1832

• Müller, J. 1832. Beiträge zur Anatomie und Naturgeschichte der Amphibien. Zeitschrift für Physiologie 4: 190-275. BHL Reference page. 

1834

• Müller, J. Vergleichende Anatomie der Myxinoiden (1834–1843)

1837

• Müller, J. & Henle, F.G.J. 1837. Über die Gattungen der Haifische und Rochen nach einer ... mit Hrn. Henle unternommenen gemeinschaftlichen Arbeit über die Naturgeschichte der Knorpelfische. Bericht Akademie der Wissenschaften zu Berlin 1837: 111–118. BHL Reference page. 

1838

• Müller, J. & Henle, F.G.J. 1838. On the generic characters of cartilaginous fishes, with descriptions of new genera. Magazine of Natural History [E. Charlesworth, ed.] (n.s.) 2(7): 33–37; 88–91. Reference page. 
• Müller, J.P. & Henle, F.G.J. 1838–41. Systematische Beschreibung der Plagiostomen. Veit und Comp., Berlin. i–xxii + 1–200, 60 pls. [Pp. 1–28 published in 1838, reset pp. 27–28, 29–102 in 1839, i–xxii + 103–200 in 1841.] BHL Reference page. 

1840

• Müller, J.P. & Troschel, F.H. 1840. Ueber die Gattungen der Asterien. Archiv für Naturgeschichte 6: 318-326. BHL Reference page. 
• Müller, J.P. & Troschel, F.H. 1840. Ueber die Gattungen der Ophiuren. Archiv für Naturgeschichte 6: 326-330. BHL Reference page. 

1842

• Müller, J.P. & Troschel, F.H. 1842. System der Asteriden. Braunschweig, Friedrich Vieweg und Sohn. xxx+134 pp. 12 pls. BHL Reference page. 

1843

• Müller, J.P. 1843. Neue Beiträge zur Kenntnis der Arten der Comatulen. Archiv für Naturgeschichte. 9: 131–136. BHL Reference page. 

1844

• Müller, J.P. & Troschel, F.H. 1844. Einige Bemerkungen über die ... Familie der Cyprinodonten ... In: Bericht über die zur Bekanntmachung geeigneten Verhandlungen der Königl. Preuss. Akademie der Wissenschaften zu Berlin im Monat Februar. Monatsberichte der Königlichen Preuss[ischen] Akademie der Wissenschaften zu Berlin 1844: 35–36. Reference page. 
• Müller, J.P. & Troschel, F.H. 1844. Synopsis generum et specierum familiae Characinorum. (Prodromus descriptionis novorum generum et specierum). Archiv für Naturgeschichte 10(1): 81–99 + foldout table (opposite p. 99). BHL Reference page. 

1845

• Müller, J., 1845: Über den Bau und die Grenzen der Ganoiden, und über das natürliche System der Fische. Archiv für Naturgeschichte 11 (1): 91–141.

• Müller, J. & Troschel, F. H. 1845. Beschreibung und Abbildung neuer Fische. Die Familie der Characinen. Erstes und Zweites Heft. Horae Ichthyologicae Nos 1 & 2: 1–40, Pls. 1–11.Reference page. 

1849

• Müller, J. & Troschel, F. H. 1849. Fische (pp. 618–644). In: Reisen in Britisch-Guiana in den Jahren 1840–44. Im Auftrag Sr. Mäjestat des Königs von Preussen ausgeführt von Richard Schomburgk. [Versuch einer Zusammenstellung der Fauna und Flora von Britisch-Guiana.] 3. Berlin. DOI: 10.1017/CBO9780511782916Reference page. 
• Müller, J. & Troschel, F. H. 1849. Beschreibung und Abbildung neuer Fische. Horae Ichthyologicae No. 3: 1–27 + additional p. 24, Pls. 1–5.Reference page.