Frente Islámico de Liberación Mora

Un militante del MILF sostiene una ametralladora M60 en 1999.

En 1976, después del fracaso de las negociaciones de Trípoli, un moro llamado Hashim Salamat, presionado por unos 50 ulemas, se separó del MNLF en 1977 y formó el MNLF-Comité Central que tenía el apoyo de los taung (el MNLF de Nur Misuari tenía el apoyo de los manguindanao y los tausung de Joló y era laico y parcialmente favorable a la autonomía). El MNLF se guiaba por los principios islámicos.

Nur Misuari, líder del MLNF, rechazó dirigir el gobierno provisional autónomo, y el entonces presidente filipino Ferdinand Marcos nombró un gobierno provisional que organizó el referéndum autonomista que los partidos moros boicotearon. Después del referéndum se crearon dos pequeñas regiones autónomas (una en Mindanao Occidental y Joló, y otra en Mindanao Central); se convocaron elecciones a las dos asambleas autónomas en 1979 y se pusieron en marcha gobiernos con poderes reducidos y baja legitimidad, que fueron poco efectivos y no resolvieron el problema.

En 1984 el MLNF-CC cambió su nombre para adoptar el que tuvieron durante toda su existencia: Frente Islámico de Liberación Mora.

En 1986 el presidente Marcos fue derrocado por una revuelta popular con el apoyo de una parte del Ejército filipino. En septiembre Misuari regresó a Filipinas, se entrevistó con la nueva presidenta Corazón Aquino en Joló y llegó a un acuerdo para negociar en Yida (Arabia Saudí) bajo los auspicios de la Organización para la Cooperación Islámica (OIC). Estas negociaciones, sin mucho éxito, duraron hasta 1987 y mientras una nueva Constitución estableció provisiones para el establecimiento de una zona autónoma en el sur de Filipinas y en la región de La Cordillera, al norte.

Finalmente se estableció la Región Autónoma del Mindanao Musulmán y en las elecciones de febrero de 1990 para el ejecutivo de la Asamblea Autónoma triunfó el candidato gubernamental Zacarías Candao (miembro del MNLF de Misuari). Un referéndum sobre la autonomía en 13 provincias (el MLNF reclamaba 23) fue rechazado, ya que debido a la fuerte emigración, los musulmanes (que en 1903 eran el 73% de la población) solamente formaban ahora el 28% de los habitantes del sur y todavía sigue desciendo, y el voto favorable solamente ganó en 4 provincias y no limítrofes entre sí: Lanao del Sur, Manguindanao, Tawi-Tawi y Joló, que finalmente fueron las que formaron la región autónoma.

En octubre de ese año se transfirieron a la RAMM algunas competencias. Misuari continuaba en Arabia Saudí; la paz formal no se firmó hasta noviembre de 1993 y los últimos rebeldes de su grupo no entregaron las armas hasta 1994 (estaban dirigidos por Abu Sayyaf, alias de Abdurajak Abubakar Janjalani) que solamente un año después creó su propio grupo: el Frente de Liberación Nacional Moro-Consejo de Comando Islámico.

El presidente Fidel Ramos negoció con el MNLF en Trípoli (Libia) y en diciembre de 1995 se firmó otro acuerdo, ya que el Gobierno filipino buscaba el apoyo de este grupo, pero al mismo tiempo hubo enfrentamientos con la milicia cristiana Ituman, ya que los cristianos del sur quedaban incluidos en la "Special Zone of Peace and Development" (SZOPAD). En 1996 el MLNF se alió con el grupo cristiano Ilaga para promover el desarrollo en el sur de Filipinas pero el MILF no participaba de estas iniciativas y la lucha era cada vez más sangrienta. La Corte Suprema filipina desafió los acuerdos a los cuales el presidente había llegado, que se convirtieron casi en papel mojado.

En 1996 se estableció el "Southern Philippines Council for Peace and Development" (SPCPD), órgano del que la dirección quedó en manos del MNLF, pero que el MILF no aceptó los acuerdos de paz que establecían la región autónoma sobre 13 provincias después de un referéndum y la integración de 7500 de sus combatientes en el Ejército filipino, y anunció que se mantendría en guerra. Con la desmovilización del MNLF, cerca de 20.000 combatientes quedaron bajo control de los comandantes del MILF.

En agosto de 1996 Nur Misuari y el presidente Ramos se entrevistaron como paso previo a la firma definitiva de la paz que fue firmada solemnemente en Manila el 1 de septiembre de ese mismo año. El mismo día, Misuari fue elegido gobernador de la RAMM (era el único candidato) y tomó posesión del cargo el 20 de septiembre El 22 de octubre asumió también la dirección del SPCPD.

El MILF firmó un acuerdo de alto el fuego en enero de 1997. En esta época unos 2.000 combatientes más del MNLF pasaron al MILF.

En diciembre de 1998 Jalanjani, líder de Abu Sayyaf, fue abatido en combate en Basilan. Al cabo de un año se habían registrado 126 violaciones del alto el fuego por parte del MILF, según el Gobierno filipino, o del Gobierno filipino según el MILF.

En 1999 se celebraron conversaciones entre el MILF y el Gobierno filipino ahora dirigido por Joseph Estrada, pero después de algunos ataques contra comunidades cristianas en el año 2000, las conversaciones se interrumpieron. En marzo de 1999 se habían de celebrar elecciones para el ejecutivo de la RAMM pero fueron pospuestas por la situación de violencia. Circularon noticias sobre un acuerdo entre el MILF y el comunista Frente Nacional Democrático. Misuari se entrevistó con Hashim Salamat, jefe del MILF, en la región selvática de Abubakar, pero sin ningún resultado concreto. Las violaciones del alto el fuego continuaron.

En agosto de 2001 se celebró un referéndum para expandir la RAMM pero de las 15 provincias y 9 ciudades consultadas (cubiertas por la SZOPAD) solamente 5 provincias y 1 ciudad votaron a favor. Cuando poco después se hicieron las elecciones, Misuari fue desplazado por el candidato de la nueva presidenta Gloria Macapagal-Arroyo; Misuari volvió a las armas e inició ataques a las tropas del gobierno antes de huir a Malasia, pero allí fue arrestado y extraditado a Filipinas, donde fue encarcelado.

La lucha continuó intermitentemente (incluido un ataque al ejército de Abubakar); en marzo de 2007 el Gobierno filipino ofreció a los moros el derecho a la autodeterminación y las negociaciones continúan.