Betacoronavirus

Betacoronavirus (ou β-coronavirus) est l'un des quatre genres connus de coronavirus. Il est classé dans la sous-famille des Orthocoronavirinae, la famille des Coronaviridae et l'ordre des Nidovirales. Il regroupe des virus à ARN simple brin enveloppés, de sens positif, d'origine zoonotique.

Betacoronavirus
TEM de MERS-CoV en bordure d'une cellule MRC-5 infectée.
Classification selon l’ICTV
Royaume Riboviria
Règne Orthornavirae
Embranchement Pisuviricota
Classe Pisoniviricetes
Ordre Nidovirales
Sous-ordre Cornidovirineae
Famille Coronaviridae
Sous-famille Orthocoronavirinae

Genre

Betacoronavirus
ICTV 2009[1]

Sous-genres de rang inférieur

Le genre Betacoronavirus est organisé en 5 sous-genres et une quinzaine d'espèces. Dans la littérature plus ancienne, ce genre est également connu sous le nom de « coronavirus du groupe 2 ».

Les espèces de Betacoronavirus de la plus haute importance clinique concernant les humains sont Betacoronavirus 1 (OC43) et Human coronavirus HKU1 dans le sous-genre Embecovirus, SARS-CoV et SARS-CoV-2 dans le sous-genre Sarbecovirus[2] et MERS-CoV dans le sous-genre Merbecovirus[3].

Virologie

Les bétacoronavirus (β-CoV) infectent principalement les chauves-souris[4], créant des lignées dérivées virales distinctes réputées affecter les voies respiratoires et/ou entériques d'autres espèces de mammifères[4], dont l'humain (avec HCoV-HKU1 et HCoV-OC43). Chez les animaux, des β-CoV différents ont à ce jour été trouvés chez des espèces aussi différentes que le chameau ou dromadaire et le lapin[5],[6],[7],[8], et aussi chez le porc (PHEV), le cheval (coronavirus équin, ECoV), et le chien (coronavirus respiratoire canin, CRCoV).

Par ailleurs, plusieurs virus liés au genre Betacoronavirus (virus « de type β-CoV », tous actuellement inclus dans l'espèce unique Betacoronavirus-1), ont été retrouvés dans les voies digestives (entériques) et/ou respiratoires de ruminants domestiques et sauvages : chez des ruminants domestiqués tels qu'ovins et caprins[9],[10], le buffle d'eau (Bubalus bubalis)[11], le lama (Lama glama) et l'alpaga (Vicugna pacos)[12],[13]. Six espèces de cervidés en portent (caribou/renne (Rangifer tarandus caribou), le cerf élaphe/wapiti (Cervus elaphus), le sambar (Cervus unicolor), le cerf de Virginie (Odocoileus virginianus), le cerf sika (Cervus nippon yesoensis) et le cerf d'eau (Hydropotes inermis)[14]. La girafe (Giraffa camelopardalis)[15], plusieurs antilopes[16],[17], le bison d'Europe (Bison bonasus), le thar d'Himalaya (Hemitragus jemlahicus)[17], et le dromadaire (Camelus dromedarius)[18].

Chez l'humain, les bétacoronavirus humains sont des agents du rhume commun. Certains bétacoronavirus ont provoqué des épidémies humaines, avec généralement de la fièvre et des symptômes respiratoires. Ils incluent :

Gestion écoépidémiologique du risque

Risque pandémique : depuis le début des années 2000, de nombreux écologues, virologues et vétérinaires ont alerté sur le fait que les conditions d'une pandémie zoonotique grave étaient réunies. Au vu de la liste d'espèces présentée ci-dessus, et sachant que les bétacoronavirus (β-CoV) sont des archétypes de virus franchissant facilement les barrières interspécifiques[4], les chasseurs, éleveurs et profession liées aux abattoirs et marchés humides en première ligne en termes de contact avec un éventuel virus émergeant. Selon ces deux infectiologues, une surveillance génomique « massive » est pour cela nécessaire dans la faune sauvages (et pas que pour les CoV), de même qu'un séquençage massif et partagé des souches de SARS-CoV-2 détectées dans la faune et chez les patients ayant développé une COVID-19, ceci afin de comprendre l'origine de la COVID-19, et éviter d'autres pandémies similaires ou plus graves. Avant cela il est urgent ;

  • de fermer tous les marchés humides, et mettre en place une gestion plus respectueuse de l'environnement[4] ;
  • comprendre les interactions entre les CoV et leurs hôtes, in vitro (cultures cellulaires, explants ex-vivo des voies respiratoires) et in vivo (étude d'animaux sensibles à l'infection par le SARS-CoV-2)[4] ;
  • préparer de nouveaux médicaments anti-coronaviraux sans attendre une prochaine épidémie ou pandémie[4].

L'OMS et l'OIE, sous l'égide de l'ONU recommandent de traiter les pandémies zoonotiques via une approche globale et balistique dite « One Health »[19].

Génome

Les coronavirus ont un génome ARN de grande taille qui varie de 26 à 32 kilobases.

Classification

Le genre Betacoronavirus de la sous-famille des Orthocoronavirinae de la famille des Coronaviridae comprend 5 sous-genres reconnus par l'International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)[20],[21] :

β-CoV[22]

Embecovirus


Coronavirus humain HKU1 (HCoV HKU1)

Coronavirus murin (MCoV ou MHV)

MrufCoV 2JL14

Betacoronavirus 1 (BCoV, HCoV OC43, etc.)

ChRCoV HKU24
Merbecovirus

EriCoV 1[23]

MERSr-CoV

Ty-BatCoV HKU4

Pi-BatCoV HKU5
Nobecovirus

Ei-BatCoV C704

RO-BatCoV GCCDC1

RO-BatCoV HKU9
Hibecovirus

Hp-betaCoV Zhejiang2013


Sarbecovirus


SARSr-CoV JL2012 (chauve-souris)[24]

(…)


SARSr-CoV WIV1 (Rhinolophus sinicus)

SARSr-CoV RsSHC014 (Rhinolophus sinicus)

Civet-SARSr-CoV (civette)

SARS-CoV-1 (humain ; SRAS)

Rc-o319 (Rhinolophus cornutus, Japon)[25]

(…)

Pangolin SARSr-CoV-GX[26]

Pangolin SARSr-CoV-GD[27]


RshSTT182 (Rhinolophus shameli, Cambodge)[28]

RshSTT200 (Rhinolophus shameli, Cambodge)[28]

RacCS203 (Rhinolophus acuminatus, Thaïlande)[29]

RmYN02 (Rhinolophus malayanus, Mengla, Yunnan)[30]

RaTG13 (Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan)[31]

SARS-CoV-2 (humain ; CoViD-19)














Virions
Schéma de la structure d'un virion de coronavirus

Les particules virales, quasi-sphériques, sont généralement couvertes de grandes projections de surface (~ 20 nm) en forme de pétale ou de pointe (les "spikes" en anglais), qui créent une image qui rappelle la couronne solaire en micrographie électronique: cette propriété est à l'origine du nom des coronavirus. Ces « pointes », des protéines S (spiculaires) présentes à la surface du virus, déterminent le tropisme de l'hôte.

Le sous-genre Embecovirus diffère des autres en ce que les virions ont une protéine en forme de pointe plus courte appelée hémagglutinine estérase (HE).

Plusieurs structures des protéines spiculaires ont été résolues. Le domaine de liaison au récepteur dans la protéine S (péplomère) des alpha- et bétacoronavirus est catalogué comme InterPro: IPRO018548[32],[33]. Les protéines S s'assemblent en trimères (PDB: 3jcl[34],[35], 6acg[36],[37]) dont la structure centrale rappelle celle des protéines F (fusion) de paramyxovirus[38].

Notes et références
  1. ICTV. International Committee on Taxonomy of Viruses. Taxonomy history. Published on the Internet https://talk.ictvonline.org/., consulté le 24 janvier 2021
  2. « Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses », nextstrain (consulté le )
  3. Memish, Zumla, Al-Hakeem et Al-Rabeeah, « Family Cluster of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Infections », New England Journal of Medicine, vol. 368, no 26,‎ , p. 2487–94 (PMID 23718156, DOI 10.1056/NEJMoa1303729)
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  5. Woo, Wang, Lau et Xu, « Comparative analysis of twelve genomes of three novel group 2c and group 2d coronaviruses reveals unique group and subgroup features », Journal of Virology, vol. 81, no 4,‎ , p. 1574–85 (PMID 17121802, PMCID 1797546, DOI 10.1128/JVI.02182-06)
  6. Lau, Woo, Yip et Fan, « Isolation and characterization of a novel Betacoronavirus subgroup A coronavirus, rabbit coronavirus HKU14, from domestic rabbits », Journal of Virology, vol. 86, no 10,‎ , p. 5481–96 (PMID 22398294, PMCID 3347282, DOI 10.1128/JVI.06927-11)
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