مصدر معلومات البروتين

مصدر معلومات البروتين الموجود في المركز الطبي بجامعة جورجتاون، هو مورد معلومات حيوية عام متكامل لدعم البحوث الجينومية والبروتينية، والدراسات العلمية، ويحتوي على قواعد بيانات البروتينات.[1][2][3][4][5][6][7]

تاريخ

تم تأسيس مصدر معلومات البروتين في عام 1984 من قبل المؤسسة الوطنية للبحوث الطبية الحيوية كمورد لمساعدة الباحثين والعلماء في تحديد وتفسير معلومات تسلسل البروتين. قبل ذلك، جمعت المؤسسة الوطنية للبحوث الطبية الحيوية أول مجموعة شاملة من تسلسلات الجزيئات الكبيرة في أطلس تسلسل البروتين وهيكله، التي تم نشرها من عام 1964 إلى عام 1974 تحت إشراف مارغريت دايهوف. كانت دايهوف ومجموعتها البحثية رائدة في تطوير الطرق التكنولوجية لمقارنة تسلسلات البروتينات، لاكتشاف التسلسلات والازدواجات ضمن التسلسلات، ومن أجل الاستدلال بالتواريخ التطورية من محاذاة سلاسل البروتين.

تولى وينونا باركر و روبرت ليدلي قيادة المشروع بعد وفاة دايهوف في عام 1983. في عام 1999، انضمت كاثي إتش إلى المؤسسة الوطنية للبحوث الطبية الحيوية، وبعد ذلك في المركز الطبي بجامعة جورجتاون لرئاسة جهود المعلوماتية الحيوية لمصدر معلومات البروتين، وعملت أولاً كباحثة رئيسية، ومنذ عام 2001، كمديرة.

على مدى أربعة عقود، قدم مصدر معلومات البروتين العديد من قواعد البيانات البروتينية وأدوات التحليل التي يمكن الوصول إليها مجانًا للمجتمع العلمي، بما في ذلك قاعدة بيانات تسلسل البروتين، أول قاعدة بيانات دولية، والتي انبثقت من أطلس تسلسل البروتينات والبنية.

في عام 2002، تم منح مصدر معلومات البروتين مع شركائها الدوليين، المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية و المعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية منحة من معاهد الصحة الوطنية الأمريكية لإنشاء يونيبروت، قاعدة بيانات عالمية واحدة لتسلسل البروتين ووظيفته، من خلال توحيد مصدر معلومات البروتين (قاعدة بيانات تسلسل بروتين). اعتبارًا من عام 2010، يوفر مصدر معلومات البروتين مجموعة متنوعة من الموارد الموجهة بشكل أساسي للمساعدة في نشر وتوحيد التعليقات التوضيحية للبروتين: نظام تصنيف الأسرة في مصدر معلومات البروتين، و قاعدة بيانات لعائلة البروتينات،[8] تدمج السطوح الفائقة لـمصدر معلومات البروتين وزخارف بروسايت، و أدب البروتين المتكامل والمعلومات والمعرفة.

علم وجود البروتين هي قاعدة بيانات شائعة أخرى نشرها مصدر معلومات البروتين.[9][10]

مراجع
  1. http://pir.georgetown.edu/ نسخة محفوظة 2014-03-12 على موقع واي باك مشين. Official website of PIR at Georgetown University.
  2. Wu, Cathy؛ Nebert, Daniel W. (2004)، "Update on genome completion and annotations: Protein Information Resource"، Human Genomics، 1 (3): 229–33، doi:10.1186/1479-7364-1-3-229، PMC 3525084، PMID 15588483.
  3. Wu, C. H. (2003)، "The Protein Information Resource"، Nucleic Acids Research، 31 (1): 345–347، doi:10.1093/nar/gkg040، PMC 165487، PMID 12520019.
  4. Wu, CH؛ Huang, H؛ Arminski, L؛ Castro-Alvear, J؛ Chen, Y؛ Hu, ZZ؛ Ledley, RS؛ Lewis, KC؛ Mewes, HW؛ Orcutt, BC؛ Suzek, BE؛ Tsugita, A؛ Vinayaka, CR؛ Yeh, LS؛ Zhang, J؛ Barker, WC (01 يناير 2002)، "The Protein Information Resource: an integrated public resource of functional annotation of proteins"، Nucleic Acids Research، 30 (1): 35–37، doi:10.1093/nar/30.1.35، ISSN 1362-4962، PMC 99125، PMID 11752247.
  5. Barker, W. C.؛ Garavelli, J. S.؛ Hou, Z.؛ Huang, H.؛ Ledley, R. S.؛ McGarvey, P. B.؛ Mewes, H. W.؛ Orcutt, B. C.؛ Pfeiffer, F.؛ Tsugita, A.؛ Vinayaka, C. R.؛ Xiao, C.؛ Yeh, L. S.؛ Wu, C. (2001)، "Protein Information Resource: A community resource for expert annotation of protein data"، Nucleic Acids Research، 29 (1): 29–32، doi:10.1093/nar/29.1.29، PMC 29802، PMID 11125041.
  6. Barker, W. C. (2000)، "The Protein Information Resource (PIR)"، Nucleic Acids Research، 28 (1): 41–44، doi:10.1093/nar/28.1.41، PMC 102418، PMID 10592177.
  7. George, D. G.؛ Dodson, R. J.؛ Garavelli, J. S.؛ Haft, D. H.؛ Hunt, L. T.؛ Marzec, C. R.؛ Orcutt, B. C.؛ Sidman, K. E.؛ Srinivasarao, G. Y.؛ Yeh, L.-S. L.؛ Arminski, L. M.؛ Ledley, R. S.؛ Tsugita, A.؛ Barker, W. C. (1997)، "The Protein Information Resource (PIR) and the PIR-International Protein Sequence Database"، Nucleic Acids Research، 25 (1): 24–27، doi:10.1093/nar/25.1.24، PMC 146415، PMID 9016497.
  8. Wu, C. H.؛ Nikolskaya, A.؛ Huang, H.؛ Yeh, L. S.؛ Natale, D. A.؛ Vinayaka, C. R.؛ Hu, Z. Z.؛ Mazumder, R.؛ Kumar, S.؛ Kourtesis, P.؛ Ledley, R. S.؛ Suzek, B. E.؛ Arminski, L.؛ Chen, Y.؛ Zhang, J.؛ Cardenas, J. L.؛ Chung, S.؛ Castro-Alvear, J.؛ Dinkov, G.؛ Barker, W. C. (2004)، "PIRSF: Family classification system at the Protein Information Resource"، Nucleic Acids Research، 32 (90001): 112D–114، doi:10.1093/nar/gkh097، PMC 308831، PMID 14681371.
  9. "GeorgeTown.edu - Protein Ontology"، مؤرشف من الأصل في 10 مارس 2011، اطلع عليه بتاريخ 04 ديسمبر 2017.
  10. Chicco, Davide؛ Masseroli, Marco (2019)، "Biological and Medical Ontologies: Protein Ontology (PRO)"، Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology، ص. 832–837، doi:10.1016/B978-0-12-809633-8.20396-8، ISBN 9780128114322.
  • بوابة علم الأحياء
  • بوابة علم الحاسوب
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.