Hibecovirus

Hibecovirus est un sous-genre de bétacoronavirus constituant une branche du cladogramme des bétacoronavirus représentée par une seule espèce connue :

Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang 2013[1]^,[2], un coronavirus collecté sur la chauve-souris frugivore Hipposideros pratti.

Hibecovirus

Classification
Type	Virus
Domaine	Riboviria
Règne	Orthornavirae
Embranchement	Pisuviricota
Classe	Pisoniviricetes
Ordre	Nidovirales
Sous-ordre	Cornidovirineae
Famille	Coronaviridae
Sous-famille	Orthocoronavirinae
Genre	Betacoronavirus

Sous-genre

Hibecovirus
ICTV[1] (2018)

Espèce

Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013
ICTV[1] (2018)

Ce virus se distingue par sa structure génomique qui contient un cadre de lecture ouvert ORF2 entre les séquences ORF1ab et le gène S.

Position phylogénétique

β-CoV[3]

Embecovirus

	Coronavirus humain HKU1 (HCoV HKU1)

	Coronavirus murin (MCoV ou MHV)

MrufCoV 2JL14

	Betacoronavirus 1 (BCoV, HCoV OC43, etc.)

	ChRCoV HKU24

Merbecovirus

EriCoV 1[4]

MERSr-CoV

	Ty-BatCoV HKU4

	Pi-BatCoV HKU5

Nobecovirus

Ei-BatCoV C704

	RO-BatCoV GCCDC1

	RO-BatCoV HKU9

Hibecovirus

Hp-betaCoV Zhejiang2013

Sarbecovirus

SARSr-CoV JL2012 (chauve-souris)[5]

(…)

	SARSr-CoV WIV1 (Rhinolophus sinicus)

	SARSr-CoV RsSHC014 (Rhinolophus sinicus)

	Civet-SARSr-CoV (civette)

	SARS-CoV-1 (humain ; SRAS)

Rc-o319 (Rhinolophus cornutus, Japon)[6]

(…)

Pangolin SARSr-CoV-GX[7]

Pangolin SARSr-CoV-GD[8]

	RshSTT182 (Rhinolophus shameli, Cambodge)[9]

	RshSTT200 (Rhinolophus shameli, Cambodge)[9]

	RacCS203 (Rhinolophus acuminatus, Thaïlande)[10]

	RmYN02 (Rhinolophus malayanus, Mengla, Yunnan)[11]

	RaTG13 (Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan)[12]

	SARS-CoV-2 (humain ; CoViD-19)

Notes et références

(en) « Virus Taxonomy: 2019 Release », ICTV, juillet 2019 (consulté le 3 avril 2021).
Wu Zhiqiang et al., Deciphering the bat virome catalog to better understand the ecological diversity of bat viruses and the bat origin of emerging infectious diseases, 2016. DOI:10.1038/ismej.2015.138
DOI:10.1186/s44149-021-00005-9
DOI:10.1128/JVI.01600-13
DOI:10.1073/pnas.0506735102
Shin Murakami, Tomoya Kitamura, Jin Suzuki, Ryouta Sato, Toshiki Aoi, Marina Fujii, Hiromichi Matsugo, Haruhiko Kamiki, Hiroho Ishida, Akiko Takenaka-Uema, Masayuki Shimojima et Taisuke Horimoto, « Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan », Emerging Infectious Diseases, vol. 26, n^o 12,‎ décembre 2020, p. 3025–3029 (DOI 10.3201/eid2612.203386)
Tommy Tsan-Yuk Lam, Na Jia, Ya-Wei Zhang, Marcus Ho-Hin Shum, Jia-Fu Jiang, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Yong-Xia Shi, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wen-Juan Li, Bao-Gui Jiang, Wei Wei, Ting-Ting Yuan, Kui Zheng, Xiao-Ming Cui, Jie Li, Guang-Qian Pei, Xin Qiang, William Yiu-Man Cheung, Lian-Feng Li, Fang-Fang Sun, Si Qin, Ji-Cheng Huang, Gabriel M. Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan et Wu-Chun Cao, « Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins », Nature, vol. 583, n^o 7815,‎ 9 juillet 2020, p. 282–285 (DOI 10.1038/s41586-020-2169-0)
Ping Liu, Jing-Zhe Jiang, Xiu-Feng Wan, Yan Hua, Linmiao Li, Jiabin Zhou, Xiaohu Wang, Fanghui Hou, Jing Chen, Jiejian Zou et Jinping Chen, « Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)? », PLOS Pathogens, vol. 16, n^o 5,‎ 14 mai 2020, e1008421 (DOI 10.1371/journal.ppat.1008421)
(en) Vibol Hul, Deborah Delaune, Erik A. Karlsson, Alexandre Hassanin, Putita Ou Tey, Artem Baidaliuk, Fabiana Gámbaro, Vuong Tan Tu, Lucy Keatts, Jonna Mazet, Christine Johnson, Philippe Buchy, Philippe Dussart, Tracey Goldstein, Etienne Simon-Lorière et Veasna Duong, « A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia », sur bioRxiv, 26 janvier 2021 (DOI 10.1101/2021.01.26.428212), p. 2021.01.26.428212
S Wacharapluesadee, CW Tan, P Maneeorn, P Duengkae, F Zhu, Y Joyjinda, T Kaewpom, WN Chia, W Ampoot, BL Lim, K Worachotsueptrakun, VC Chen, N Sirichan, C Ruchisrisarod, A Rodpan, K Noradechanon, T Phaichana, N Jantarat, B Thongnumchaima, C Tu, G Crameri, MM Stokes, T Hemachudha et LF Wang, « Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. », Nature Communications, vol. 12, n^o 1,‎ 9 février 2021, p. 972 (PMID 33563978, PMCID 7873279, DOI 10.1038/s41467-021-21240-1)
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« Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin », Nature, vol. 588, n^o 7836,‎ décembre 2020, E6 (PMID 33199918, DOI 10.1038/s41586-020-2951-z, lire en ligne)

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[ICTV-1] (en) « Virus Taxonomy: 2019 Release », ICTV, juillet 2019 (consulté le 3 avril 2021).

[2] Wu Zhiqiang et al., Deciphering the bat virome catalog to better understand the ecological diversity of bat viruses and the bat origin of emerging infectious diseases, 2016. DOI:10.1038/ismej.2015.138

[3] DOI:10.1186/s44149-021-00005-9

[4] DOI:10.1128/JVI.01600-13

[5] DOI:10.1073/pnas.0506735102

[Rc-o319-6] Shin Murakami, Tomoya Kitamura, Jin Suzuki, Ryouta Sato, Toshiki Aoi, Marina Fujii, Hiromichi Matsugo, Haruhiko Kamiki, Hiroho Ishida, Akiko Takenaka-Uema, Masayuki Shimojima et Taisuke Horimoto, « Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan », Emerging Infectious Diseases, vol. 26, n^o 12,‎ décembre 2020, p. 3025–3029 (DOI 10.3201/eid2612.203386)

[GX-7] Tommy Tsan-Yuk Lam, Na Jia, Ya-Wei Zhang, Marcus Ho-Hin Shum, Jia-Fu Jiang, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Yong-Xia Shi, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wen-Juan Li, Bao-Gui Jiang, Wei Wei, Ting-Ting Yuan, Kui Zheng, Xiao-Ming Cui, Jie Li, Guang-Qian Pei, Xin Qiang, William Yiu-Man Cheung, Lian-Feng Li, Fang-Fang Sun, Si Qin, Ji-Cheng Huang, Gabriel M. Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan et Wu-Chun Cao, « Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins », Nature, vol. 583, n^o 7815,‎ 9 juillet 2020, p. 282–285 (DOI 10.1038/s41586-020-2169-0)

[GD-8] Ping Liu, Jing-Zhe Jiang, Xiu-Feng Wan, Yan Hua, Linmiao Li, Jiabin Zhou, Xiaohu Wang, Fanghui Hou, Jing Chen, Jiejian Zou et Jinping Chen, « Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)? », PLOS Pathogens, vol. 16, n^o 5,‎ 14 mai 2020, e1008421 (DOI 10.1371/journal.ppat.1008421)

[RshSTT-9] (en) Vibol Hul, Deborah Delaune, Erik A. Karlsson, Alexandre Hassanin, Putita Ou Tey, Artem Baidaliuk, Fabiana Gámbaro, Vuong Tan Tu, Lucy Keatts, Jonna Mazet, Christine Johnson, Philippe Buchy, Philippe Dussart, Tracey Goldstein, Etienne Simon-Lorière et Veasna Duong, « A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia », sur bioRxiv, 26 janvier 2021 (DOI 10.1101/2021.01.26.428212), p. 2021.01.26.428212

[RacCS203-10] S Wacharapluesadee, CW Tan, P Maneeorn, P Duengkae, F Zhu, Y Joyjinda, T Kaewpom, WN Chia, W Ampoot, BL Lim, K Worachotsueptrakun, VC Chen, N Sirichan, C Ruchisrisarod, A Rodpan, K Noradechanon, T Phaichana, N Jantarat, B Thongnumchaima, C Tu, G Crameri, MM Stokes, T Hemachudha et LF Wang, « Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. », Nature Communications, vol. 12, n^o 1,‎ 9 février 2021, p. 972 (PMID 33563978, PMCID 7873279, DOI 10.1038/s41467-021-21240-1)

[RmYN02-11] H Zhou, X Chen, T Hu, J Li, H Song, Y Liu, P Wang, D Liu, J Yang, EC Holmes, AC Hughes, Y Bi et W Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. », Current biology : CB, vol. 30, n^o 11,‎ 8 juin 2020, p. 2196-2203.e3 (PMID 32416074, DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023)

[RaTG13-12] « Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin », Nature, vol. 588, n^o 7836,‎ décembre 2020, E6 (PMID 33199918, DOI 10.1038/s41586-020-2951-z, lire en ligne)