Variantes de SARS-CoV-2

El coronavirus de tipo 2 causante del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2), el virus que causa la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), posee múltiples variantes notables que corresponden a alteraciones puntuales a nivel de sus diferentes proteínas virales con aparente importancia particular. Las mutaciones o cambios en el ARN viral son detectables a través de la secuenciación genómica completa. Se cree que la secuencia WIV04/2019 fue la primera en infectar a los humanos, y es conocida como "secuencia cero".[2]

SARS-CoV-2

Micrografía electrónica de transmisión de viriones de SARS-CoV-2, aislados desde un paciente. Imagen coloreada, para resaltar los virus.

Imagen generada por ordenador de un virión del SARS-CoV-2

     Envoltura vírica, compuesta por lípidos      Proteína S o espícula viral      Proteína E o de la envoltura      Proteína M o de la membrana

     Glucosa
Taxonomía
Dominio: Riboviria
Reino: Orthornavirae
Filo: Pisuviricota
Clase: Pisoniviricetes
Orden: Nidovirales
Suborden: Cornidovirineae
Familia: Coronaviridae
Subfamilia: Orthocoronavirinae
Género: Betacoronavirus
Subgénero: Sarbecovirus
Especie: Coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio agudo grave
Subespecie: Coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo grave[1]
Clasificación de Baltimore
Grupo: IV (Virus ARN monocatenario positivo)
Clasificación de Baltimore
Sinonimia
  • 2019-nCoV (2019 Novel Coronavirus)

Miles de genomas de SARS-CoV-2 muestreados a nivel mundial están disponibles de forma pública.[3]

Nomenclaturas
Tabla de Correspondencias de las Nomenclaturas de SARS-CoV-2[nota 1]
Sublinajes de Rambaut et al. Notas (Rambaut et al.)[4] Clados de Nextstrain Clados de GISAID Variantes o mutaciones notables
A.1–A.6 19B S
B.3–B.7, B.9, B.10, B.13–B.16 19A L
O[nota 2]
B.2 V
B.1 B.1.5–B.1.72 20A G El linaje B.1 incluye a las variantes con la mutación D614G
B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37 GH
B.1.3–B.1.66 20C Incluye 501.V2 alias 20C/501Y.V2 o linaje B.1.351
B.1.1 20B GR Incluye VOC-202012/01 alias 20B/501Y.V1 o linaje B.1.1.7, B.1.1.207 y B.1.1.284
B.1.177 20A.EU1[5] GV[nota 2]

Si bien hay muchos miles de variantes de SARS-CoV-2,[7] también hay agrupaciones mucho más grandes llamados clados. Se han propuesto varias nomenclaturas para los diferentes clados del SARS-CoV-2, pero no se ha aceptado universalmente ninguna nomenclature para los linajes evolucionarios de SARS-CoV-2,[8] pero a enero de 2021, la OMS está trabajando en un "estándar de nomenclatura para las variantes de [SARS-CoV-2] que no haga referencia la localización geográfica".[9]

Si bien hay muchos miles de variantes del SARS-CoV-2,[10] los subtipos del virus pueden ser puestos en agrupaciones mucho más grandes como linajes o clados. Se han propuesto varias nomenclaturas diferentes para estos subtipos.

  • Hasta diciembre de 2020, GISAID—refiriéndose al SARS-CoV-2 como hCoV-19[11]— identificó siete clados (O, S, L, V, G, GH y GR).[12][13]
  • También hasta diciembre de 2020, Nextstrain identificó cinco (19A, 19B, 20A, 20B, and 20C).[14]
  • En un artículo de la edición de noviembre de 2020 de la International Journal of Infectious Diseases, Guan et al. identificaron cinco clados globales (G614, S84, V251, I378 and D392).[15]
  • Rambaut et al. propusieron que se empleen los linajes para los subtipos de SARS-CoV-2 en un artículo de 2020 en Nature Microbiology;[16] Hasta diciembre de 2020, se han identificado dos linajes raíz (A y B) de los que descienden otros con evidencia filogenética a los que se les asigna un valor numérico (ej. linajes A.1 o B.2), estableciéndose en conjunto cinco linajes principales (A, B, B.1, B.1.1 y B.1.177).[17] A principios de 2020, B.1 es el linajes gobal predominantemente conocido y ha sido subdividido en más de 70 sublinajes.

Un linaje activo es aquel que se ha documentado en el último mes y uno inactivo es el que no ha sido visto durante más de tres meses.

Nueva nomenclatura de la OMS

A partir del 31 de mayo del 2021 se decide utilizar el alfabeto griego para denominar a las variantes de COVID19, uno de los argumentos es desestigmatizar el vínculo de la variante con el país en donde se descubrió.[18]

La aparición de variantes que suponían un mayor riesgo para la salud pública mundial, a finales de 2020, hizo que se empezaran a utilizar las categorías específicas, con el fin de priorizar el seguimiento y la investigación a escala mundial y, en última instancia, orientar la respuesta a la pandemia de COVID-19.[19]

Nu y Xi

La Organización Mundial de la Salud decidió omitir el uso de la letra griega Nu para nombrar a alguna variante debido a que su pronunciación asemeja a la palabra en inglés new, (en español: nuevo), lo que podría causar que la variante sea confundida con un virus totalmente nuevo. Adicionalmente también omitió el uso de la letra griega Xi porque puede ser interpretada como el apellido del dirigente chino Xi Jinping.[20]

Variantes de gran consecuencia

(VHC, por sus siglas en inglés).

Variantes de preocupación

Las variantes preocupantes (VOC, por sus siglas en inglés) son aquellas que cumplen con los criterios para ser definidas como variantes de interés, pero que, tras una evaluación comparativa, se ha demostrado que está asociada a uno o más de los siguientes cambios en un grado que resulte significativo para la salud pública mundial:

  • Aumento de la transmisibilidad o cambio perjudicial en la epidemiología de la COVID-19
  • Aumento de la virulencia o cambio en la presentación clínica de la enfermedad
  • Disminución de la eficacia de las medidas sociales y de salud pública o de los medios de diagnóstico, las vacunas y los tratamientos disponibles.

Alfa (linaje B.1.1.7)

La VUI-202012/01|Variante de Preocupación 202012/01 (VOC-202012/01),[21] previamente conocida como la primera Variante En Investigación en Diciembre de 2020 (VUI – 202012/01)[22] y también como linaje B.1.1.7 ó 20B/501Y.V1,[4][23][24] y comúnmente como Variante británica ,se detectó por primera vez en octubre de 2020 durante la pandemia de COVID-19 en el Reino Unido a partir de una muestra tomada el mes anterior.[25] Desde ese entonces, sus odds de prevalencia se han duplicado cada 6.5 días, el presunto intervalo generacional —tiempo mínimo para generar descendencia—.[26][27] Este se correlaciona con un aumento significativo en la tasa de infección por COVID-19 en el Reino Unido, asociado en parte con la mutación N501Y.

Beta (linaje B.1.351)

La variante 501.V2, también conocida como linaje 501Y.V2,[23] 20C/501Y.V2 ó B.1.351, fue detectada por primera vez en Sudáfrica y notificada por el Departamento de Salud de Sudáfrica el 18 de diciembre de 2020.[28] Los investigadores y funcionarios informaron que la prevalencia de la variante era mayor entre los jóvenes sin condiciones de salud subyacentes y, en comparación con otras variantes, conlleva de manera más frecuente a enfermedad grave en esos casos.[29][30] El Departamento de Salud de dicho país también puntualizó que la variante puede estar impulsando la segunda ola de la pandemia de COVID-19 en el país debido a que se propaga a un ritmo más rápido que otras variantes anteriores del virus.[28][29]

Los científicos observaron que la variante posee varias mutaciones que le permiten unirse más fácilmente a las células humanas debido a las siguientes tres mutaciones en el dominio de unión al receptor (RBD) en la glicoproteína de la espícula viral (spike): N501Y,[28][31] K417N y E484K.[32][33] También se ha detectado la mutación N501Y en el Reino Unido.[28][34]

Gamma (linaje P.1)

El linaje B.1.1.248, o variante P1[35] o brasileña,[36] fue detectado en Tokio el 6 de enero de 2021 por el Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (NIID) y se encontró en cuatro personas que llegaron a Tokio tras viajar desde el estado de Amazonas el 2 de enero de 2021.[37] La Fundación Oswaldo Cruz —una institución estatal brasileña—, ha confirmado la suposición de que la variante estaba circulando en la selva amazónica.[38]

Esta variante de SARS-CoV-2 tiene 12 mutaciones en su proteína spike, incluidas N501Y y E484K.[39]

Delta (linaje B.1.617.1 y subvariantes)

El linaje B.1.617, también conocida como VUI (Variant Under Investigation)-21APR-01,[40] fue inicialmente identificada en la India el 5 de octubre del 2020 (de acuerdo a Professor Sharon Peacock, PhD, CBE, FMedSci, Director of the COVID-19 Genomics UK Consortium),[41] y es una variante con doble mutación.[42][43][44]

En 2021 se descubrieron las subvariantes AY.1, AY.4 y AY.4.2.

Ómicron (linaje B.1.1.529 y subvariantes)

La variante Ómicron, también conocida como linaje B.1.1.529, surgió muy probablemente en Botsuana y se detectó por primera vez en Sudáfrica en noviembre de 2021 y la OMS la designó como variante de preocupación el 26 de noviembre de 2021.

En Australia fue detectada en diciembre de 2021 la subvariante BA.2 , se cree que pudo haber surgido en China o la India, ya que se encontraron muestras que no fueron detectadas debido a las mutaciones que complicarían su detección.

Durante el año 2022 y 2023, se dio el surgimiento de múltiples subvariantes híbridas de ómicron, una de las de mayor importancia es XE.

Variantes de interés

Son consideradas variantes de interés (VOI, por sus siglas en inglés) aquellas que presentan cambios en el genoma que, según se ha demostrado o se prevé, afectan a características del virus como su transmisibilidad, la gravedad de la enfermedad que causa y su capacidad para escapar a la acción del sistema inmunitario, ser detectado por medios diagnósticos o ser atacado por medicamentos; y según se ha comprobado, dan lugar a una transmisión significativa en medio extrahospitalario o causan varios conglomerados de COVID-19 en distintos países, con una prevalencia relativa creciente y ocasionando números cada vez mayores de casos con el tiempo, o bien que presentan, aparentemente, otras características que indiquen que pueden entrañar un nuevo riesgo para la salud pública mundial.

Cluster 5

El Cluster 5, también denominado ΔFVI-spike por el Instituto Serológico Estatal Danés (SSI),[45] fue descubierto en el norte de Jutlandia en Dinamarca y se cree que se transmitió de visones a humanos a través de granjas de visones. El 4 de noviembre de 2020, se anunció que la población de visones en Dinamarca sería sacrificada para prevenir la posible propagación de esta mutación y reducir el riesgo de que ocurran nuevas mutaciones. Se implementaron restricciones de viaje y cuarentena en siete municipios del norte de Jutlandia para prevenir la posible propagación de esta mutación, lo que pudo haber comprometido las respuestas nacionales o internacionales a la pandemia de COVID-19. Para el 5 de noviembre de 2020, se habían detectado unos 214 casos humanos relacionados con el visón.[46]

La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha indicado que el clúster 5 posee una "sensibilidad moderadamente disminuida a los anticuerpos neutralizantes".[47] El SSI advirtió que la mutación podría reducir el efecto de las vacunas COVID-19 en desarrollo, aunque era muy poco probable que las vuelva ineficaces. En consecuencia a la cuarentena y la aplicación de pruebas masivas, el SSI anunció el 19 de noviembre de 2020 que era muy probable que el Cluster 5 se hubiera extinguido por completo, por lo que ya no es de interés.[48]

Épsilon (linaje B.1.427 / B.1.429)

Denominada como Épsilon.

Zeta (linaje P.2 )

Denominada como Zeta.

Eta (linaje B.1.525 )

Denominada como Eta.

Theta (linaje P.3 )

Denominada como Theta.

Iota (linaje B.1.526 )

Denominada como Iota.

Kappa (linaje B.1.617.1 )

Denominada como Kappa.

Lambda (linaje C.37)

La variante Lambda, también conocida como linaje C.37, se detectó por primera vez en Perú en agosto de 2020 y fue designada por la OMS como una variante de interés el 14 de junio de 2021. Se extendió a al menos 30 países alrededor el mundo y, a partir de julio de 2021, se desconoce si es más infecciosa y resistente a las vacunas que otras cepas.

Mu (linaje B.1.621)

La variante Mu, también conocida como linaje B.1.621, se detectó por primera vez en Colombia en enero de 2021 y la OMS la designó como variante de interés el 30 de agosto de 2021. Ha habido brotes en América y Europa.

Variantes bajo seguimiento

Por sus siglas en inglés (VUM), son variantes a las que se les monitoreo de cerca, pero que por el poco peligro que representaban no se les asignó una letra griega.

Linaje B.1.1.207

La secuenciación realizada por el Centro Africano de Excelencia para la Genómica de Enfermedades Infecciosas en Nigeria descubrió una variante con la mutación P681H, compartida en común con VOC-202012/01. Secuenciada por primera vez en agosto de 2020,[49] las implicaciones para la transmisión y la virulencia no están claras, pero ha sido catalogada como una variante emergente por los Centros para el Control de Enfermedades de EE. UU.[50] No comparte otras mutaciones con VOC-202012/01 y para finales de diciembre de 2020, esta variante representó alrededor del 1% de los genomas virales secuenciados en Nigeria.[49]

Sumario
Esta sección es un extracto de Anexo:Linajes y subvariantes del SARS-CoV-2.[editar]
A continuación se muestra un sumario de variantes que son monitoreadas por la OMS en tiempo real, y también el historial de variantes con importancia anteriormente en circulación[51].
Esta sección es un extracto de Anexo:Linajes y subvariantes del SARS-CoV-2 § Variantes preocupantes (VOC) del 2019 al 2023.[editar]

Variante preocupante (o VOC, por sus siglas en inglés) para el SARS-CoV-2 (que causa el COVID-19) es una categoría utilizada para las variantes del virus donde las mutaciones en su receptor RBD (Receptor Binding Domain) de la proteína de la espícula aumentan sustancialmente la afinidad de unión en el complejo RBD-hACE2, y que se relacionan con una rápida propagación de los contagios entre humanos[52]. Actualmente no hay variantes consideradas de preocupación por la OMS[53].

Descubrimiento Categoría máxima alcanzada Denominaciones Linaje Cambios Notas y referencias
Posible origen Primera detección Muestra más temprana documentada Denominación de la OMS Denominaciones científicas Denominaciones populares Mutaciones notables Transmisibilidad Severidad Inmunogenicidad Antigenicidad
Bandera del Reino Unido Kent, Inglaterra, Reino Unido Bandera del Reino Unido Reino Unido Octubre de 2020 VOC Alfa α B.1.1.7 / 20B / 501Y.V1 / GR Británica B.1 N501Y 69–70del P681H Yes Entre un 45% y un 90% más contagiosa Yes Entre un 30% y un 104% más mortal que la versión de Wuhan No Reducción del escape poco significativa No Sin evidencia [54]
Bandera de Sudáfrica Nelson Mandela Bay, Provincia del Cabo Oriental, Sudáfrica Bandera de Sudáfrica Sudáfrica Diciembre de 2020 VOC Beta ϐ B.1.351 / 501.V2 / 20C / 501Y.V2 / GH Sudafricana B.1 N501Y
K417N
E484K		 Yes Entre un 20 y un 50% más contagiosa Sin evidencia contundente Yes Evidencia de mayor escape inmunológico Evidencia de ser menos detectable [54]
Bandera de Brasil Manaos, Amazonas, Brasil Bandera de Japón Tokio, Japón Enero 2021 VOC Gamma γ B.1.1.248 Brasileña / Amazónica B.1 N501Y
E484K		 Evidencia de una mayor transmisibilidad Yes Evidencia de una mayor mortalidad Yes Evidencia de mayor escape inmunológico Evidencia de ser menos detectable [54]
Bandera de la India Maharashtra, India Bandera de la India India Octubre de 2020 VOC Delta δ B.1.617.2 India B.1.617 E484Q
L425R		 Yes Evidencia de una mayor transmisibilidad en comparación con las anteriores variantes Yes Evidencia de una mayor mortalidad Yes Evidencia de mayor escape inmunológico Yes Mayor propensión a mutaciones y menos detectable [54]
Bandera de las Naciones Unidas Varios países Bandera de las Naciones Unidas Varios países Mayo de 2021 VOC Delta plus δ+ AY Plus B.1.617.2 E484Q
L425R		 Yes Evidencia de una mayor transmisibilidad Sin evidencia contundente Yes Evidencia de mayor escape inmunológico Yes Mayor propensión a mutaciones y menos detectable [55]
Bandera de Botsuana Botsuana Bandera de Sudáfrica Gauteng, Sudáfrica Noviembre de 2021 VOC Ómicron ο B.1.1.529 Botsuanesa B.1 R346K, L452X, F486V Yes Transmisibilidad muy superior a las anteriores variantes Sin evidencia contudente Yes Mayor escape inmunológico Yes Mayor propensión a mutaciones y menos detectable [56]

Linajes ómicron
Descubrimiento Categoría máxima alcanzada Denominaciones Linaje Cambios Notas y referencias
Posible origen Primera detección Muestra más temprana Denominaciones científicas Denominaciones populares Mutaciones notables Transmisibilidad Severidad Inmunogenicidad Antigenicidad
Bandera de la India India Bandera de Dinamarca Dinamarca Diciembre de 2021 VOC BA.2 / B.1.1.529.2 Sigilosa / Furtiva B.1.1.529 T19I, L24del, P25del, P26del, A27S, V2113G, T376A, R3408S Yes Incremento de la transmisibilidad Yes Incremento de la severidad Yes Incremento del escape inmunitario Yes Superior propensión a mutaciones y menos detectable [57]
Bandera de Sudáfrica Sudáfrica Bandera de Estados Unidos Nueva Jersey, Estados Unidos Diciembre de 2021 VOC BA.3 / B.1.1.529.3 B.1.1.529 R3408S Sin evidencia contudente de la reducción de la transmisibilidad No Sin evidencia No Sin evidencia No Sin evidencia [57]
Bandera de Sudáfrica Sudáfrica Bandera de Sudáfrica Sudáfrica Enero de 2022 VOC BA.4 / B.1.1.529.4 Variantes bestia B.1.1.529 L452R, F486V Yes Incremento de la transmisibilidad Sin evidencia contudente Yes Incremento del escape inmunitario Yes Menos detectable [57]
Bandera de Sudáfrica Sudáfrica Bandera de Sudáfrica Sudáfrica Febrero de 2022 VOC BA.5 / B.1.1.529.5 B.1.1.529 L452R, F486V Yes Incremento de la transmisibilidad Sin evidencia contudente Yes Incremento del escape inmunitario Yes Superior propensión a mutaciones y menos detectable [57]
Esta sección es un extracto de Anexo:Linajes y subvariantes del SARS-CoV-2 § Variantes de interés (VOI) del 2019 al 2023.[editar]

Una variante emergente puede haber sido etiquetada como "variante de interés".[58] Durante o después de una evaluación más completa como una "variante de interés", la variante generalmente se asigna a un linaje en el sistema de nomenclatura PANGOLIN[59] y a clados en los sistemas Nextstrain[60] y GISAID.[61] Tras una actualización de criterios de clasificación de la OMS, ya no se asignan letras griegas para las variantes de interés.

Descubrimiento Categoría máxima alcanzada Denominaciones Linaje Cambios Notas y referencias
Posible origen Primera detección Muestra más temprana documentada Denominación de la OMS Denominaciones científicas Denominaciones populares Mutaciones notables Transmisibilidad Severidad Inmunogenicidad Antigenicidad
Bandera de Estados Unidos Estados Unidos Bandera de Estados Unidos Los Ángeles, California, Estados Unidos Marzo de 2020 VOI Épsilon ε B.1.427 / B.1.429 Californiana B.1 L452R, S13I,

W152C¨

 Yes 20% más transmisible que virus original Sin evidencia de cambio Yes Reduciría 2-3.5 potencia neutralizadora de anticuerpos inducidos por vacunas ARN, propensión a reinfecciones Sin evidencia de ser menos detectable [54]
Bandera de Brasil Río de Janeiro, Brasil Bandera de Brasil Brasil Abril de 2020 VOI Zeta ζ P.2 Carioca P E484K,

D614G, V1176F

 No Sin evidencia de mayor transmisibilidad en comparación a otras variantes No Sin evidencia de cambio Yes Escape a la respuesta inmune frente a variantes previas No Sin evidencia de cambio [54]
Bandera de Nigeria Nigeria Bandera del Reino Unido Reino Unido Diciembre de 2020 VOI Eta η B.1.525 Nigeriana B.1 E484K

F888L

 Sin evidencia contundente Sin evidencia contundente Sin evidencia contundente Sin evidencia contundente [54]
Bandera de Filipinas Filipinas Bandera de Filipinas Bisayas Centrales, Filipinas Enero 2021 VOI Theta θ P.3 Filipina P E484K, N501Y, D614G, P681H,

E1092K, H1101Y, V1176F, K2Q

 No Sin evidencia de cambio No Sin evidencia de cambio Yes Más resistente a los anticuerpos neutralizantes No Sin evidencia de cambio [54]
Bandera de Estados Unidos Estados Unidos Bandera de Estados Unidos Nueva York, Estados Unidos Noviembre de 2020 VOI Iota ι B.1.526 Neoyorkina B.1 E484K,

S477N

 Yes Ligeramente más transmisible Sin evidencia contundente Yes Mayor escape inmunitario Yes Menos detectable [54]
Bandera de Pakistán Pakistán Bandera de la India India Octubre de 2020 VOI Kappa κ B.1.617.1 Pakistaní B.1.617 E484Q
L425R		 Yes Mayor transmisibilidad Sin evidencia de una mayor mortalidad Yes Evidencia de escape inmunológico Sin evidencia contudente [54]
Bandera de Perú Lambayeque, Perú Bandera de Perú Perú Diciembre de 2020 VOI Lambda λ C.37 Peruana / Andina C G75V, T76I, Δ246-252, L452Q, F490S, D614G, T859N Yes Moderadamente más transmisible Sin evidencia contudente Yes Mayor escape inmunológico Sin evidencia contudente [54]
Bandera de Brasil Brasil Bandera de Colombia Colombia Enero 2021 VOI Mu μ B.1.621 Colombiana B.1 T95I, Y144S, Y145N, R346K, E484K, N501Y, D614G, P681H, D950N, Y144S, Y145N, 256I, N257Q, P258, T95I, Y144S, Y145N, R346K, E484K, N501Y, D614G, P681H, D950N Yes Moderadamente más transmisible Sin evidencia contudente Yes Mayor escape inmunológico Sin evidencia contudente [54]

Mutaciones notables

D614G

D614G es una mutación con cambio de sentido que afecta la proteína de la espícula del SARS-CoV-2, detectada en Malasia.[62][63] La frecuencia de esta mutación en la población viral ha aumentado durante la pandemia. La G (glicina) ha reemplazado al D (ácido aspártico) en muchos países, especialmente en Europa, aunque más lentamente en China y el resto de Asia oriental, lo que respalda la hipótesis de que G aumenta la tasa de transmisión, lo que es consistente con títulos virales e infectividad más altos in vitro.[2] En julio de 2020, se informó que la variante SARS-CoV-2 DG14G se había convertido en la forma dominante (y por ende, más infecciosa) en ese momento de la pandemia.[64][65][66][67] La agencia de Salud Pública de Inglaterra confirmó que la mutación D614G tenía un "efecto moderado sobre la transmisibilidad" y se estaba rastreando internacionalmente.[68]

La prevalencia global de D614G se correlaciona con la prevalencia de pérdida del olfato (anosmia) como síntoma de COVID-19, posiblemente mediada por una mayor unión de la variante G al receptor ACE2 o una mayor estabilidad proteica y, por tanto, una mayor infectividad del epitelio olfativo.[69]

Las variantes que contienen la mutación G se consideran parte del clado G por GISAID[2] y parte del clado B.1 por la herramienta Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages (PANGOLIN).[70]

E484K

Se ha informado que E484K es una "mutación de escape" (es decir, una mutación que mejora la capacidad de un virus para evadir el sistema inmunológico del huésped ) de al menos una forma de anticuerpo monoclonal contra SARS-CoV-2, lo que indica que puede haber un "posible cambio en la antigenicidad".[36] B.1.1.248 (Brasil/Japón) y 501.V2 (Sudáfrica) exhiben esta mutación.[36] El nombre de la mutación, E484K, se refiere a un intercambio mediante el cual el ácido glutámico (E) se reemplaza por lisina (K) en la posición 484.[71]

N501Y

N501Y denota un cambio de asparagina (N) a tirosina (Y) en la posición del aminoácido 501,[68] la agencia de Salud Pública de Inglaterra asume que ello aumenta la afinidad de unión debido a su posición en el dominio de unión al receptor de la glicoproteína espicular, que se une a la ACE2 en las células humanas;[72] los datos también apoyan la hipótesis de una mayor afinidad de unión a partir de este cambio.[72] Las variantes con N501Y incluyen a B.1.1.248 (Brasil/Japón),[36] Variante de Preocupación 202012/01 (Reino Unido), 501.V2 (Sudáfrica) y una variante de Columbus, Ohio, que se convirtió en la forma dominante del virus en Columbus a finales de diciembre de 2020 y en enero de 2021. Esta última se denominó COH.20G/501Y y parece haber evolucionado independientemente de otras variantes.[73][74]

S477G/N

Una región altamente flexible en el dominio de unión al receptor (RBD) del SARS-CoV-2, comenzando desde el residuo 475 y continuando hasta el residuo 485, se identificó utilizando métodos bioinformáticos y estadísticos en varios estudios. La Universidad de Graz[75] y la empresa de biotecnología Innophore[76] han demostrado en una publicación reciente que, estructuralmente, la posición S477 muestra la mayor flexibilidad entre ellas. [ Al mismo tiempo, S477 es hasta ahora el residuo de aminoácido intercambiado con mayor frecuencia en los RBD de mutantes de SARS-CoV-2. Mediante el uso de simulaciones de dinámica molecular de RBD durante el proceso de unión a ACE2, se ha demostrado que tanto S477G como S477N fortalecen la unión del pico de SARS-CoV-2 con el receptor ACE2. El desarrollador de vacunas BioNTech hizo referencia a este intercambio de aminoácidos como relevante con respecto al diseño futuro de la vacuna en una preimpresión publicada en febrero de 2021.

P681H

En enero de 2021, los científicos informaron en una preimpresión que la mutación 'P681H', un rasgo característico de las nuevas variantes significativas del SARS-CoV-2 detectadas en el Reino Unido (B.1.1.7) y Nigeria (B.1.1.207), muestra un aumento exponencial significativo en la frecuencia mundial, similar al 'D614G' que ahora prevalece en todo el mundo.

Estadísticas

Por variante o subvariante (Actualizado a abril de 2022)
# Denominación Categoría máxima alcanzada Muestra más temprana Casos confirmados Casos diarios
1 Bandera de Botsuana Bandera de Sudáfrica Ómicron VOC Noviembre 2021 5 230 564 100 secuencias
2 Bandera de la India Delta VOC Octubre 2020 2 235 532 33,078,890 secuencias
3 Bandera del Reino Unido Alfa VOC Octubre 2020 1 125 169 1,405 secuencias
4 Bandera de las Naciones Unidas Subvariantes ómicron VOC Diciembre 2021 274 069 0 secuencias
5 Bandera de Brasil Bandera de Japón Gamma VOC Enero 2021 110 285 2,846 secuencias
6 Bandera de Estados Unidos Épsilon VUM Marzo 2020 60 789 34 secuencias
7 Bandera de Estados Unidos Iota VUM Noviembre 2020 42 298 1 secuencia
8 Bandera de Sudáfrica Beta VOC Diciembre 2020 40 866 17 secuencias
9 Bandera de la India Bandera del Reino Unido Subvariantes delta VOI Enero 2021 29 848 306 secuencias
10 Bandera de Colombia Bandera de Brasil Mu VOI Enero 2021 13 101 39 secuencias
11 Bandera de Perú Lambda VOI Diciembre 2020 8 796 0 secuencias
12 Bandera de Nigeria Bandera del Reino Unido Eta VUM Diciembre 2020 8 607 21 secuencias
13 Bandera de Pakistán Bandera de la India Kappa VUM Octubre 2020 7 686 13 secuencias
14 Bandera de Brasil Zeta VUM Abril 2020 5 250 56 secuencias
15 Bandera de Filipinas Theta VUM Enero 2021 619 0 secuencias
16 Bandera de Dinamarca Cluster † [48] Noviembre 2020 214 0 secuencias

Véase también

Notas
  1. Esta tabla es una adaptación y expansión de Alm et al., Figura 1.
  2. En otra fuente, GISAID nombra un conjunto de 7 clados sin el clado 'O' pero incluye un clado 'GV'.[6]

Referencias
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