LYRa11

Le virus LYRa11 est une souche de coronavirus associé au SRAS (espèce SARSr-CoV), qui a été identifié en 2011 dans des échantillons de chauves-souris Rhinolophus affinis à Baoshan dans le Yunnan en Chine.

LYRa11
Classification
Type Virus
Domaine Riboviria
Ordre Nidovirales
Sous-ordre Cornidovirineae
Famille Coronaviridae
Sous-famille Orthocoronavirinae
Genre Betacoronavirus
Sous-genre Sarbecovirus
Espèce SARSr-CoV

Forme

Bat SL-CoV LYRa11
 

Le génome de cette souche virale a une longueur de 29 805 bases et est à 91 % similaire à la séquence génomique entière du SRAS-CoV, responsable l'épidémie de SRAS[1].

Le virus LYRa11, comme le SARS-CoV et le SARS-CoV-2, utilise l'ACE2 comme récepteur pour infecter les cellules[2].

Position phylogénétique


16BO133 (zh), 82.8 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Jeolla du Nord, Corée du Sud[3]


Rf1 (zh), 87.8 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Yichang, Hubei[4]

HKU3 (zh), 87.9 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus, Hong Kong & Guangdong[5]

LYRa11, 90.9% to SARS-CoV-1, Rhinolophus affinis, Baoshan, Yunnan[6]

Rp3 (zh), 92.6 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus pearsoni, Nanning, Guangxi[4]

YNLF_31C, 93.5 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Lufeng, Yunnan[7]

YNLF_34C, 93.5 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus ferrumequinum, Lufeng, Yunnan[7]



SHC014-CoV, 95.4 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus, Kunming, Yunnan[8]

WIV1, 95.6 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus, Kunming, Yunnan[8]

WIV16, 96.0 % / SARS-CoV-1, Rhinolophus sinicus Kunming, Yunnan[9]

Civet SARS-CoV (en), 99.8 % / SARS-CoV-1, Paguma larvata, Canton, Chine[5]

SARS-CoV-1 (100 %)

SARS-CoV-2, 79 % / SARS-CoV-1[10]


Références
  1. He B, Zhang Y, Xu L, Yang W, Yang F, Feng Y et al., « Identification of diverse alphacoronaviruses and genomic characterization of a novel severe acute respiratory syndrome-like coronavirus from bats in China. », J Virol, vol. 88, no 12,‎ , p. 7070-82 (PMID 24719429, PMCID 4054348, DOI 10.1128/JVI.00631-14, lire en ligne).
  2. H L Wells, M Letko, G Lasso, B Ssebide, J Nziza, D K Byarugaba, I Navarrete-Macias, E Liang, M Cranfield, B A Han, M W Tingley, M Diuk-Wasser, T Goldstein, C K Johnson, J A K Mazet, K Chandran, V J Munster, K Gilardi et S J Anthony, « The evolutionary history of ACE2 usage within the coronavirus subgenus Sarbecovirus », Virus Evolution,‎ (ISSN 2057-1577, DOI 10.1093/ve/veab007)
  3. Kim Y, Son K, Kim YS, Lee SY, Jheong W, Oem JK, « Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. », Virus Genes, vol. 55, no 4,‎ , p. 545-549 (PMID 31076983, PMCID 7089380, DOI 10.1007/s11262-019-01668-w, lire en ligne)
  4. W. Li, « Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses », Science, vol. 310, no 5748,‎ , p. 676–679 (ISSN 0036-8075, DOI 10.1126/science.1118391)
  5. Xing‐Yi Ge, Ben Hu, and Zheng‐Li Shi, Bats and Viruses: A New Frontier of Emerging Infectious Diseases, First Edition., John Wiley & Sons, (lire en ligne), « BAT CORONAVIRUSES »
  6. He B, Zhang Y, Xu L, Yang W, Yang F, Feng Y, « Identification of diverse alphacoronaviruses and genomic characterization of a novel severe acute respiratory syndrome-like coronavirus from bats in China. », J Virol, vol. 88, no 12,‎ , p. 7070-82 (PMID 24719429, PMCID 4054348, DOI 10.1128/JVI.00631-14, lire en ligne)
  7. Susanna K. P. Lau, Yun Feng, Honglin Chen, Hayes K. H. Luk, Wei-Hong Yang, Kenneth S. M. Li, Yu-Zhen Zhang, Yi Huang, Zhi-Zhong Song, Wang-Ngai Chow, Rachel Y. Y. Fan, Syed Shakeel Ahmed, Hazel C. Yeung, Carol S. F. Lam, Jian-Piao Cai, Samson S. Y. Wong, Jasper F. W. Chan, Kwok-Yung Yuen, Hai-Lin Zhang, Patrick C. Y. Woo et S. Perlman, « Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination », Journal of Virology, vol. 89, no 20,‎ , p. 10532–10547 (ISSN 0022-538X, DOI 10.1128/JVI.01048-15)
  8. Xing-Yi Ge, Jia-Lu Li et Xing-Lou Yang, « Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor », Nature, vol. 503, no 7477,‎ , p. 535–8 (PMID 24172901, PMCID 5389864, DOI 10.1038/nature12711, Bibcode 2013Natur.503..535G)
  9. Yang XL, Hu B, Wang B, Wang MN, Zhang Q, Zhang W, « Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. », J Virol, vol. 90, no 6,‎ , p. 3253-6 (PMID 26719272, PMCID 4810638, DOI 10.1128/JVI.02582-15, lire en ligne)
  10. Hu Ben, Guo Hua, Zhou Peng et Shi Zheng-Li, « Characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19. », Nature Reviews Microbiology, no 19,‎ , p. 141-154 (DOI 10.1038/s41579-020-00459-7, lire en ligne)
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