Haplogroupe D

En génétique humaine, l’haplogroupe D (CTS3946) est un haplogroupe du chromosome Y.

Parcours supposé de l'haplogroupe D

L'haplogroupe D est supposé être originaire d’Afrique et D-M174 (D1) s’est étendu à l’Asie de l'Est. Une étude publiée en 2019 a examiné plusieurs possibilités pour l'origine de l'haplogroupe D, y compris une origine ouest-asiatique et africaine, et privilégie une origine africaine[1]^,[2].

Distribution

La plus forte proportion de porteurs de l'haplogroupe D se trouve au Tibet, au Japon et dans les îles Andaman. Cependant on ne trouve curieusement pas ce groupe en Inde. Les Aïnous du Japon se partagent entre l'haplogroupe D et l'haplogroupe C. Ainsi, l'haplogroupe D1b1, déjà présent chez des individus de la période Jōmon, est présent dans les populations japonaises modernes mais presque absent chez les autres Asiatiques de l'Est[3].

L'analyse des lignées paternelles des Onges, un peuple australasien des îles Andaman, montre que tous les individus étudiés sont porteurs de l'haplogroupe D[4].

Sous-groupes

DE (YAP)
- D (CTS3946) ?
  - D1 (M174, IMS-JST021355)
    - D1a (CTS11577)　
      - D1a1 (F6251/Z27276)
        D1a1a (M15)　Tibet[5]
        
        D1a1b (P99)　Tibet, Mongolie, Asie centrale[5]
      - D1a2 (M64.1, M55)　Japon[5]
      - D1a3 (Y34637)　Îles Andaman（Onges, Jarawas)[6]
    - D1b (L1378)　Philippines[7]
  - D2 (A5580.2)　Nigeria[2], Arabie saoudite, Syrie[8]

Références

(en) M. Haber, A.L. Jones, B.A. Connel, Asan, E. Arciero, Y. Huanming, M.G. Thomas, Y. Xue et Chris Tyler-Smith, « A Rare Deep-Rooting D0 African Y-chromosomal Haplogroup and its Implications for the Expansion of Modern Humans Out of Africa », Genetics,‎ juin 2019 (DOI 10.1534/genetics.119.302368)
(en) Chris Tyler-Smith, Yali Xue, Mark G. Thomas, Huanming Yang, Elena Arciero, Asan, Bruce A. Connell, Abigail L. Jones et Marc Haber, « A Rare Deep-Rooting D0 African Y-Chromosomal Haplogroup and Its Implications for the Expansion of Modern Humans out of Africa », Genetics,‎ 13 juin 2019, genetics.302368.2019 (ISSN 0016-6731, PMID 31196864, DOI 10.1534/genetics.119.302368, lire en ligne)
(en) Niall P. Cooke, Valeria Mattiangeli et al.,Ancient genomics reveals tripartite origins of Japanese populations, Science Advances, Vol 7, Numéro 38, 17 septembre 2021, DOI:10.1126/sciadv.abh2419
(en) Mark Lipson et David Reich, « Working model of the deep relationships of diverse modern human genetic lineages outside of Africa », 2017 (ISSN 0737-4038, PMID 28074030, PMCID 5400393, DOI 10.1093/molbev/msw293), p. 889–902
Hammer MF, Karafet TM, Park H et al. (2006). "Dual origins of the Japanese: common ground for hunter-gatherer and farmer Y chromosomes". J. Hum. Genet. 51 (1): 47–58. doi:10.1007/s10038-005-0322-0. PMID 16328082.
« D YTree », sur www.yfull.com (consulté le 3 septembre 2019)
Y-DNA Haplogroup D and its Subclades - 2014
(en-US) Roberta Estes, « Exciting New Y DNA Haplogroup D Discoveries! », sur DNAeXplained - Genetic Genealogy, 21 juin 2019 (consulté le 8 juillet 2019)

Haplogroupes du chromosome Y (Y-ADN)

Plus récent ancêtre patrilinéaire commun

B

CF

D

G

IJK

IJ

LT

MS

P

NO

R1

R2

R1a

R1b

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[haber-1] (en) M. Haber, A.L. Jones, B.A. Connel, Asan, E. Arciero, Y. Huanming, M.G. Thomas, Y. Xue et Chris Tyler-Smith, « A Rare Deep-Rooting D0 African Y-chromosomal Haplogroup and its Implications for the Expansion of Modern Humans Out of Africa », Genetics,‎ juin 2019 (DOI 10.1534/genetics.119.302368)

[Africa-2] (en) Chris Tyler-Smith, Yali Xue, Mark G. Thomas, Huanming Yang, Elena Arciero, Asan, Bruce A. Connell, Abigail L. Jones et Marc Haber, « A Rare Deep-Rooting D0 African Y-Chromosomal Haplogroup and Its Implications for the Expansion of Modern Humans out of Africa », Genetics,‎ 13 juin 2019, genetics.302368.2019 (ISSN 0016-6731, PMID 31196864, DOI 10.1534/genetics.119.302368, lire en ligne)

[Cooke202109-3] (en) Niall P. Cooke, Valeria Mattiangeli et al.,Ancient genomics reveals tripartite origins of Japanese populations, Science Advances, Vol 7, Numéro 38, 17 septembre 2021, DOI:10.1126/sciadv.abh2419

[LipsonReich2017-4] (en) Mark Lipson et David Reich, « Working model of the deep relationships of diverse modern human genetic lineages outside of Africa », 2017 (ISSN 0737-4038, PMID 28074030, PMCID 5400393, DOI 10.1093/molbev/msw293), p. 889–902

[Hammer2006-5] Hammer MF, Karafet TM, Park H et al. (2006). "Dual origins of the Japanese: common ground for hunter-gatherer and farmer Y chromosomes". J. Hum. Genet. 51 (1): 47–58. doi:10.1007/s10038-005-0322-0. PMID 16328082.

[6] « D YTree », sur www.yfull.com (consulté le 3 septembre 2019)

[ISOGG2014-7] Y-DNA Haplogroup D and its Subclades - 2014

[WestAsia-8] (en-US) Roberta Estes, « Exciting New Y DNA Haplogroup D Discoveries! », sur DNAeXplained - Genetic Genealogy, 21 juin 2019 (consulté le 8 juillet 2019)