Merbecovirus

Merbecovirus est un sous-genre de bétacoronavirus regroupant plusieurs espèces dont le coronavirus liés au syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERSr-CoV)[1]^,[2].

Merbecovirus

MERS-CoV : structure, cycle de vie et composition génomique.

Classification
Type	Virus
Règne	Orthornavirae
Embranchement	Pisuviricota
Classe	Pisoniviricetes
Ordre	Nidovirales
Famille	Coronaviridae
Sous-famille	Orthocoronavirinae
Genre	Betacoronavirus

Sous-genre

Merbecovirus
ICTV[1]

Espèces de rang inférieur

La taxonomie ICTV de 2019 dénombre quatre espèces dans ce sous-genre. Ces coronavirus infectent hérissons, chauve-souris et dromadaires + humains pour le MERSr-CoV.

Le nom Merbecovirus est un acronyme agglutinant les premières syllabes de MERS-like bêta coronavirus. Les virus du sous-genre Merbecovirus étaient auparavant connus sous le nom de coronavirus du groupe 2c[3]^,[4].

Position phylogénétique

β-CoV[5]

Embecovirus

	Coronavirus humain HKU1 (HCoV HKU1)

	Coronavirus murin (MCoV ou MHV)

MrufCoV 2JL14

	Betacoronavirus 1 (BCoV, HCoV OC43, etc.)

	ChRCoV HKU24

Merbecovirus

EriCoV 1[6]

MERSr-CoV

	Ty-BatCoV HKU4

	Pi-BatCoV HKU5

Nobecovirus

Ei-BatCoV C704

	RO-BatCoV GCCDC1

	RO-BatCoV HKU9

Hibecovirus

Hp-betaCoV Zhejiang2013

Sarbecovirus

SARSr-CoV JL2012 (chauve-souris)[7]

(…)

	SARSr-CoV WIV1 (Rhinolophus sinicus)

	SARSr-CoV RsSHC014 (Rhinolophus sinicus)

	Civet-SARSr-CoV (civette)

	SARS-CoV-1 (humain ; SRAS)

Rc-o319 (Rhinolophus cornutus, Japon)[8]

(…)

Pangolin SARSr-CoV-GX[9]

Pangolin SARSr-CoV-GD[10]

	RshSTT182 (Rhinolophus shameli, Cambodge)[11]

	RshSTT200 (Rhinolophus shameli, Cambodge)[11]

	RacCS203 (Rhinolophus acuminatus, Thaïlande)[12]

	RmYN02 (Rhinolophus malayanus, Mengla, Yunnan)[13]

	RaTG13 (Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan)[14]

	SARS-CoV-2 (humain ; CoViD-19)

Articles connexes

Coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient

Notes et références

(en) « Virus Taxonomy: 2019 Release », ICTV, juillet 2018 (consulté le 3 avril 2021).
(en) Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau et Patrick C. Y. Woo, « Global Epidemiology of Bat Coronaviruses », Viruses, vol. 11, n^o 2,‎ février 2019, article n^o 174 (PMID 30791586, PMCID 6409556, DOI 10.3390/v11020174, lire en ligne)
(en) Patrick C. Y. Woo, Ming Wang, Susanna K. P. Lau et Huifang Xu, « Comparative Analysis of Twelve Genomes of Three Novel Group 2c and Group 2d Coronaviruses Reveals Unique Group and Subgroup Features », Journal of Virology, vol. 81, n^o 4,‎ 15 février 2007, p. 1574–1585 (ISSN 0022-538X et 1098-5514, PMID 17121802, PMCID PMC1797546, DOI 10.1128/JVI.02182-06, lire en ligne, consulté le 31 mars 2021)
Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau et Patrick C. Y. Woo, « Global Epidemiology of Bat Coronaviruses », Viruses, vol. 11, n^o 2,‎ 20 février 2019, p. 174 (ISSN 1999-4915, PMID 30791586, PMCID 6409556, DOI 10.3390/v11020174)
DOI:10.1186/s44149-021-00005-9
DOI:10.1128/JVI.01600-13
DOI:10.1073/pnas.0506735102
Shin Murakami, Tomoya Kitamura, Jin Suzuki, Ryouta Sato, Toshiki Aoi, Marina Fujii, Hiromichi Matsugo, Haruhiko Kamiki, Hiroho Ishida, Akiko Takenaka-Uema, Masayuki Shimojima et Taisuke Horimoto, « Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan », Emerging Infectious Diseases, vol. 26, n^o 12,‎ décembre 2020, p. 3025–3029 (DOI 10.3201/eid2612.203386)
Tommy Tsan-Yuk Lam, Na Jia, Ya-Wei Zhang, Marcus Ho-Hin Shum, Jia-Fu Jiang, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Yong-Xia Shi, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wen-Juan Li, Bao-Gui Jiang, Wei Wei, Ting-Ting Yuan, Kui Zheng, Xiao-Ming Cui, Jie Li, Guang-Qian Pei, Xin Qiang, William Yiu-Man Cheung, Lian-Feng Li, Fang-Fang Sun, Si Qin, Ji-Cheng Huang, Gabriel M. Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan et Wu-Chun Cao, « Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins », Nature, vol. 583, n^o 7815,‎ 9 juillet 2020, p. 282–285 (DOI 10.1038/s41586-020-2169-0)
Ping Liu, Jing-Zhe Jiang, Xiu-Feng Wan, Yan Hua, Linmiao Li, Jiabin Zhou, Xiaohu Wang, Fanghui Hou, Jing Chen, Jiejian Zou et Jinping Chen, « Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)? », PLOS Pathogens, vol. 16, n^o 5,‎ 14 mai 2020, e1008421 (DOI 10.1371/journal.ppat.1008421)
(en) Vibol Hul, Deborah Delaune, Erik A. Karlsson, Alexandre Hassanin, Putita Ou Tey, Artem Baidaliuk, Fabiana Gámbaro, Vuong Tan Tu, Lucy Keatts, Jonna Mazet, Christine Johnson, Philippe Buchy, Philippe Dussart, Tracey Goldstein, Etienne Simon-Lorière et Veasna Duong, « A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia », sur bioRxiv, 26 janvier 2021 (DOI 10.1101/2021.01.26.428212), p. 2021.01.26.428212
S Wacharapluesadee, CW Tan, P Maneeorn, P Duengkae, F Zhu, Y Joyjinda, T Kaewpom, WN Chia, W Ampoot, BL Lim, K Worachotsueptrakun, VC Chen, N Sirichan, C Ruchisrisarod, A Rodpan, K Noradechanon, T Phaichana, N Jantarat, B Thongnumchaima, C Tu, G Crameri, MM Stokes, T Hemachudha et LF Wang, « Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. », Nature Communications, vol. 12, n^o 1,‎ 9 février 2021, p. 972 (PMID 33563978, PMCID 7873279, DOI 10.1038/s41467-021-21240-1)
H Zhou, X Chen, T Hu, J Li, H Song, Y Liu, P Wang, D Liu, J Yang, EC Holmes, AC Hughes, Y Bi et W Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. », Current biology : CB, vol. 30, n^o 11,‎ 8 juin 2020, p. 2196-2203.e3 (PMID 32416074, DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023)
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[ICTV-1] (en) « Virus Taxonomy: 2019 Release », ICTV, juillet 2018 (consulté le 3 avril 2021).

[10.3390/v11020174-2] (en) Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau et Patrick C. Y. Woo, « Global Epidemiology of Bat Coronaviruses », Viruses, vol. 11, n^o 2,‎ février 2019, article n^o 174 (PMID 30791586, PMCID 6409556, DOI 10.3390/v11020174, lire en ligne)

[:0-3] (en) Patrick C. Y. Woo, Ming Wang, Susanna K. P. Lau et Huifang Xu, « Comparative Analysis of Twelve Genomes of Three Novel Group 2c and Group 2d Coronaviruses Reveals Unique Group and Subgroup Features », Journal of Virology, vol. 81, n^o 4,‎ 15 février 2007, p. 1574–1585 (ISSN 0022-538X et 1098-5514, PMID 17121802, PMCID PMC1797546, DOI 10.1128/JVI.02182-06, lire en ligne, consulté le 31 mars 2021)

[4] Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau et Patrick C. Y. Woo, « Global Epidemiology of Bat Coronaviruses », Viruses, vol. 11, n^o 2,‎ 20 février 2019, p. 174 (ISSN 1999-4915, PMID 30791586, PMCID 6409556, DOI 10.3390/v11020174)

[5] DOI:10.1186/s44149-021-00005-9

[6] DOI:10.1128/JVI.01600-13

[7] DOI:10.1073/pnas.0506735102

[Rc-o319-8] Shin Murakami, Tomoya Kitamura, Jin Suzuki, Ryouta Sato, Toshiki Aoi, Marina Fujii, Hiromichi Matsugo, Haruhiko Kamiki, Hiroho Ishida, Akiko Takenaka-Uema, Masayuki Shimojima et Taisuke Horimoto, « Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan », Emerging Infectious Diseases, vol. 26, n^o 12,‎ décembre 2020, p. 3025–3029 (DOI 10.3201/eid2612.203386)

[GX-9] Tommy Tsan-Yuk Lam, Na Jia, Ya-Wei Zhang, Marcus Ho-Hin Shum, Jia-Fu Jiang, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Yong-Xia Shi, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wen-Juan Li, Bao-Gui Jiang, Wei Wei, Ting-Ting Yuan, Kui Zheng, Xiao-Ming Cui, Jie Li, Guang-Qian Pei, Xin Qiang, William Yiu-Man Cheung, Lian-Feng Li, Fang-Fang Sun, Si Qin, Ji-Cheng Huang, Gabriel M. Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan et Wu-Chun Cao, « Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins », Nature, vol. 583, n^o 7815,‎ 9 juillet 2020, p. 282–285 (DOI 10.1038/s41586-020-2169-0)

[GD-10] Ping Liu, Jing-Zhe Jiang, Xiu-Feng Wan, Yan Hua, Linmiao Li, Jiabin Zhou, Xiaohu Wang, Fanghui Hou, Jing Chen, Jiejian Zou et Jinping Chen, « Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)? », PLOS Pathogens, vol. 16, n^o 5,‎ 14 mai 2020, e1008421 (DOI 10.1371/journal.ppat.1008421)

[RshSTT-11] (en) Vibol Hul, Deborah Delaune, Erik A. Karlsson, Alexandre Hassanin, Putita Ou Tey, Artem Baidaliuk, Fabiana Gámbaro, Vuong Tan Tu, Lucy Keatts, Jonna Mazet, Christine Johnson, Philippe Buchy, Philippe Dussart, Tracey Goldstein, Etienne Simon-Lorière et Veasna Duong, « A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia », sur bioRxiv, 26 janvier 2021 (DOI 10.1101/2021.01.26.428212), p. 2021.01.26.428212

[RacCS203-12] S Wacharapluesadee, CW Tan, P Maneeorn, P Duengkae, F Zhu, Y Joyjinda, T Kaewpom, WN Chia, W Ampoot, BL Lim, K Worachotsueptrakun, VC Chen, N Sirichan, C Ruchisrisarod, A Rodpan, K Noradechanon, T Phaichana, N Jantarat, B Thongnumchaima, C Tu, G Crameri, MM Stokes, T Hemachudha et LF Wang, « Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. », Nature Communications, vol. 12, n^o 1,‎ 9 février 2021, p. 972 (PMID 33563978, PMCID 7873279, DOI 10.1038/s41467-021-21240-1)

[RmYN02-13] H Zhou, X Chen, T Hu, J Li, H Song, Y Liu, P Wang, D Liu, J Yang, EC Holmes, AC Hughes, Y Bi et W Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. », Current biology : CB, vol. 30, n^o 11,‎ 8 juin 2020, p. 2196-2203.e3 (PMID 32416074, DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023)

[RaTG13-14] « Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin », Nature, vol. 588, n^o 7836,‎ décembre 2020, E6 (PMID 33199918, DOI 10.1038/s41586-020-2951-z, lire en ligne)