Embecovirus

Embecovirus est un sous-genre de coronavirus du genre Betacoronavirus[1]. Les virus de ce sous-genre, contrairement aux autres coronavirus, ont un gène d'hémagglutinine estérase (HE)[2]. Les virus du sous-genre étaient auparavant connus sous le nom de coronavirus du groupe 2a[3],[4].

Sarbecovirus
Virions de SARS-CoV, un Sarbecovirus, vus par microscopie électronique à balayage.
Classification
Type Virus
Règne Orthornavirae
Embranchement Pisuviricota
Classe Pisoniviricetes
Ordre Nidovirales
Famille Coronaviridae
Sous-famille Orthocoronavirinae
Genre Betacoronavirus

Sous-genre

Embecovirus
ICTV[1]

Espèces de rang inférieur

La taxonomie ICTV de 2019 dénombre cinq espèces dans ce sous-genre. Ces coronavirus infectent rongeurs, bovins et humains.

Structure

Les virus de ce sous-genre, comme les autres coronavirus, ont une enveloppe lipidique bicouche dans laquelle sont ancrées les protéines structurales de la membrane (M), de l'enveloppe (E) et spiculaires (S)[5]. Contrairement à d'autres coronavirus, les virus de ce sous-genre ont également une protéine structurale en forme de pic plus courte supplémentaire appelée hémagglutinine estérase (HE)[2],[6].

Recombinaison

La recombinaison génétique peut se produire lorsque deux génomes viraux ou plus sont présents dans la même cellule hôte. Le bétacoronavirus (Beta-CoV HKU23) présente une diversité génétique dans la population de dromadaires[7]. Plusieurs évènements de recombinaison se sont en effet produit dans le passé entre des bêta-CoV étroitement apparentés du sous-genre Embecovirus, contribuant à cette diversité[7].

Position phylogénétique
β-CoV[8]

Embecovirus


Coronavirus humain HKU1 (HCoV HKU1)

Coronavirus murin (MCoV ou MHV)

MrufCoV 2JL14

Betacoronavirus 1 (BCoV, HCoV OC43, etc.)

ChRCoV HKU24
Merbecovirus

EriCoV 1[9]

MERSr-CoV

Ty-BatCoV HKU4

Pi-BatCoV HKU5
Nobecovirus

Ei-BatCoV C704

RO-BatCoV GCCDC1

RO-BatCoV HKU9
Hibecovirus

Hp-betaCoV Zhejiang2013


Sarbecovirus


SARSr-CoV JL2012 (chauve-souris)[10]

(…)


SARSr-CoV WIV1 (Rhinolophus sinicus)

SARSr-CoV RsSHC014 (Rhinolophus sinicus)

Civet-SARSr-CoV (civette)

SARS-CoV-1 (humain ; SRAS)

Rc-o319 (Rhinolophus cornutus, Japon)[11]

(…)

Pangolin SARSr-CoV-GX[12]

Pangolin SARSr-CoV-GD[13]


RshSTT182 (Rhinolophus shameli, Cambodge)[14]

RshSTT200 (Rhinolophus shameli, Cambodge)[14]

RacCS203 (Rhinolophus acuminatus, Thaïlande)[15]

RmYN02 (Rhinolophus malayanus, Mengla, Yunnan)[16]

RaTG13 (Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan)[17]

SARS-CoV-2 (humain ; CoViD-19)














Notes et références
  1. (en) « Virus Taxonomy: 2018b Release », ICTV, (consulté le ).
  2. Patrick C. Y. Woo, Yi Huang, Susanna K. P. Lau et Kwok-Yung Yuen, « Coronavirus Genomics and Bioinformatics Analysis », Viruses, vol. 2, no 8,‎ , p. 1804–1820 (ISSN 1999-4915, PMID 21994708, PMCID 3185738, DOI 10.3390/v2081803) :
    « In all members of Betacoronavirus subgroup A, a haemagglutinin esterase (HE) gene, which encodes a glycoprotein with neuraminate O-acetyl-esterase activity and the active site FGDS, is present downstream to ORF1ab and upstream to S gene (Figure 1). »
  3. Patrick C. Y. Woo, Ming Wang, Susanna K. P. Lau, Huifang Xu, Rosana W. S. Poon, Rongtong Guo, Beatrice H. L. Wong, Kai Gao, Hoi-wah Tsoi, Yi Huang et Kenneth S. M. Li, « Comparative Analysis of Twelve Genomes of Three Novel Group 2c and Group 2d Coronaviruses Reveals Unique Group and Subgroup Features », Journal of Virology, vol. 81, no 4,‎ , p. 1574–1585 (ISSN 0022-538X, PMID 17121802, PMCID 1797546, DOI 10.1128/JVI.02182-06) :
    « See figure 2. »
  4. Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau et Patrick C. Y. Woo, « Global Epidemiology of Bat Coronaviruses », Viruses, vol. 11, no 2,‎ , p. 174 (ISSN 1999-4915, PMID 30791586, PMCID 6409556, DOI 10.3390/v11020174) :
    « CoVs are classified into four genera, Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus and Deltacoronavirus. Within Betacoronavirus, they can be further subclassified into lineages A, B, C and D [1]. In 2018, these four lineages were reclassified as subgenera of Betacoronavirus, and renamed as Embecovirus (previous lineage A), Sarbecovirus (previous lineage B), Merbecovirus (previous lineage C) and Nobecovirus (previous lineage D) [2]. In addition, a fifth subgenus, Hibecovirus, was also included (Figure 1) [2]. »
  5. (en) Michael M. C. Lai et David Cavanagh, The Molecular Biology of Coronaviruses; III. Structure of Virions; A. Virion Morphology, vol. 48, Academic Press, , 5–6 p. (lire en ligne)
  6. Patrick C. Y. Woo, Yi Huang, Susanna K. P. Lau et Kwok-Yung Yuen, « Coronavirus Genomics and Bioinformatics Analysis », Viruses, vol. 2, no 8,‎ , p. 1804–1820 (ISSN 1999-4915, PMID 21994708, PMCID 3185738, DOI 10.3390/v2081803) :
    « The presence of HE genes exclusively in members of Betacoronavirus subgroup A, but not members of Betacoronavirus subgroup B, C and D suggested that the recombination had probably occurred in the ancestor of members of Betacoronavirus subgroup A, after diverging from the ancestor of other subgroups of Betacoronavirus. »
  7. Diversity of Dromedary Camel Coronavirus HKU23 in African Camels Revealed Multiple Recombination Events among Closely Related Betacoronaviruses of the Subgenus Embecovirus. So RTY, et al. J Virol. 2019. PMID 31534035
  8. DOI:10.1186/s44149-021-00005-9
  9. DOI:10.1128/JVI.01600-13
  10. DOI:10.1073/pnas.0506735102
  11. Shin Murakami, Tomoya Kitamura, Jin Suzuki, Ryouta Sato, Toshiki Aoi, Marina Fujii, Hiromichi Matsugo, Haruhiko Kamiki, Hiroho Ishida, Akiko Takenaka-Uema, Masayuki Shimojima et Taisuke Horimoto, « Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan », Emerging Infectious Diseases, vol. 26, no 12,‎ , p. 3025–3029 (DOI 10.3201/eid2612.203386)
  12. Tommy Tsan-Yuk Lam, Na Jia, Ya-Wei Zhang, Marcus Ho-Hin Shum, Jia-Fu Jiang, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Yong-Xia Shi, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wen-Juan Li, Bao-Gui Jiang, Wei Wei, Ting-Ting Yuan, Kui Zheng, Xiao-Ming Cui, Jie Li, Guang-Qian Pei, Xin Qiang, William Yiu-Man Cheung, Lian-Feng Li, Fang-Fang Sun, Si Qin, Ji-Cheng Huang, Gabriel M. Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan et Wu-Chun Cao, « Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins », Nature, vol. 583, no 7815,‎ , p. 282–285 (DOI 10.1038/s41586-020-2169-0)
  13. Ping Liu, Jing-Zhe Jiang, Xiu-Feng Wan, Yan Hua, Linmiao Li, Jiabin Zhou, Xiaohu Wang, Fanghui Hou, Jing Chen, Jiejian Zou et Jinping Chen, « Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)? », PLOS Pathogens, vol. 16, no 5,‎ , e1008421 (DOI 10.1371/journal.ppat.1008421)
  14. (en) Vibol Hul, Deborah Delaune, Erik A. Karlsson, Alexandre Hassanin, Putita Ou Tey, Artem Baidaliuk, Fabiana Gámbaro, Vuong Tan Tu, Lucy Keatts, Jonna Mazet, Christine Johnson, Philippe Buchy, Philippe Dussart, Tracey Goldstein, Etienne Simon-Lorière et Veasna Duong, « A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia », sur bioRxiv, (DOI 10.1101/2021.01.26.428212), p. 2021.01.26.428212
  15. S Wacharapluesadee, CW Tan, P Maneeorn, P Duengkae, F Zhu, Y Joyjinda, T Kaewpom, WN Chia, W Ampoot, BL Lim, K Worachotsueptrakun, VC Chen, N Sirichan, C Ruchisrisarod, A Rodpan, K Noradechanon, T Phaichana, N Jantarat, B Thongnumchaima, C Tu, G Crameri, MM Stokes, T Hemachudha et LF Wang, « Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. », Nature Communications, vol. 12, no 1,‎ , p. 972 (PMID 33563978, PMCID 7873279, DOI 10.1038/s41467-021-21240-1)
  16. H Zhou, X Chen, T Hu, J Li, H Song, Y Liu, P Wang, D Liu, J Yang, EC Holmes, AC Hughes, Y Bi et W Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. », Current biology : CB, vol. 30, no 11,‎ , p. 2196-2203.e3 (PMID 32416074, DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023)
  17. « Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin », Nature, vol. 588, no 7836,‎ , E6 (PMID 33199918, DOI 10.1038/s41586-020-2951-z, lire en ligne)
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