, PMID 24905728, PMCID 4048246, DOI 10.1371/JOURNAL.PONE.0099209)
  11. (en) Harry Thorpe, Ross Booton, Teemu Kallonen, Marjorie J. Gibbon, Natacha Couto, Virginie Passet, Juan Sebastian Lopez Fernandez, Carla Rodrigues, Louise Matthews, Sonia Mitchell, Richard Reeve, Sophia David, Cristina Merla, Marta Corbella, Carolina Ferrari, Francesco Comandatore, Piero Marone, Sylvain Brisse, Davide Sassera, Jukka Corander et Edward J. Feil, « One Health or Three? Transmission modelling of Klebsiella isolates reveals ecological barriers to transmission between humans, animals and the environment », BioRxiv, Cold Spring Harbor, Cold Spring Harbor Laboratory (d),‎ (OCLC 872278079, DOI 10.1101/2021.08.05.455249)
  12. (en) Marjorie J Gibbon, Natacha Couto, Sophia David, Ruth Barden, Richard Standerwick, Kishore Jagadeesan, Hollie Birkwood, Punyawee Dulyayangkul, Matthew B Avison, Andrew Kannan, Dan Kibbey, Tim Craft, Samia Habib, Harry A Thorpe, Jukka Corander, Barbara Kasprzyk-Hordern et Edward J Feil, « A high prevalence of bla OXA-48 in Klebsiella (Raoultella) ornithinolytica and related species in hospital wastewater in South West England », Microbial genomics, Society for General Microbiology (d), vol. 7, no 3,‎ (ISSN 2057-5858, PMID 33416467, PMCID 8190614, DOI 10.1099/MGEN.0.000509)
  13. (en) Yuanyuan Ma, Xiuqin Wu, Shuying Li, Lie Tang, Mingyue Chen et Qianli An, « Proposal for reunification of the genus Raoultella with the genus Klebsiella and reclassification of Raoultella electrica as Klebsiella electrica comb. nov. », Research in Microbiology, Elsevier, vol. 172, no 6,‎ , p. 103851 (ISSN 0923-2508 et 1769-7123, DOI 10.1016/J.RESMIC.2021.103851).
  14. Donovan H Parks, Maria Chuvochina, David W Waite, Christian Rinke, Adam Skarshewski, Pierre-Alain Chaumeil et Philip Hugenholtz, « A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life », Nature Biotechnology, vol. 36, no 10,‎ , p. 996-1004 (DOI 10.1038/nbt.4229)
  15. « Taxonomy Tree (Enterobacteriaceae) - Release 06-RS202 », sur Genome Taxonomy DataBase (GTDB), (consulté le )
  16. (en) « Raoultella », sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le )

Bibliographie
  • Don J. Brenner, Noel R. Krieg, James T. Staley, George M. Garrity, David R. Boone, Paul De Vos, Michael Goodfellow, Fred A. Rainey et Karl-Heinz Schleifer, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2 : The Proteobacteria Part A Introductory Essays, Boston, Springer, , 304 p. (ISBN 9780387241432)
  • Don J. Brenner, Noel R. Krieg, James T. Staley, George M. Garrity, David R. Boone, Paul De Vos, Michael Goodfellow, Fred A. Rainey et Karl-Heinz Schleifer, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, vol. 2 : Part B The Gammaproteobacteria, Boston, Springer, , 304 p. (ISBN 9780387280226)
  • George M. Garrity (éditeur en chef), Timothy G. Lilburn, James R. Cole, Scott H. Harrison, Jean Euzéby et Brian J. Tindall, « Part 5 - The Bacteria: Phylum Proteobacteria, Class Gammaproteobacteria », dans Taxonomic Outline of Bacteria and Archaea, vol. 7, Michigan State University & NamesforLife, , 628 p. (lire en ligne [PDF]), p. 148-245

Liens externes

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